R语言独立性检验-基础

一。介绍三种检验独立性方法

1.卡方独立性检验

用chisq.test()函数对二维表的行变量和列变量进行卡方独立性检验。

> library(vcd)
> mytable <- xtabs(~Treatment+Improved, data=Arthritis)
> chisq.test(mytable)

	Pearson's Chi-squared test

data:  mytable
X-squared = 13.055, df = 2, p-value = 0.001463   #Treatment与Improvement不独立

> mytable <- xtabs(~Improved+Sex, data=Arthritis)
> chisq.test(mytable)

	Pearson's Chi-squared test

data:  mytable
X-squared = 4.8407, df = 2, p-value = 0.08889  #Treatment与Sex独立

Warning message:
In chisq.test(mytable) : Chi-squared近似算法有可能不准  #因为Male+Some为0

H0：Treatment与Improvement相互独立，当p=0.001463说明H0不成立，Treatment与Improvement存在相关性；

H0：Treatment与Sex相互独立，当p=0.08889时，没有足够理由（p<0.05)说明Treatment与Sex不独立。

2.Fisher精确检验

fisher.test()原理是：边界固定的列联表中行与列相互独立。

3.Coch