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原创 R语言画基因突变结构图

R语言画基因突变结构图

2023-03-13 11:29:17 1878

原创非模生物STRING结合cytoscape进行PPI画图

软件要求主要使用的软件为cytoscape和stringapp插件。示例具核梭杆菌( Fusobacterium nucleatum , F . nucleatum )假设我们拿到了公司给的差异基因列表，要对这份列表上的基因进行蛋白互作分析。> head(gene_FN)# A tibble: 6 × 5 ID logFC pvalue Description Status <chr> <dbl>

2021-10-12 11:27:15 3819

原创 bam格式转换为Fastq/Fasta格式

bam格式转换为Fastq/Fasta格式Samtools FastqGATK SamToFastqBedtools bamtofastq举例说明，比如说我们现在有一个转录组比对文件D1_D1.sort.bam：samtools view -H D1_D1.sort.bam | tail@SQ SN:19 LN:58617616@SQ SN:20 LN:64444167@SQ SN:21 LN:46709983@SQ SN:22 LN:50818468@SQ SN:X LN:1560

2021-09-18 18:13:04 13269 2

原创简单脚本自动查询Phred质量分数编码系统

简单脚本自动查询Phred质量分数编码系统1）`less $1`2）`head -n 1000`3）`awk '{if(NR%4==0) printf("%s",$0);}'`4）`od -A n -t u1 -v`修改自：从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第2节 FASTA和FASTQless $1 | head -n 1000 | awk '{if(NR%4==0) printf("%s",$0);}' | od -A n -t u1 -v \| awk 'BEGIN{min=100;max

2021-09-03 00:00:01 368

原创转录组分析中Trimmomatic和Trim_galore详细使用说明（2） Trim_galore

Trim_galore 实际上是个套皮的Cutadapt和Fastqc，主要都是用Perl写的。优劣势分析优势：1、安装和使用都非常简单；2、代码较短3、参数更直观，不用去死记硬背4、默认下paired和unpaired，运行速度较快劣势：1、可调参数较少除此之外，trim_galore还有一个特色就是可以对RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing， DNA甲基化测序）构建的文本库进行相应的质控，比如“–rrbs” 参数对于 RRBS

2021-08-05 00:41:18 5670

原创转录组分析中Trimmomatic和Trim_galore详细使用说明（1） Trimmomatic

优劣势分析Trimmomatic优势：1、可使用参数更多，如滑窗剪切，可以直接选择使用内置的接头序列等等2、可生成paired和unpaired两种文件，更利于下游分析劣势：1、代码非常长，而且容易写错，最好写在一个脚本里；2、参数比较难记，像ILLUMINACLIP中的几个数字分别代表什么必须要对照说明书才能看懂3、运行时间较长，建议在测序质量较好并且接头残余少的时候使用trim_galoreTrim_galore优势：1、安装和使用都非常简单；2、代码较短3、参数更直观，不用去

2021-07-30 02:54:02 8267 1

原创 Aspera/FTP下载SRA/fastq文件后根据样本信息进行批量重命名

从NCBI下载：sra的数据库格式为/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/{SRR|ERR|DRR}/<first 6 characters of accession>/<accession>/<accession>.srafor i in `cat accession.txt`;dox=$(echo $i | cut -b 1-6)y=$(echo $i | cut -b 1-3)ascp -T -i ~/.aspera/co

2021-07-28 13:50:17 882

原创基因表达矩阵中排除表达量低的样本和基因

构建基因表达矩阵的时候，其基因个数和样本个数都会达到成千上万个，这时在做PCA分析或者差异基因分析前最好排除表达量低的样本和基因#加载相应的安装包library(tidyverse)#例子如下gdf <- tibble(g = rnorm(4, 0.5, 0.5), v1 = rnorm(4,1,0.5), v2 = rnorm(4, 1.5, 0.5) gdf <- gdf%>% mutate(v3 = rep(0,4)) gdfOutput:# A tibble: 4

2021-06-23 00:53:19 14307

原创通过Leaguepedia API实现抓取英雄联盟赛事数据

概述在帮助文档可以看到，Leaguepedia的赛事数据可以通过mwclient这个包抓取相关赛事数据，包括首龙、首塔、赛区、比赛名称、BP、英雄、经济、胜负等等数据。##安装mwclientpip install mwcleric代码示例：import mwclientimport timeimport datetime as dtimport pandas as pdfrom datetime import date, timedelta#SG是游戏数据，SP是选手数据，通过Uni

2021-06-15 23:47:22 2287

原创 Linux中ffmpeg批量压缩音频

Linux中ffmpeg批量压缩音频安装ffmpegsudo apt-get install ffmpeg压缩音频代码ffmpeg -i input.mp3 -codec:a libmp3lame -b:a 128k output.mp3其中-b:a 128k 表示恒定压缩比特率为128k示例现在有一个music文件夹，里面有10首格式为.flac的音频文件批量处理for file in *.flac; do ffmpeg -threads 16 -i "$file" -codec:a

2021-06-07 21:18:36 2159

原创 Macbook安装Ubuntu 20.04开启摄像头

Macbook安装Ubuntu 20.04开启摄像头主要步骤安装相关依赖提取固件并编译sensor校正安装驱动安装相关依赖最少要安装以下安装包：sudo apt install curl git unrar提取固件并编译在指定目录下git clone https://github.com/patjak/facetimehd-firmware.gitcd facetimehd-firmware #打开目录make #可能需要权限sudo make install正确编译之

2021-01-29 20:34:03 1778

原创如何更方便地将谷歌翻译导入到Goldendict

如何更方便地将谷歌翻译导入到GoldendictGoldendict是一款跨平台的词典软件，其功能极其强大，具体功能就不能赘述了，本教程是教大家如何更方便将谷歌翻译导入到Goldendict，以简单的文本显示，而不是冗长的网页形式。需要用到的工具translate-shelltranslate-shell是一个简单的命令行翻译器，主要调用谷歌翻译、必应翻译等翻译网站，可以在命令行中直接实现输入和翻译。安装translate-shellLinux环境下：安装Gawk依赖sudo apt ins

2021-01-29 00:24:56 1387 1

原创将Firefox书签（JSON）导入到Chrome中

将Firefox书签（JSON）导入到Chrome中Firefox（火狐）浏览器书签 JSON→ Chrome（谷歌）浏览器书签HTML用到的工具fox2chrome-tags ——Github地址项目说明fox2chrome-tags可以将Firefox的json书签文件转为Chrome的html格式书签，并且进行命名。但Firefox书签中原有的文件目录将消失，所有书签归入同一个文件夹。转化后的HTML书签适用于Chrome，但也适用于大部分支持书签的浏览器。使用说明1、备份Firefo

2021-01-24 14:15:59 3202

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