动态规划之序列联配问题

最新推荐文章于 2021-06-21 11:17:54 发布
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分类专栏： 算法设计与分析 文章标签： Alignment 动态规划 序列联配问题 C语言
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动态规划之序列联配问题问题：Two sequence S and T,length(S)=m and length(T)=n。To identify an alignment of S and T that maximizes a scoreing function. 分析：Alignment是左右对齐的意思，经常表示产生式过程，即上面的序列S是怎么样通过下面的序列T变成的。关于序列联配问题的实际
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动态规划之序列联配问题

问题：Two sequence S and T,length(S)=m and length(T)=n。To identify an alignment of S and T that maximizes a scoreing function.
分析：Alignment是左右对齐的意思，经常表示产生式过程，即上面的序列S是怎么样通过下面的序列T变成的。关于序列联配问题的实际应用非常广，比如生物信息领域DNA序列的匹配问题，word里面的单词错误检测提醒等等。对于序列S和T，我们在S中添加一些空格变成S’,T中添加一些空格变成T’。我们假设有如下分原则:

d(S,T)=∑i=1nMatch(S′[i],T′[i])
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Rosun_
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专栏目录
算法设计与分析：动态规划（2） - 序列联配问题(最优对齐方案)
GentleCP的博客
10-30 3181
本文基于UCAS卜东波老师的算法课撰写，包含了笔者自己的思考，序列联配问题是一个经典的多步决策问题，通过引入这个问题的学习，在上一篇动态规划内容的基础上让你能对动态规划更深一步的认识
算法设计与分析：动态规划（3）-序列联配问题（以算代存）
GentleCP的博客
11-01 1358
本文基于UCAS卜东波老师的算法课撰写，包含了笔者自己的思考，本文在前面将序列联配问题的基础上引入了高级动态规划，以算代存是最核心的思想，最终实现线性空间实现动态规划
序列匹配，动态规划
weixin_30298497的博客
09-11 105
#============================================================================== # 序列对比，动态规划 #============================================================================== def LCS(str1,str2): ...
动态规划——序列匹配
qq_43513855的博客
11-06 1512
动态规划——序列匹配 问题： 设S1 [1,m]和S2 [1,n]为两个字符序列，对这两个字符序列进行顺序扫描比较，比较时可以在某个序列的两个字符之间插入空格，以使他们局部相同区域对应。在比较中，如果两个对应字符相等，赋权值2，如果对应字符不等，赋权值-2，如果一个是字符一个是空格，赋权值-1。 问题：寻找权值最大的匹配度（匹配权值和）与对准方式。 分析： c[i][j]代表两序列从1分别到i,j的最大匹配值。对于每个序列的末端而言，有三种情况：1.字符对字符，二者相等，则两序列末端均-1；2.字符对字符，
动态规划和序列对比
08-10
动态规划是序列分析中常用的一种算法技术。动态规划是用来当递归可以使用但会效率低下，因为它会重复解决相同的问题。例如，考虑斐波那契数列：0，1，1，2，3，5，8，13，…第一个和第二个Fibonacci数被定义为0和1，分别。第n个Fibonacci数定义为前两个Fibonacci数的总和。因此，您可以使用递归函数计算第n个斐波那契数 同源性是一个重要的生物学概念。两个物种被认为是同源的，如果他们有一个共同的进化祖先。同种物种有许多共同的DNA的部分。反之，如果两个物种有类似的子串的DNA，你可以推断出这种相似的DNA来自一个共同的祖先。序列比对算法可以用来找到这样相似的DNA片段。
MSA_MST.rar_RNA DNA_sequence alignment_基因_多序列联配_序列联配
最新发布
09-22
Multiple Sequence Alignment Using Maximum Spanning Tree 生物信息学中一个重要topic：多序列联配。这里用最大生成树的思想来进行联配，算法为C语言实现。本程序在Dev-C++，Win Vista环境下实现。
生物序列联配中的算法.ppt
10-12
【生物序列联配中的算法】 在生物学领域，生物序列联配是研究生命科学的重要工具，尤其是在基因组学和蛋白质组学的研究中。生物序列通常指的是DNA、RNA或蛋白质的序列，它们承载着生物体的遗传信息。理解这些序列的...
基于免疫粒子群优化算法集成的多序列联配.pdf
09-29
