Pymol加标签

关于Pymol的label：

label命令格式如下：

Pymol>label selection,expression
其，selection为已命名的对象，expression为标签的内容，如name,resn,resi,chain等。

label的一些设置：

投影模式：

Pymol>set label_shadow_mode,3
可选值：
0：无投影。
1：object有投影到label上，但是label本身无投影。
2：object有投影到label上，label本身也有投影。
3：object不投影到label上，label本身有投影。

文字颜色：

Pymol>set label_color,color-name,selection

字体：

Pymol> set label_font_id, 5
pymol内置了12中字体，编号为5-16

字体大小：

Pymol> set label_size, -0.5
Pymol> set label_size, 4
正值单位为px,负值单位为Å

label位置：

Pymol> set label_position, (x,y,z)

多标签：

Pymol不仅支持在命令窗口进行这些操作，同时Pymol也支持运行后缀为.py的Python文件以及后缀为.pml的文件。.pml文件里存放Pymol命令，该文件可以在命令窗口执行。这对于我们有极大的便利，比如，当我们有多个标签需要设置时，我们可以将以上这些命令写入.pml文件。

set label_shadow_mode,2
set label_font_id, 15
set label_size,50
set label_position,(3,2,1)
#first label
pseudoatom test1
label test1,"test1"
set label_color, red, test1
#second label
pseudoatom test2
label test2,"test2"
set label_color, red, test2

注释：

#设置标签显示模式
set label_shadow_mode,2
#设置标签字体
set label_font_id, 15
#添加一个假的原子
pseudoatom test
#为这个假的原子添加标签，标签名称为引号内部分，这两部分可以不同，
#这里只是为了方便显示，设置为相同的字符。
label test,"test"
#设置标签大小，此时所有的标签都采用这种设置。如果想要每个标签单
#独设置大小，则在数字后面加上标签名,如：set label_size,20,test
set label_size,20
#设置标签颜色，test为标签名称
set label_color, cyan, test
#为标签加位置偏置–防止标签处于图形的里层，被其它图形挡住看不到。
#在需要为球形加标签时尤其适用。若单独为每个标签设置偏置：
#set label_position,(3,2,1),test。即在X轴方向3Å，Y方向2Å，Z方向1Å。
set label_position,(3,2,1)

将上面没有注释的代码保存为后缀为.pml格式。在Pymol命令窗口中，输入run +代码所在位置，如我的代码存放在C:\Users\hp\下，相应命令为run C:\Users\hp\csdn.pml，回车。

这时，我们就得到了名为test1和test2的红色标签。若要移动标签，鼠标点击上图右侧红色方框中的Viewing，点击之后，Viewing会变为Editing，即表示此时的标签处于可编辑状态。在Editing状态下，按住Ctrl键，同时用鼠标左键按住标签，拖动鼠标即可实现标签的移动。