opengwas在线获取失败（即使获取token）

最新推荐文章于 2025-05-16 10:06:26 发布
最新推荐文章于 2025-05-16 10:06:26 发布
阅读量1.2k 收藏
点赞数 7
文章标签： r语言
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/LDragon1226/article/details/140492009
版权

我昨天下午第一次跑了一次，非常顺利；但是晚上再跑一次就不行了，我重启R、reset那个token都不行，到底是哪里出了问题呢？求助，谢谢大家

LDragon1226
关注
openGauss学习笔记-31 openGauss 高级数据管理-索引
超哥的博客
08-05 445
索引是一个指向表中数据的指针。一个数据库中的索引与一本书的索引目录是非常相似的。 索引可以用来提高数据库查询性能，但是不恰当的使用将导致数据库性能下降。
解螺旋孟德尔随机化实操代码练习记录
weixin_71847005的博客
10-24 479
【代码】解螺旋孟德尔随机化9-1代码练习记录。
GWAS数据库ieugwasr包最新配置API用户Token方法
weixin_52968987的博客
07-27 2263
1.1 创建.Renviron文件（直接在Rstudio中目录建立一个叫“.Renviron”的文本文件）记得一定要重启 R session-Ctrl+Shift+F10。library(dplyr) #这个包提供管道符号支持。注册后可以获得TOKEN-用的github账户。内容是：OPENGWAS_JWT=你的TOKEN。# user()，查看token对应的用户信息。1.2 修改.Renviron文件内容。设置 R（ieugwasr 包）2.2 重启 R session。# 查看是否识别到token。
孟德尔随机化线上数据提取不了，一招帮你搞 定！！
weixin_47988917的博客
05-15 8144
即将开课！如何用ChatGPT撰写科研论文？欢迎报名！2024年最新ChatGPT在科研论文中的应用培训班5.18-19最近，大家在做孟德尔随机化，利用TwoSampleMR包提取数据时总是出现错误，如下图：或者如下图，提取出来的数据是空的（TwoSampleMR包要更新了）这个原因主要是因为IEU数据库用的人太多，不堪重负，所以服务器就进行了更新，给大家设置了一些门槛，需要获得专属的token...
求助！孟德尔随机化LD时clump_data函数过程中出现错误1.OPENGWAS_JWT=＜token＞ needs to be set in your .Renviron file.
CSDNriti的博客
04-12 3266
问题三：Error in mtfrm.default(list(url = "https://api.opengwas.io/api/ld/clump", : cannot mtfrm。问题一：好像是要去https://api.opengwas.io上拿到JWT，可是我已经在网站上有了JWT，请问如何与R相关联，也就是在R上面绑定？问题二：No encoding supplied: defaulting to UTF-8.这个东西需要管吗？若需要如何去解决呢？孟德尔小白，请哪位大哥能够帮帮忙！
孟德尔随机化（四）—— 终于搞定！遇到 Error in if (nrow(d) == 0) return(NULL) : 参数长度为零 该怎么办！帮你完美解决！
weixin_43843918的博客
07-11 1万+
俺要要要终于回来啦！！！今天！咱就帮助大家解决一个困扰多日的问题！是什么呢！铛铛铛铛！就是近期大家在孟德尔随机化分析中最常遇到的或！相信大家一定遇到过！因为我发现，私信和留言，还有交流群内，都快被这个问题刷屏了，而且似乎也没有什么好的解决方案出现！这是咱们使用之前在中的方法在线从 GWAS 数据库下载数据时会遇到的情况，真是让我们一筹莫展、二脸懵逼、三阳开泰、四处碰壁、「五」可奈何、六六不顺、七上八下、「八」酒消愁、「九」命呀！咱不慌！今天！一个偶然的情况下，我突然灵光乍现！就那么一试！哎呀！果然！搞定！
OpenStack 学习笔记 （一）
dizhai7933的博客
07-16 298
后续的文章都贴在：臭蛋上 这一系列笔记已经记录很长一段时间了，种种原因没有贴出来，现在陆陆续续的贴出来。可能由于自己理解的 错误和疏忽，导致存在错误，欢迎大家指正，交流。 所有的源码分析都是基于OpenStack Folsom版本。 参考文档：http://hi.baidu.com/chenshake/item/184767c22c1231ba0d0a7b...