【摘要】介绍了一种基于免疫粒子群优化算法集成的多序列联配方法，该方法针对粒子群优化（PSO）算法容易陷入局部最优的问题，利用免疫机制设计了免疫替换算子，增强了算法跳出局部极值的能力。通过集成多种PSO算法，...
新型粒子群优化算法在多序列联配中的应用.pdf
09-29
【新型粒子群优化算法在多序列联配中的应用】 多序列联配（Multiple Sequence Alignment，...未来的研究可以进一步探索如何优化这种算法，以适应更多样化的生物序列数据，以及在更大规模的序列联配问题上验证其性能。
生物序列联配中的算法PPT课件.pptx
10-08
生物序列联配中的算法PPT课件.pptx
双序列型动态规划例题6 Lintcode192 (通配符匹配)Wildcard Matching
孙坤的博客
06-21 86
题目描述 动态规划组成部分一：确定状态 动态规划组成部分二：转移方程 动态规划组成部分三：初始条件和边界情况 动态规划组成部分四：计算顺序 Java代码实现 public boolean isMatch(String s, String p) { int m = s.length(); int n = p.length(); char[] ch1 = s.toCharArray(); char[] ch2 = p.toC
动态规划之序列的连配
UCASER的博客
10-07 475
一、背景 如果要检测我的这篇 二、主题
【动态规划】序列连配问题：编辑距离
小沫_jie的博客
03-17 408
问题描述 动态规划求解 伪代码 插入删除均为-3，match为+1，dismatch为-1 python实现 # -*- coding:utf-8 -*- # 动态规划-序列连配问题：编辑距离 import numpy as np def Needleman_Wunch(S, T): opt = np.zeros((len(T)+1, len(S)+1...
算法设计与分析：动态规划（4）- 序列联配问题（观察回溯路径）
GentleCP的博客
11-04 1036
本文基于UCAS卜东波老师的算法课撰写，包含了笔者自己的思考，在前文以算代存降低动态规划空间复杂度的基础上，考虑找出计算中的冗余点，降低时间复杂度，通过观察回溯路径，发现侧边计算的冗余。
剑指offer-面试题19：正则表达式匹配 双序列动态规划
qq_24210431的博客
03-03 170
题目描述 请实现一个函数用来匹配包含’. ‘和’‘的正则表达式。模式中的字符’.'表示任意一个字符，而 '’ 表示它前面的字符可以出现任意次（含0次）。在本题中，匹配是指字符串的所有字符匹配整个模式。例如，字符串"aaa"与模式"a.a"和"abaca"匹配，但与"aa.a"和"ab*a"均不匹配。 ...
两条序列联配
weixin_44950479的博客
12-25 823
一、 序列联配的概念 序列联配又叫序列比对，根据特定的计分规则，通过算法对多条蛋白质序列或DNA序列进行比对，找出最优匹配和最大相似度匹配。通过联配可以得到一个相似度比对值（根据计分规则算），这个值反映了他们的相似度、同源性、进化上的亲缘关系。 序列联配分为局部联配和全局联配两种。全局联配就是对整个序列进行比对，而局部联配是得到得分最高的比对结果。 同源性：存在进化方面的关系，可能是一个祖先进化来的。 相似性：有相似程度。 序列联配需要：两条以上序列、计分规则（生物信息学称计分矩阵）、确定最优联配的算法
序列型动态规划
weixin_40136732的博客
04-09 166
如codevs 1576 最长严格上升子序列 1044 拦截导弹 大致代码如下，随情况变化部分即可 #include <iostream> #include <stack> #include <vector> #include <string> using namespace std; int max(int, int); int blo...
美丽序列（动态规划）
Five—菜鸟级的博客
05-23 1862
美丽序列 题目描述 牛牛喜欢整数序列，他认为一个序列美丽的定义是 1：每个数都在0到40之间 2：每个数都小于等于之前的数的平均值 具体地说：for each i, 1 <= i < N, A[i] <= (A[0] + A[1] + ... + A[i-1]) / ...
动态规划-序列联配问题(1)最优对齐
Chary的Blog
08-16 1721
引言 序列联配是生物信息学最基础的概念，例如基因序列。 大多数数据分析分析策略都需要使用联配得到的信息。 例如输入法场景，我们有一个字典词库，用户输入的单词S（可能输错），我们需要尽快地找到字典词库中与它最像的单词，修正用户的输入。 问题 问题描述 两个字符串序列S=S1S2...Sn,T=T1T2...Tn,S = S_1S_2...S_n,T = T_1T_2...T_n,S=S1​S2​...Sn​,T=T1​T2​...Tn​,计算联配(S′,T′),使得编辑操作数目s(S′,T′)最小。 问题分析
C++实现最长上升子序列动态规划解法
"最长上升子序列参考程序-序列问题动态规划" 在给定的代码中，我们正在解决一个经典的计算机科学问题——寻找一个整数数组的最长上升子序列（Longest Increasing Subsequence，LIS）。这个问题在算法设计和分析中...

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