【影像组学pyradiomics教程】（五）pyradiomics模块--Image Processing and Filters（图像处理及滤波器）

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radiomics.imageoperations.getBinEdges(binwidth, parameterValues) 
计算并返回灰度直方图

radiomics.imageoperations.binImage(binwidth, parameterMatrix,parameterMatrixCoordinates)

radiomics.imageoperations.generateAngles(size, **kwargs)

radiomics.imageoperations.checkMask(imageNode, maskNode, **kwargs) 
检查Mask中的ROI的尺寸和维度是否符合要求，具体步骤如下：

1. 检查原始图像和Mask是否一致（例如尺寸、spacing、direction和origin），可使用geometryTolerance参数来调整tolerance，如果返回值为True，系统会检查Mask是否包含有效的ROI（即ROI区域必须小于图片的物理尺寸），如果上述检查没有问题，系统会将Mask重采样为原始图像的几何尺寸
2. 检查Mask中是否存在label
3. 检查ROI的维度是否符合定义的最小维度（使用minimumROIDimensions定义）
4. 检查ROI中体素数量是否符合定义的最小数量（使用minimumROISize定义）

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• 该函数返回一个包含两个元素的元组，第一个元素是Mask的bounding box，第二个元素是重采样后的与原始图像具有同样几何尺寸的Mask
• 如果检测不通过，则报错，返回一个值为（None, None）的列表；如果检测通过，返回的bounding box将在cropToTumorMask()会用到。
• Bounding box在（1）中计算，并在后续的检查中需要用到。Bounding box是使用SimpleITK.LabelStatisticsImageFilter()计算得到的，是一个拥有六个元素的元组：（L_x, U_x, L_y, U_y, L_z, U_z）
• 通过反复调用SimpleITK.LabelStatisticsImageFilter()来计算boundingbox，提升性能
• 参数： 
  • minimumROIDimensions [1]：1-3范围内的整数
  • minimumROISize [None]：大于0的整数
• 如果第一步检测失败，通常可能原因有两个： 
  • 原始图像和Mask匹配，但是在origin、sapacing或者direction等方面存在轻微的差异。具体的错误原因存储在DEBUG级别的log文件中（如果使用了log），通过更改geometryTolerance和调用correctMask函数可以解决这个问题
  • 虽然原始图像和Mask不匹配，但是Mask中包含的ROI包含在原始图像范围内。我们可以通过在特征提取前进行重采样来解决这个问题

radiomics.imageoperations.cropToTumorMask(imageNode, maskNode,boundingBox, padDistance=0

• 输入参数： 
  • BoundingBox：checkMask()返回的bounding box，用于确定裁剪后的图像大小。
  • Label：label的值
• 返回值： 
  • 裁剪后的image和Mask（SimpleITK类型）

radiomics.imageoperations.resampleImage(imageNode, maskNode,resampledPixelSpacing, interpolator=3, label=1, padDistance=5)

• 将原始图像和Mask重采样为特定的spacing（默认使用线性差值）

• Interpolator和resampledPixelSpacing参数可通过参数文件定义，或者作为关键字参数直接传递给特征抽取器

• imageNode和maskNode时候SimpleITK对象，resampledPixelSpacing是输出图片spacing（三元素的元组）

• 如果spacing的某元素为0，则用原始Mask的对应维度的spacing替代它

• 重采样网格会和输入的原始图片进行对齐，并且只会对Mask的ROI对应的区域进行重采样

radiomics.imageoperations.normalizeImage(image, scale=1,outliers=None) 
对图片进行归一化

radiomics.imageoperations.resegmentMask(imageNode, maskNode,resegmentRange, label=1) 
对Mask进行重分割，移除灰度值在resegmentRange之外的体素

radiomics.imageoperations.getOriginalImage(inputImage, **kwargs) 
获取原始图像

• 返回值：迭代器，指向的元素为一个三元素的Tuple，第一个元素为原始图像，第二个元素为字符串‘Oringinal’，第三个元素为参数字典

radiomics.imageoperations.getLoGImage(inputImage, **kwargs) 
对原始图像应用LOG滤波器

• 输入参数： 
  • Sigma：浮点数或者整数的列表，大于0。每一个元素代表一个滤波器。

radiomics.imageoperations.getWaveletImage(inputImage, **kwargs) 
radiomics.imageoperations.getSquareImage(inputImage, **kwargs) 
radiomics.imageoperations.getSquareRootImage(inputImage, **kwargs) 
radiomics.imageoperations.getLogarithmImage(inputImage, **kwargs) 
radiomics.imageoperations.getExponentialImage(inputImage, **kwargs