基于R语言的方差分析

1、导入相关的包

单因素方差分析

一、正态性检验

with(ToothGrowth, tapply(len, dosef, shapiro.test))

二、方差齐性检验

三组以上的因子需要用leveneTest()检验

leveneTest(len~dosef, ToothGrowth)

不过有一些教材认为应该用残差来检验正态性和方差齐性
因此这里需要进行一次方差分析

AOV1 <- aov(len~dosef, ToothGrowth)
summary(AOV1)

这里面的Residuals就是残差的意思，所以要将这数据提取处理，也可以在AOV1数据上面索引

三、诊断模型

res1 <- residuals(AOV1) 或者 res1 <- AOV1$residuals
shapiro.test(res1)
ggqqplot(res1) 画出qq图看以下

科普：
QQPlot图是用于直观验证一组数据是否来自某个分布，或者验证某两组数据是否来自同一（族）分布。在教学和软件中常用的是检验数据是否来自于正态分布。

方差齐性的检验和前面的差不多就是因变量变成了残差

leveneTest(res1~dosef, ToothGrowth)

然后进行进一步的分析，对于多组因子进行事后两两分析
TukeyHSD(AOV1)
得到各组两两比较的结果，均值之差