CCDC结果图像下载与可视化

最新推荐文章于 2024-12-08 14:35:37 发布

MpkeShell

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本文介绍了如何使用Python编程语言通过CCDC API下载晶体结构结果图像，并利用Atomic Simulation Environment (ASE)库进行可视化分析，帮助理解并研究晶体结构。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

CCDC（Crystallography Open Database）是一个公开的晶体结构数据库，提供了大量的晶体结构数据。通过CCDC，我们可以下载晶体结构的结果图像，并进行可视化分析。本文将介绍如何使用Python编程语言下载CCDC结果图像，并展示如何进行简单的可视化。

下载CCDC结果图像

首先，我们需要使用CCDC的API来进行结果图像的下载。请确保已经安装了CCDC模块，可以使用以下命令进行安装：

!pip install ccdc

接下来，我们可以使用以下代码来下载CCDC结果图像：

from ccdc.search import TextNumericSearch
from ccdc.io import EntryReader
f

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Google Earth Engine（GEE）—CCDC结果可视化教程（GUI）

此星光明博客

09-01

2544

作者：保罗·阿雷瓦洛2021 年 4 月 3 日更新为了便于访问我们的 API，我们创建了一系列具有图形用户界面的应用程序，无需用户编码。这些guis可用于计算CCDC模型参数（即回归系数），显示和交互CCDC系数和对应的像素时间序列，以及模型参数的分类。本教程将演示用于探索由 CCDC 算法拟合的 Landsat 时间序列和时间段的 GUI，以及可视化时间段系数、预测成像和变化信息。在本指南中，您将学习如何：探索单个像素的 Landsat 观测时间序列，以及由 CCDC 算法拟合的时间段.

GEE：CCDC 结果影像下载和可视化

养乐多的博客

04-12

2365

本文将介绍一段用于获取Google Earth Engine（GEE）中 CCDC（Continuous Change Detection and Classification）结果的代码，输出结果为tif，并解释其细节。

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有机晶体数据库_ChIN简介页:剑桥晶体结构数据库(CSD, 有机、金属有机物)

weixin_26837345的博客

01-14

3377

【数据内容】剑桥结构数据库CSDS (Cambridge Structural Database System)是由剑桥晶体数据中心(CCDC Cambridge Crystallographic Data Centre) 发展的基于X光和中子衍射实验唯一的小分子及金属有机分子晶体的结构数据库。CSDS基本上包括已发表的所有原子个数(包括氢原子)在500以内的有机及金属有机化合物晶体数据，并对收集...

CCDC数据库化合物信息

05-04

CSDS－剑桥晶体结构数据系统通过与美国Brookhaven国家实验室合作, CCDC目前提供的剑桥晶体结构数据系统CSDS 包括: 1. CSD; 2. Brookhaven蛋白质数据库PDB (Protein Data Bank); 3.Isostar-关于非键相互作用的数据库。 CSD是CSDS的核心，包括数据和软件两大部分。目前CSD每年大约增加一万个化合物。随着实验方法的进步，新装入数据的质量越来越高,R值常小于0.05. PDB是目前世界上最重要的关于多肽、蛋白质、DNA、RNA等生物大分子及它们与小分子相互作用而形成复合物的晶体数据库。包括CSD和PDB的CSDS 是关于分子设计和材料设计的物质结构微观信息的主要来源。

ccdc 剑桥数据库

qq_37768244的博客

11-23

5294

可下载压缩包，加博主wechatliang36365,付费后可获得博主赠送的csd-python-api代码教程一套。ccdc2022下载剑桥数据库下载csd-python-api下载（最新版本可更新）

2024年化学检索平台推荐：晶体信息一网打尽

a13981820402的博客

05-13

3816

本文基于以下多个关键因素，包括但不限于数据的广度和精确度、数据库的更新频率、专业领域的专注度、数据库的可访问性和用户友好性，以及性价比等。精心挑选了10个顶级的晶体数据库，为各位化工人的探索之旅提供坚实的后盾。

有机晶体数据库_福利干货 | 对晶体学数据库来个大盘点吧！

weixin_39546520的博客

12-24

900

在信息化社会，充分有效地管理和利用各类信息资源，是进行科学研究和决策管理的前提条件。数据库技术是管理信息系统、办公自动化系统、决策支持系统等各类信息系统的核心部分，它也是进行科学研究和决策管理的重要技术手段。因此，为了深入地对晶体学进行研究和探索，几个著名的晶体学数据中心相继被建立。这些数据中心的主要作用之一是收集、储存和提供已知化合物的晶体结构数据。因此，越来越多的科学杂志在发表论文前，把论文有...

