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本文介绍了如何使用R包vegan进行群落对应分析（CA），适用于处理16S扩增子测序数据的细菌群落丰度分析。通过cca()函数执行CA，解读I型和II型标尺结果，并强调了CA轴的选择和评估方法。CA有助于揭示样方间的物种组成差异和物种分布状态。
对应分析（Correspondence Analysis，CA）在群落分析中常用于物种组成数据，排序结果展示的是样方间χ2距离。χ2距离不受双零问题的影响，适用于原始物种多度数据（和PCA相比，物种多度数据无需转化）。
CA分析对象必须是频度或类频度、同量纲的非负数据，如物种个体计数或有-无数据。
对于CA的基本概念描述及其在群落分析中的应用，可参考前文。
本篇以某16S扩增子测序所得细菌群落数据，简介在R中执行CA的过程。
示例文件、R脚本等，已上传至百度盘：
https://pan.baidu.com/s/1YEsOIxgk8VWEjJ5KDRdLBA
文件“phylum_table
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