ped文件转bed文件【牛基因组信息】

【报错】plink --ped snp.ped --map snp.map --make-bed --outsnp_bed

PLINK v1.90b7 64-bit (16 Jan 2023) www.cog-genomics.org/plink/1.9/(C) 2005-2023 Shaun Purcell, Christopher Chang GNU General Public License v3

Logging to snp_bed.log. Options in effect: --make-bed --map snp.map --out

snp_bed --ped snp.ped 16283 MB RAM detected; reserving 8141 MB for main

workspace.

Error: Invalid chromosome code '27' on line 42665914 of .mapfile. (This is disallowed for humans. Check if the problem is with your data,or if you forgot to define a different chromosome set with e.g. --chr-set.)

【解读】这个错误信息表明在将ped文件转换为bed文件时，plink在读取map文件时遇到了问题，具体是在第42665914行上的染色体代码'27' 是无效的。因此，你需要检查snp.map文件，确保所有的染色体代码都是有效的和正确格式化的。

如果你确定该map文件中存在染色体27的错误，则应该进行如下处理：

1. 修改map文件中的错误，将染色体27改为正确的编号（例如，如果你处理的是牛染色体，则应该将27修改为29）。

2. 如果你不确定染色体代码的正确编号，请查看文献或相关文档，以确保你的染色体编号是正确的。

3. 如果你需要将非人类物种的数据转换为bed格式，请确保在命令行中使用了正确的参数（例如，--chr-set）来定义正确的染色体代码。

完成以上步骤后，再次运行plink命令，应该就可以成功将ped文件转换为bed文件了。

【处理】牛的ped数据，并且需要将其转化为bed格式，你可以使用plink命令的--chr-set选项来定义染色体代码。对于牛的染色体，常染色体编号为1-29，X代表X染色体，M代表线粒体染色体。

因此，你可以在命令行中添加--chr-set30来定义常染色体编号为1-29，X染色体为30，线粒体染色体为31。具体的plink命令如下：

Win10 下git运行plink：

【代码1】plink --file snp--make-bed--out snp_bed --cow--chr-set 30

其中，--cow选项告诉PLINK你处理的是牛的数据。--chr-set 30选项指定了自定义染色体集合，其中包括常染色体1-29、性染色体X和线粒体染色体M。

【运行日志】PLINK v1.90b7 64-bit (16 Jan 2023)

Optionsin effect:

--chr-set 30

--make-bed

--map snp.map

--out snp_bed

--ped snp.ped

Hostname:DESKTOP-5CHRNIM

Working directory: G:\A测序分析数据\result\Merge_VCF

Starttime: Thu Mar 02 16:01:50 2023

Randomnumber seed: 1677744110

16283MB RAM detected; reserving 8141 MB for main workspace.

Scanning.ped file... done.

Performingsingle-pass .bed write (46580773 variants, 30 samples).

--file:snp_bed-temporary.bed + snp_bed-temporary.bim + snp_bed-temporary.fam

written.

46580773variants loaded from .bim file.

30samples (0 males, 0 females, 30 ambiguous) loaded from .fam.

Ambiguoussex IDs written to snp_bed.nosex .

Using1 thread (no multithreaded calculations invoked).

Beforemain variant filters, 30 founders and 0 nonfounders present.

Calculatingallele frequencies... done.

Totalgenotyping rate is 0.98575.

46580773variants and 30 samples pass filters and QC.

Note:No phenotypes present.

--make-bedto snp_bed.bed + snp_bed.bim + snp_bed.fam ... done.