GEE|影像可视化|导出分类结果图像

weixin_42534065的博客

11-10

4232

GEE|影像可视化|导出分类结果图像导出遥感影像分类结果导出遥感影像分类结果 GEE导出拉伸后的RGB图像，处理完后的结果是一个灰度图像，如果想要下载到本地查看，需要先要做一个可视化处理，即拉伸到rgb，min对应0，max对应255。 var palette = [ '#ffffff', '008000' ]; var img= img1.visualize({min: 0, max: 1, palette: palette}) 导出到云盘 Export.image.toDrive({

GEE：GOOGLE/GLOBAL_CCDC/V1数据下载，CCDC断点时间tBreak等结果下载

养乐多的博客

07-21

1272

本文将介绍使用GOOGLE/GLOBAL_CCDC/V1数据集，以及下载CCDC变化检测结果（tif）的代码，结果包括tStart、tEnd、tBreak、numObs、changeProb、magnitude、rmse、coefs（所有可见光波段）。

GEE：GEE上一些好看的可视化参数（调色板/颜色）

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07-08

1132

养乐多_为了方便使用，总结了几种可视化参数。

不错的有机晶体数据库

10-05

一个相当不错的有机晶体数据库,可以找到很多有机晶体的数据

python库读取cif文件_技术专栏：一篇文章搞懂晶体学信息文件CIF及其获取方法

weixin_35728049的博客

12-23

3816

【引语】材料人现在设立各种文章专栏，所涉及领域正在慢慢完善，由此也需要更多的专栏作者，没错，我们正在招兵买马，期待你们的加入，有意向的小伙伴可直接联系cailiaorenVIP。不要再犹豫，下一个专栏创始人就是你。请记住：纵然你离我千里万里，我都在材料人等你！1什么是CIF文件晶体学信息文件(Crystallographic Information File, CIF)是以“.cif”结尾的计算机...

【晶体学基础】晶体结构cif文件的查找和获取

Allenkx的博客

03-24

8890

或中子衍射精修结果的文献，并根据004期的方法构建cif文件，https://mp.weixin.qq.com/s?https://www.materialsproject.org/，可以获得已知和预测材料的计算信息，以及强大的分析工具，以激发和设计新材料。http://www.crystallography.net/cod/search.html，这是我最常用的数据库，收集有机，无机，金属有机化合物和矿物质的晶体结构，不包括生物聚合物。7.the materials project网站查找。

晶体结构资源网站

weixin_45896923的博客

04-15

1万+

自用晶体结构资源网站

VESTA模拟计算XRD标准卡片

A20802013的博客

03-28

4253

VESTA模拟计算XRD标准卡片

GEE：连续变化检测与分类（Continuous Change Detection and Classification, CCDC）教程

养乐多的博客

09-15

2598

本文将分别介绍连续变化检测与分类（Continuous Change Detection and Classification, CCDC）算法。通过本文，你将学习如何运行 CCD 算法、解释其输出结果以及可视化系数和变化信息，以及学会使用 CCDC 进行分类。注意，本文是一个目录，通过超链接可以访问其他具体的内容。

GEE：通过 gee-ccdc-tools 提供的 API 函数提取 CCDC 算法的时间段系数

养乐多的博客

12-08

304

本文将介绍在 Google Earth Engine (GEE) 中通过 gee-ccdc-tools 提供的 API 函数运行连续变化检测（Continuous Change Detection and Classification， CCDC）算法，提取与特定时间相交的线段的参数信息，并以 Green 波段（或其他指定波段）为例，获取每段的谐波系数，比如截距、斜率、余弦项和正弦项系数（"INTP", "SLP", "COS", "SIN", "COS2", "SIN2", "COS3", "SIN3",

