R语言科研绘图系列1——数据整理篇

泥腿子走路走的多了，也要时常总结下，如有高招请多多赐教。
以下所有代码没有详细描述，可以自己help或？。

一、问题

R语言科研规范出图希望能达到一键出图无需后期修改

1、主要解决数据导入、排序、数值因子转后、长宽转化、提取等问题
2、主要解决ggplot2图例、XY轴标签及范围、图框、颜色、字体、大小、排序等问题

科研出图规范性
科研论文图片重要性

二、数据整理

关于数据的导入、排序、数值因子变量转化、长宽转化和提取问题？

1、导入常用：

1）首选csv文件：read.csv（）
2）xlsx文件：openxlsx包中read.xlsx（）

2、数值型转因子型

root_1$date <- as.factor(root_1$date)##数值型-因子型

3、提取常用

1.subset（）
2.filter（）

注意：|或，&和、管道符%>%的用法

filter(hh_2,hh_2$分组!="A" & hh_2$起始时间=="2010" | hh_2$起始时间=="2012")
   序号 分组 起始时间 终止时间       
1    14    B     2010     2011     
2    15    B     2010     2011    
3    16    B     2010     2011     
4    17    B     2010     2011     
subset(data,变量1==“T1”|变量1==“T2”)%>%subset(变量2==“男”)##类似
##注意：|或，&和、管道符%>%的用法

其实这个如果有单列变量1=c(“1”,“2”,“3”)类似的用法就好了。

4、排序常用

library(dplyr)
arrange(data,变量1，变量2，，，)

5、长宽转换常用

1、常用宽转长
2、注意用法，有时遇到奇数列转一列，偶数列转一列，一次不行搞两次，然后合并

ibrary(tidyr)
root_12 <- gather(root_11[c(1,2,3,4,6,8)],##提取数据偶数列
                  key = "mean",##转后因子变量列变量名
                  value = "value.m",##转后数值列变量名
                  4:6)##4-6列全部转

6、因子变量名大小设定

因子变量的大小顺序方便后期作图图例顺序排列，也可以更改因子变量labels

mydata$Treat <- factor(mydata$Treat,order=TRUE,
                       levels = c("Y10","Y6","Y2","Y0"))##

##对比下不同                      
> str(mydataframe)
 $ Treat   : Factor w/ 4 levels "Y0","Y10","Y2",..: 2 2 2 2 4 4 3 3 1 1 ...                
>str(mydataframe)
 $ Treat   : Ord.factor w/ 4 levels "Y10"<"Y6"<"Y2"<..: 1 1 1 1 2 2 3 3 4 4 ...                       

7、数据分组计算

结合这两个博客，让你的数据分组计算彻底摆脱excel的托拉硬拽

R语言分组计算平均数、SE、SD等等
R语言函数paste和paste0

增加个彩蛋，如果变量列名复杂，制作formula公式手动搞挺费精力你可以这样

> var1 <- colnames(leaf[-c(1:3)]) %>% paste(sep="",collapse = "+") %>% paste("Treatment",sep = "~") %>% paste("treat",sep = "+") %>% formula()
> var1
S + P + C + M + H + O ~ Treatment + treat

看完如果对你有帮助，感谢点赞支持！

如果你是电脑端，看到右下角的 “一键三连” 了吗，没错点它[哈哈]