Jmeter接口登录获取参数token报错问题解决方案
08-18
然而，在实际操作中，我们可能会遇到登录过程中获取参数 `token` 报错的问题。本篇将详细介绍如何解决这个问题。 首先，`token` 是一种常见的安全机制，用于验证请求的合法性。在登录接口中，服务器通常会返回一个...
微信小程序配置服务器提示验证token失败的解决方法
12-01
关于这个服务器的配置我也是绕了好多弯路，说白了腾讯就是想通过你填的这个URL和Token去验证你有一个自己的服务器(外网可以访问的服务器)，其实就是想让你证明你是你自己，呵呵…. 关于这个token随便填不要纠结，...
获取米家设备 token
03-29
获取米家设备 token，总共3款软件，两款 windows 软件跟一款修改过的米家APP
OAuth2获取token报错invalid stream header
12-14
记一次异常解决：OAuth2获取token报错invalid stream header 在整合springcloud gateway、eureka、security、OAuth2的时候，采用授权码模式，用授权码去访问/oauth/token获取token时，遇到invalid stream header异常...
美团扫码获取Token-v1.1.exe
04-14
美团扫码获取Token-v1.1.exe
GWAS数据下载详解（1）
热门推荐
weixin_49320263的博客
06-23 2万+
介绍常用GWAS数据库
API: public: http://gwas-api.mrcieu.ac.uk/OpenGWAS updates:错误: loadNamespace()里算‘ieugwasr‘时.onLoad
2301_81694606的博客
03-11 1140
记录一下R语言运行时发送的错误。
ShardingSphere：查询报错：Actual table `数据源名称.表名` is not in table rule configuration
最新发布
weixin_52116015的博客
05-16 899
ShardingSphere：查询报错：Actual table `数据源名称.表名` is not in table rule configuration
library(TwoSampleMR) > # 提取暴露数据 > exposure_dat <- extract_instruments( + outcomes = "ebi-a-GCST90029012", + p1 = 5e-08, + clump = TRUE # 默认进行连锁不平衡 clumping + ) 错误于if (nrow(d) == 0) return(NULL): 参数长度为零
03-13
<think>好的，用户遇到了一个新的错误，错误信息是“错误于if (nrow(d) == 0) return(NULL): 参数长度为零”。我需要分析这个错误的原因，并提供解决方案。 首先，用户之前的问题是关于无效参数access_token，现在解决了那个问题之后，又出现了新的错误。这个错误发生在调用extract_instruments函数时，特别是在检查数据框是否为空的时候。错误提示参数长度为零，说明在某个条件判断中使用了空的数据结构。 接下来，我需要考虑可能的原因。首先，用户提供的outcome ID是否正确？如果ID错误，函数可能无法获取数据，返回空的数据框，导致nrow(d)为0，触发错误。其次，GWAS数据库中是否存在该ID对应的数据？有时候即使ID正确，数据库可能没有相关数据，或者访问权限问题。另外，p1阈值设置是否太严格，导致没有SNP达到显著性水平？还有可能是网络问题导致数据无法下载，或者包的版本问题导致函数行为异常。 然后，我需要给出逐步的解决方案。首先建议用户检查outcome ID是否正确，确认数据库中存在该数据集。然后检查p1阈值，适当调低看看是否有结果。检查网络连接，确保能访问数据库。更新相关R包到最新版本，避免已知的bug。如果还是不行，尝试其他ID或手动下载数据。 另外，用户可能不太清楚如何具体操作这些步骤，比如如何查找正确的ID，如何调整阈值，如何更新包，或者如何手动下载数据。因此，在回答中需要详细说明每个步骤的具体操作方法，例如使用ieugwasr包的api_status检查服务状态，或者使用gwasinfo函数验证ID是否存在。 还要考虑用户可能的后续问题，比如如果ID正确但数据为空怎么办，这时候可能需要联系数据库维护者或者检查数据集的可用性。另外，用户可能需要示例代码来测试其他ID，比如给出一个已知可用的ID例子，帮助用户验证他们的代码是否正常工作。 最后，确保回答结构清晰，分点列出原因和解决方案，便于用户逐步排查。同时，提醒用户如果问题仍未解决，提供更多信息以便进一步帮助，比如包版本、完整代码和错误日志。</think>你的错误 `参数长度为零` 表示 `extract_instruments()` 函数尝试提取数据时返回了空结果，导致后续操作无法执行。