GEE：变化检测算法介绍，和代码（Landtrendr，Bfast，CCDC，CODED，多时间特征叠加的简图分类方法，CUSUM）遥感时间序列

最新发布

03-15

<think>好的，用户现在问的是关于富勒烯的可视化。之前他们问了如何将xyz数据在Python中进行可视化，我给出了几种方法，包括Matplotlib、Plotly和Mayavi。现在用户的问题更具体，集中在富勒烯这种分子结构上。首先，我需要确定用户的需求是什么。富勒烯是一种由碳原子组成的笼状分子，比如C60，结构比较复杂，通常需要三维可视化来展示其结构。用户可能是在做化学、材料科学或纳米技术相关的研究，需要将富勒烯的结构进行可视化，可能是为了教学、研究或者展示结果。接下来，我要考虑用户可能的背景。他们可能已经有一定的Python基础，之前已经处理过xyz数据，现在需要更专业的工具来处理分子结构。常用的化学可视化工具有VMD、PyMOL、ASE（Atomic Simulation Environment）或者MDAnalysis，这些可能在之前的回答中没有提到，因为之前的回答集中在通用三维数据可视化上，而富勒烯需要更专业的处理。然后，我需要比较不同的方法。Matplotlib虽然可以画三维图，但对于复杂的分子结构可能不够直观。Plotly交互性强，适合在网页中展示，但同样可能难以准确表现键连关系。Mayavi适合科学可视化，但安装可能复杂。此外，专门针对化学结构的库如ASE或者RDKit可能更适合，因为它们可以直接处理分子结构，自动计算键连关系，而无需手动输入。用户可能没有提到他们是否有特定的数据格式，比如是否已经有了富勒烯的坐标文件，或者需要从头生成结构。如果是生成结构的话，可能需要用到特定的库，比如ASE的纳米管模块或者MDAnalysis的构建功能。另外，富勒烯的结构对称性高，需要确保可视化工具能够正确显示五元环和六元环的结构。还要考虑用户可能的困难。例如，安装某些库（如Mayavi或PyMOL）可能会有依赖问题，特别是在Windows系统上。此外，用户可能需要指导如何从坐标文件生成结构，或者如何在没有坐标文件的情况下构建富勒烯模型。最后，我应该总结不同方法的优缺点，帮助用户根据他们的具体情况选择最适合的工具。比如，如果用户需要快速查看并且有坐标文件，可以使用ASE和Matplotlib的组合；如果需要高质量的图像和更多的分析功能，推荐PyMOL；而如果是在Jupyter环境中需要交互，Plotly或NGLView可能更合适。</think>在Python中可视化富勒烯（如C60、C70等碳纳米结构），需结合其独特的笼状分子结构和化学键特征。以下是几种常用方法及工具： --- ### **一、使用化学专用库（ASE + Matplotlib）** #### 1. **安装依赖库** ```bash pip install ase matplotlib ``` #### 2. **生成并可视化富勒烯** ```python from ase.cluster import wulff from ase.visualize import view import matplotlib.pyplot as plt # 生成C60富勒烯模型 fullerene = wulff.Fullerene() fullerene.rattle(stdev=0.1) # 添加微小扰动避免原子重叠 # 使用ASE内置查看器（3D交互） view(fullerene, viewer="x3d") # 或 viewer="matplotlib" # 保存为XYZ文件（可选） fullerene.write("C60.xyz") ``` --- ### **二、专业分子可视化工具（PyMOL）** #### 1. **安装PyMOL** - 官网下载或通过Anaconda安装： ```bash conda install -c schrodinger pymol ``` #### 2. **脚本示例** ```python from pymol import cmd # 加载富勒烯结构（需预先生成或下载PDB文件） cmd.load("C60.pdb") # 替换为你的文件路径 # 设置显示样式 cmd.show("sphere") # 球棍模型 cmd.set("sphere_scale", 0.3, "all") cmd.color("gray", "all") # 渲染图像 cmd.ray(800, 800) # 设置分辨率 cmd.png("C60.png") # 保存为图片 ``` --- ### **三、交互式网页工具（NGLView + Jupyter）** #### 1. **安装库** ```bash pip install nglview ipywidgets ``` #### 2. **在Jupyter中直接展示** ```python import nglview as nv from ase.build.molecule import C60 # 生成C60模型 fullerene = C60() # 转换为NGLView可接受格式 view = nv.show_ase(fullerene) view.add_ball_and_stick() # 球棍模型 view.add_unitcell() # 显示晶胞（可选） view.camera = "orthographic" # 正交投影 view ``` --- ### **四、手动构建富勒烯模型** #### 1. **定义顶点坐标** ```python import numpy as np # C60顶点坐标（示例数据，实际需计算或从数据库获取） # 参考数据来源：https://www.ccdc.cam.ac.uk/structures/ vertices = np.loadtxt("C60_vertices.xyz", skiprows=2, usecols=(1,2,3)) x, y, z = vertices[:,0], vertices[:,1], vertices[:,2] ``` #### 2. **绘制键连关系** ```python from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D fig = plt.figure() ax = fig.add_subplot(111, projection='3d') # 绘制原子 ax.scatter(x, y, z, c='black', s=50) # 手动添加键连（需预先定义键连对） bonds = [(0,1), (0,2), ...] # 替换为实际键连索引 for i, j in bonds: ax.plot([x[i], x[j]], [y[i], y[j]], [z[i], z[j]], 'gray') plt.show() ``` --- ### **五、工具对比** | 工具 | 适用场景 | 特点 | |---------------|---------------------------------------|---------------------------------------| | ASE + Matplotlib | 快速生成并预览分子结构 | 简单但渲染质量较低 | | PyMOL | 科研级高精度图像输出 | 支持高级渲染（如光影、透明效果） | | NGLView | 交互式网页端分析 | 适合Jupyter环境，支持动态操作 | | 手动建模 | 完全自定义结构 | 灵活性高，但需精确的坐标和键连数据 | --- ### **六、数据来源建议** 1. **数据库下载**： - [Cambridge Structural Database (CSD)](https://www.ccdc.cam.ac.uk/)：搜索富勒烯的晶体结构（需注册）。 - [Protein Data Bank (PDB)](https://www.rcsb.org/)：部分富勒烯复合物数据。 2. **生成工具**： - 使用ASE的`C60()`函数直接生成标准结构。 - 用Gaussian、VASP等计算软件优化后导出坐标。 --- 通过上述方法，可针对研究需求（教学演示、论文配图、动态分析）选择最适合的可视化方案。