igraph 牛刀小试

本文介绍了使用R语言中的igraph包来可视化基因间的关系。通过简单的步骤,展示了如何创建数据,将数据转换为igraph对象,并利用各种参数进行图的美化,包括节点颜色、边的颜色、节点大小和边的粗细等,以此来更直观地展示复杂的关系网络。
摘要由CSDN通过智能技术生成

igraph 来把牛郎织女牵

igraph 包是可视化网络关系图的强大软件,有 pythonC语言 和 R版本的。

安装和加载:

## Download and install the package
install.packages("igraph")

## Load package
library(igraph)

参数很多很多...。需要改哪个再去查阅会方便一些。简单画个图,可视化基因间的相互关系。

创建数据:

# 构建数据
da <- data.frame(from = rep('gene1',16),to = paste('gene',LETTERS[1:16],sep = ''),
                 value = seq(-2,2,length.out = 16))
da

    from    to      value
1  gene1 geneA -2.0000000
2  gene1 geneB -1.7333333
3  gene
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