openslide学习笔记

最新推荐文章于 2023-10-29 15:42:05 发布

Kent0n

最新推荐文章于 2023-10-29 15:42:05 发布

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分类专栏： python

本文链接：https://blog.csdn.net/Kent0n/article/details/106310805

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这篇博客介绍了如何使用openslide库读取大图像并进行DeepZoom切块操作。详细讨论了DeepZoomGenerator的参数，如tile_size、overlap和limit_bounds，并展示了如何计算切图的总数和金字塔层数。内容包括自定义切图大小、边缘overlap处理以及不同层级的切片数量和尺寸。最后，探讨了openslide库在实际应用中的常见用法。

摘要由CSDN通过智能技术生成

读取文件

img_path = 'D:/Server download/test_slide.svs'
result_path = 'D:/result'
slide = openslide.open_slide(img_path)

图像原始大小（获得图像原始大小有多种方法，这只是其中一种）

[w,h] = slide.level_dimensions[0]

切块方法

各参数及其含义，参考官方说明：

class openslide.deepzoom.DeepZoomGenerator(osr, tile_size=a, overlap=1, limit_bounds=False)

osr – the slide object
tile_size (int) –单个的宽度和高度。为了获得最佳的查看器性能，平铺大小+2*重叠应该是2的幂。
overlap (int) – 要添加到平铺每个内边缘的额外像素数
limit_bounds (bool) – 如果为True，则仅呈现非空幻灯片区域
osr–幻灯片对象

from openslide.deepzoom import DeepZoomGenerator
data_gen = DeepZoomGenerator(slide, tile_size=50, overlap=0, limit_bounds=False)

tile_size可以设成自己想切的图像大小。
overlap表示的是否边缘overlap，引入其他信息
limit_bounds表示的是大图整个边缘可能达不到自己设的长和宽。False,则丢弃边缘图。True,保存
输出总共切图个数和一共有多少个金字塔，

num_w，图像切片宽度个数
num_h, 图像切片长度个数
data_gen.get_tite(level,(row,col))，level范围在data_gen.level_count，最大的为金字塔底层，最小为0。row，范围是（0，num_w）。col，范围是（0，num_h）.还有其他的API切图，可以看官方文档。
也可以自己实现，不调用API.

num_w = int(np.floor(w/width))+1
num_h = int(np

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读取文件img_path = 'D:/Server download/test_slide.svs'result_path = 'D:/result'slide = openslide.open_slide(img_path)图像原始大小（获得图像原始大小有多种方法，这只是其中一种）[w,h] = slide.level_dimensions[0]切块方法各参数及其含义，参考官方说明：class openslide.deepzoom.DeepZoomGenerator(osr.
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