TRIM_UNUSED_KSYMS 和 ko 导出符号解耦

本文介绍了如何降低内核符号裁剪对非内核ko的耦合,通过修改export.h和调整编译流程,实现内核和ko编译时动态切换导出方法,同时确保ko的正常导出和使用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

背景介绍

随着内核代码越来越多,导致内核的体积也开始增长起来。TRIM_UNUSED_KSYMS 宏控可以一定程度上减小内核体积,主要是通过对内核中一些用不到的符号进行裁剪。

裁剪原理

这个先不细说了,主要集中在几个脚本上(adjust_ksyms.sh、gen_autoksyms.sh)。大致原理是:根据内核的 module.order 文件里的内核模块,找到模块使用到的所有导出符号;接着将没用到的导出符号进行裁剪。

问题

这个方法虽然可以减小内核体积,但是有个缺点:非内核 ko 中如果也有导出符号,那么也需要将符号添加到白名单中,这样耦合性就太大了,会带来很多麻烦。为此这篇文件介绍一个简单的解耦方法。

解耦方法

在 ko 中使用导出符号时需要用到 include <inux/export.h> ,如果开了内核符号裁剪宏,那么就会去 auto_ksyms.h 头文件找这个符号是不是在导出白名单并且重定义了 __EXPORT_SYMBOL,如果不在,那么不导出。

解耦的方法就是在内核以及内核 ko 编译的时候使用符号裁剪机制,在编译外部ko 时使用以前的方案重新定义 __EXPORT_SYMBOL 即可。这样的话在内核编译的过程可以拆分为三段:使用符号裁剪定义的 __EXPORT_SYMBOL,内核及ko编译,重新定义 __EXPORT_SYMBOL 使能外部 ko 导出符号的编译。这个控制流程最好使用宏控比较好,这里起名为 CONFIG_ENABLE_MODULE_EXPORT

`trim_galore`是一个用于对高通量测序数据进行质量控制、修剪和过滤的工具。它能够自动去除低质量序列、接头等,并保留高质量的读段。 要在Anaconda环境中安装并设置`trim_galore`,你需要按照以下步骤操作: ### 步骤一:创建并激活一个新的Conda环境 首先,你可以选择创建一个新环境,或者在一个已存在的环境中工作。如果你想要创建一个新的环境,可以使用下面的命令: ```bash conda create -n trim_env ``` 然后激活这个新环境: ```bash conda activate trim_env ``` ### 步骤二:安装生物信息学包 为了运行`trim_galore`,你需要一些基本的生物信息学工具,例如FastQ文件读取库。通常,Anaconda已经包含了一些基础的生物信息学包,比如`fastqc`,但是`trim_galore`需要额外的依赖项,如`samtools`和`bedtools`等。你可以通过conda环境管理器直接安装这些必需的依赖项和`trim_galore`本身: ```bash conda install -c bioconda trim_galore ``` ### 步骤三:检查安装是否成功 安装完成后,你可以通过运行`trim_galore --version`来确认其版本,以此验证安装是否成功: ```bash trim_galore --version ``` 如果一切正常,你会看到类似`Trim_Galore version X.Y.Z`的信息返回。 ### 相关问题: 1. **如何处理安装过程中遇到的权限错误?** 如果你在尝试安装时遇到权限问题,可以在安装命令前加上`sudo`(对于某些系统),或者确保你的账户拥有足够的权限去修改目录。对于在虚拟环境下进行的操作,确保已经激活了正确的环境并且你的路径设置正确。 2. **如何配置`trim_galore`以适应特定的测序项目需求?** `trim_galore`提供了许多参数来自定义处理过程,包括质量阈值、长度限制等。通常,这涉及到编辑命令行选项,例如`--length`来设定最小有效长度,`--phred64`指定质控分数编码,以及`--cores`设置并发核心数。 3. **在进行测序数据质量控制时,`trim_galore`与其他工具是如何协同工作的?** 测序数据预处理往往是一个多步流程,其中`trim_galore`通常作为第一步,负责修剪低质量序列和接头。后续步骤可能包括使用其他工具进行更深入的质量分析,如计算平均覆盖度(使用`samtools`)、变异位点检测(如使用`varscan`或`freebayes`)等。每一步都有其特定的功能和优化目标,在整个数据分析链中相辅相成。
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