孟德尔随机化线上数据提取不了，一招帮你搞定！！

公共数据库与孟德尔随机化

于 2024-05-15 11:29:50 发布

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最近，大家在做孟德尔随机化，利用TwoSampleMR包提取数据时总是出现错误，如下图：

或者如下图，提取出来的数据是空的（TwoSampleMR包要更新了）

这个原因主要是因为IEU数据库用的人太多，不堪重负，所以服务器就进行了更新，给大家设置了一些门槛，需要获得专属的token（类似密钥）才能进行提取数据。

所以，要解决在IEU网站提取数据，就要获得专属的token

以下就是注册的步骤：

第一步：大家要先有GitHub账号，这个注册很简单，按照流程注册就行

第二步：1.打开IEUOpenGWAS API站： https://api.opengwas.io/，选择GitHub账号登入（当然用其他两种也都可以）

2.输入GitHub账号和密码

3.点击Generate a token，就可以生成专属token

4.保存红框中的token,这点很重要，每次打开R语言提取数据都要用到这个

第三步，应用token，进行数据提取。

1.提取前需要进行TwoSampleMR包、ieugwasr包的更新

devtools::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")
install.packages("ieugwasr")

2.加载相应的R包

library(TwoSampleMR)
library(ieugwasr)

3.进行环境配置

Sys.setenv(OPENGWAS_JWT="token") #这个token就是保存下来一长串的值，复制进去就可以了

有点比较麻烦的事，每次重启Rstudio，要像R包加载一下，设置token值。

4.提取数据

exp<-extract_instruments(outcomes= c("ieu-b-40"),p1 = 5e-08)

数据比以前提的还快！

另外，如果发现数据提取不了，可以查看token值是否过期

ieugwasr::get_opengwas_jwt() # 查看当前token

ieugwasr::user() # 返回用户名、账号类型，token过期时间

过期了，登入官网换一个token就行.

好了，祝大家早日发表孟德尔随机化文章！！

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