Endtime: Fri Mar 03 00:41:36 2023

你还需要将--file选项改为你实际使用的文件名前缀，这里我假设文件名前缀为snp。

如果你的数据文件包含多个染色体，那么你也可以使用多个--chr选项来指定包含在数据中的染色体，例如：

【代码2】plink --file snp--make-bed--out snp_bed --cow--chr 1-29,X,MT

其中，--chr选项指定了包含在数据中的染色体。在这个例子中，我们指定了常染色体1-29、性染色体X和线粒体染色体MT（即M）。注意，这里使用了不同的语法来指定染色体，即使用逗号分隔的列表，而不是 --chr-set选项。

PLINKv1.90b7 64-bit (16 Jan 2023)

Optionsin effect:

--chr 1-29,X,M

--cow

--file output

--make-bed

--out output_bed

Hostname:DESKTOP-5CHRNIM

Working directory: G:\A测序分析数据\result\Merge_VCF

Starttime: Thu Mar 02 16:57:57 2023

Randomnumber seed: 1677747477

16283MB RAM detected; reserving 8141 MB for main workspace.

Scanning.ped file... done.

Performingsingle-pass .bed write (46580773 variants, 30 cattle).

--file:output_bed-temporary.bed + output_bed-temporary.bim +

output_bed-temporary.famwritten.

46580773variants loaded from .bim file.

30cattle (0 males, 0 females, 30 ambiguous) loaded from .fam.

Ambiguoussex IDs written to output_bed.nosex .

Using1 thread (no multithreaded calculations invoked).

Beforemain variant filters, 30 founders and 0 nonfounders present.

Calculatingallele frequencies... done.

Totalgenotyping rate is 0.98575.

46580773variants and 30 cattle pass filters and QC.

Note:No phenotypes present.

--make-bedto output_bed.bed + output_bed.bim + output_bed.fam ... done.

Endtime: Fri Mar 03 01:47:04 2023

【详解】

这段 PLINK软件的日志记录了程序的运行信息。下面是对日志内容的详细解释：

• PLINK v1.90b7 64-bit (16 Jan 2023)：运行 PLINK 版本为 1.90b7 64 位，发布日期为 2023 年 1 月 16 日。

• Options in effect:：当前生效的选项。

• --chr 1-29,X,M：只包含染色体 1 到 29，以及 X 和 M 染色体的数据。

• --cow：表示输入的数据为牛的基因型数据。

• --file output：输入的数据文件名为 output。

• --make-bed：生成 BED 格式文件。

• --out output_bed：输出文件的名字为 output_bed。

• Hostname: DESKTOP-5CHRNIM：运行该程序的计算机名称为 DESKTOP-5CHRNIM。

• Working directory: G:\A测序分析数据\result\Merge_VCF：程序的工作目录为 G:\A测序分析数据\result\Merge_VCF。

• Start time: Thu Mar 02 16:57:57 2023：程序开始运行的时间为 2023 年 3 月 2 日下午 4:57。

• Random number seed: 1677747477：随机数种子为 1677747477。

• 16283 MB RAM detected; reserving 8141 MB for main workspace.：程序检测到计算机有 16283 MB 的 RAM，其中 8141 MB 被分配给主工作空间。

• Scanning .ped file... done.：扫描 PED 文件完成。

• Performing single-pass .bed write (46580773 variants, 30 cattle).：进行一次 BED 格式文件的写入，共有 46580773 个位点和 30 头牛。

• --file: output_bed-temporary.bed + output_bed-temporary.bim + output_bed-temporary.fam written.：临时 BED、BIM 和 FAM 文件已经写入。

• 46580773 variants loaded from .bim file.：共有 46580773 个位点从 BIM 文件中加载进来。

• 30 cattle (0 males, 0 females, 30 ambiguous) loaded from .fam.：共有 30 头牛（0 头公牛、0 头母牛、30 头未知性别）从 FAM 文件中加载进来。

• Ambiguous sex IDs written to output_bed.nosex .：未知性别的牛的 ID 被写入了 output_bed.nosex 文件。

• Using 1 thread (no multithreaded calculations invoked).：使用单线程进行计算。

• Before main variant filters, 30 founders and 0 nonfounders present.：在主要的变异位点过滤之前，有 30 个祖先和 0 个非祖先。

• Calculating allele frequencies... done.：计算等位基因频率完成。