openslide

breezehasai

已于 2022-12-02 17:35:23 修改

阅读量4.9k

点赞数 2

分类专栏： python 医学图像文章标签：图像处理

于 2022-04-03 17:22:56 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/breezehasai/article/details/123939817

版权

3 篇文章

订阅专栏

2 篇文章

订阅专栏

在医学图像中，通常使用数字扫描仪将病理图像存储到计算机上，即幻灯片的数字版本称为WSI(whole slide image)。因为WSI的分辨率比较大，常规处理方法通常无法完成对其进行处理，所以需要借助openslide库进行处理。

官方文档: https://openslide.org/api/python/#module-openslide

sudo apt-get install openslide-tools

pip install openslide-python

sudo apt-get install python-openslide
sudo apt-get install python3-openslide

（1）openslide.open_slide——读取

import openslide
slide = openslide.open_slide(xxx.svs/xxx.tif)

（2）slide.level_dimensions——（width, height）

slide.level_dimensions

得到是不同分辨率下的宽高元组的列表。每张WSI最高级别是0，即最高分辨率。

（3）slide.dimensions——当前级别下的宽和高

w, h = slide.dimensions

（4）slide.level_count——幻灯片的级别数

slide.level_count

0是最高级别（最高分辨率），level_count-1是最低级别。

（5）slide.level_downsamples——下采样因子的列表

# level_downsamples[k] 是第 k 级的下采样因子。
slide.level_downsamples[k]

（6）slide.read_region() ——返回一个RGBA图像，包含指定区域的内容

# (location_tuple，level，size)
image = slide.read_region(coord, self.level, (self.size, self.size))
image = image.convert("RGB")

返回是一个四通道的图像，其中A表示透明度。使用PIL库转换成RGB格式。

（7）slide.get_thumbnail()——得到指定尺寸的RGB图像缩略图

# size(tuple)
thumb = slide.get_thumbnail(size)

使用get_thumbnail方法得到的是Image对象而不是numpy array对象

（8）slide.close() ——关闭

slide.close()