转录组分析中Trimmomatic和Trim_galore详细使用说明（2） Trim_galore

最新推荐文章于 2024-04-19 10:04:31 发布
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Trim_galore 实际上是个套皮的Cutadapt和Fastqc，主要都是用Perl写的。

优劣势分析

优势：
1、安装和使用都非常简单；
2、代码较短
3、参数更直观，不用去死记硬背
4、默认下paired和unpaired，运行速度较快
劣势：
1、可调参数较少

除此之外，trim_galore还有一个特色就是可以对RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing， DNA甲基化测序）构建的文本库进行相应的质控，比如“–rrbs” 参数对于 RRBS测序中引入的碱基C进行处理，会去除3’端的2个碱基。具体参照说明书。

Trim_galore使用说明

Trim_galore文件相关参数

Trim_galore处理序列的流程可以分为以下几个步骤：

  1. quality trimming 质量分数相关处理
  2. adapter trimming 接头处理
  3. removing Short Sequences 过短reads处理
  4. specialised Trimming 特殊处理

输入参数时最好根据上述流程输入各自对应的参数，常用命令：

trim_galore -q 25<
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lazymark2
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RNA-seq上游分析之质控软件——Trim Galore
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TrimGalore:Cutadapt和FastQC的包装器，可将适配器和质量修整一致地应用于FastQ文件，并具有RRBS数据的附加功能
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修剪嘉豪 Trim Galore是和的包装，可始终将适配器和质量修整应用于FastQ文件，并具有RRBS数据的附加功能。 安装 Trim Galore是Perl的包装器，它围绕两个工具： 和 。 要使用，请确保这两款软件都可用，然后将trim_galore脚本复制到PATH上可用的位置。 例如： # Check that cutadapt is installed cutadapt --version # Check that FastQC is installed fastqc -v # Install Trim Galore curl -fsSL https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.6.6.tar.gz -o trim_galore.tar.gz tar xvzf trim_galore.tar.gz # Run
trim_galore去接头和质控
qq_27390023的博客
06-18 3705
Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件，用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后，第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件，我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据公司的说明文件来设定的。cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤，FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布，trim_galore将这两个软件封装到一起，使用起来更加的方便。 参数说明：-q 25
【一次性看懂 trim_galore软件的运行代码】
weixin_56701701的博客
11-29 1665
##Q：下面报错：可能内存不够，网络不稳定，文件损坏；#有个问题：conda install -c grst trim_galore；#进入默认的安装包位置（~./miniconda3/pkgs），ls -a打开，发现trim_galore文件夹和压缩包。#ls查看当前文件夹下是否安装吃成功trim_galore --version，没有显示，解压之后仍然提示没有安装成功。####Q：报错安装不成功或者安装成功但是调用不了，看版本。####Q仍然报错，说trim_galore安装不上。
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fastp，trimgalore，转录组上游分析，Linux
TrimGalore软件的安装使用
weixin_44616693的博客
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通常情况下，我们需要指定对应的adapter序列（参数–adapter），如果没有指定，trim_galore会自动查找以下3种类型的adapter：Illumina，Small RNA，Nextera。**–retain_unpaired：**对于双端测序结果，一对reads中，如果一个read达到标准，但是对应的另一个要被抛弃，达到标准的read会被单独保存为一个文件。**–paired：**对于双端测序结果，一对reads中，如果有一个被剔除，那么另一个会被同样抛弃，而不管是否达到标准。
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转录组分析中Trimmomatic和Trim_galore详细使用说明（1） Trimmomatic
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优劣势分析 Trimmomatic 优势： 1、可使用参数更多，如滑窗剪切，可以直接选择使用内置的接头序列等等 2、可生成paired和unpaired两种文件，更利于下游分析 劣势： 1、代码非常长，而且容易写错，最好写在一个脚本里； 2、参数比较难记，像ILLUMINACLIP中的几个数字分别代表什么必须要对照说明书才能看懂 3、运行时间较长，建议在测序质量较好并且接头残余少的时候使用trim_galore Trim_galore 优势： 1、安装和使用都非常简单； 2、代码较短 3、参数更直观，不用去
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Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件，用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后，第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件，我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据公司的说明文件来设定的。 软件说明 版本信息 Trim Galore version: 0...
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