以下是逐步分析和解决方案： --- ### **错误原因分析** 1. **无效的 `outcomes` ID** - `"ebi-a-GCST90029012"` 可能不是有效的 GWAS 数据集标识符，或该数据集在 [IEU OpenGWAS](https://gwas.mrcieu.ac.uk/) 中不存在。 - **验证方法**：访问 [IEU GWAS 数据库](https://gwas.mrcieu.ac.uk/datasets/) 搜索该 ID，或使用 R 代码检查： ```r ieugwasr::gwasinfo("ebi-a-GCST90029012") # 若返回空，则 ID 无效 ``` 2. **数据提取条件过严** - `p1 = 5e-08` 是严格的阈值，可能导致该数据集中没有 SNP 满足显著性要求。 3. **数据库访问问题** - 网络问题或 API 服务暂时不可用（例如 IEU GWAS 服务器宕机）。 4. **包版本或依赖问题** - 旧版本的 `TwoSampleMR` 或 `ieugwasr` 包可能存在兼容性问题。 --- ### **解决方案** #### 1. **验证数据集 ID** - 在浏览器中打开 [IEU GWAS 数据集列表](https://gwas.mrcieu.ac.uk/datasets/)，搜索 `ebi-a-GCST90029012`，确认其存在。 - 或在 R 中直接查询： ```r library(ieugwasr) gwas_info <- gwasinfo("ebi-a-GCST90029012") print(gwas_info) ``` #### 2. **放宽显著性阈值** 逐步提高 `p1` 的值（例如 `p1 = 1e-05`），测试是否能提取到 SNP： ```r exposure_dat <- extract_instruments( outcomes = "ebi-a-GCST90029012", p1 = 1e-05, # 放宽阈值 clump = TRUE ) ``` #### 3. **检查数据库服务状态** 确保 IEU OpenGWAS API 可用： ```r ieugwasr::api_status() # 若返回 `"OK"` 则服务正常 ``` #### 4. **手动下载数据** 如果自动提取失败，尝试直接从数据库下载并加载数据： ```r # 手动下载（需替换为真实 URL） manual_data <- read.csv("https://gwas.mrcieu.ac.uk/files/ebi-a-GCST90029012/...") # 转换为 TwoSampleMR 格式 exposure_dat <- format_data(manual_data, type = "exposure") ``` #### 5. **更新 R 包** 确保使用最新版本的包： ```r install.packages("remotes") remotes::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR") remotes::install_github("MRCIEU/ieugwasr") ``` --- ### **完整代码示例** ```r library(TwoSampleMR) library(ieugwasr) # 1. 检查数据集是否存在 gwas_info <- gwasinfo("ebi-a-GCST90029012") if (nrow(gwas_info) == 0) { stop("数据集 ID 无效！") } # 2. 放宽阈值并提取数据 exposure_dat <- extract_instruments( outcomes = "ebi-a-GCST90029012", p1 = 1e-05, # 初始尝试 1e-05 clump = TRUE ) # 3. 若仍为空，尝试其他 ID（示例） exposure_dat <- extract_instruments( outcomes = "ieu-a-2", # 已知有效的 ID（例如 BMI 数据） p1 = 5e-08 ) ``` --- ### **补充说明** - **常见有效 ID 示例** - 身高：`"ieu-a-835"` - BMI：`"ieu-a-2"` - 冠心病：`"ieu-a-7"` - **调试建议** - 在代码中分段检查返回值（例如先运行 `gwasinfo()`，再运行 `extract_instruments()`）。 - 使用 `tryCatch()` 捕捉错误细节： ```r tryCatch({ exposure_dat <- extract_instruments(...) }, error = function(e) { message("错误信息：", e) }) ``` --- 如果问题仍未解决，请提供以下信息： 1. `gwasinfo("ebi-a-GCST90029012")` 的输出 2. `sessionInfo()` 中的包版本 3. 网络环境（是否使用代理？）
评论 3
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值