R语言计算 不均衡指数

最新推荐文章于 2024-07-24 08:05:05 发布
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分类专栏： R语言大学作业 文章标签： r语言 开发语言
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公式主要参考冯亚芬等（2017）在地理科学发表的《广东省传统村落空间分布特征及影响因素研究》 一文

在这里插入图片描述

在这里插入图片描述

主要使用到dplyr包中的arrange()、mutate()、summarise() 函数。分别用于数据的排序、生成新列、汇总计算。以及sum() 和cumsum() 函数，用于计算数据的求和和累加值计算。

setwd("C:\\Users\\Acer\\Desktop")
library(dplyr)
my_data <- readxl::read_xlsx("不均衡指数.xlsx"
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Mrrunsen
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R语言计算不平衡指数
PixelPusher的博客
08-27 185
在机器学习和数据挖掘任务中，不平衡数据集是指其中某个类别的样本数量明显少于其他类别。由于不平衡数据集可能导致模型训练偏向于多数类别，而忽略少数类别，因此在处理不平衡数据集时，评估不平衡程度是非常重要的。通过计算过度抽样比例和不平衡因子，我们可以对数据集的不平衡程度进行评估。这些指标可以帮助我们选择合适的处理方法，例如过采样、欠采样或基于集成的方法来处理不平衡数据集。在R语言中，我们可以使用一些库和函数来计算不平衡指数。下面我将介绍两种常用的不平衡指数：过度抽样比例（OSI）和不平衡因子（ISF）。
GWAS | 原理和流程 | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot |...
weixin_30497527的博客
05-09 8163
问题： linkage disequilibrium (LD)和 pairwise correlation的区别？似乎它们都能达到相同的目的。 先从直觉上理解一下GWAS的原理： 核心就是SNP与表型的关联，对于每一个genome位点，如果某个SNP总是与某疾病同时出现，那我们就可以推测这个SNP极有可能会导致这个疾病。 规范点讲就是看某个SNP在case和control两个popu...
R语言 基于人口的医师配置公平性洛伦兹曲线的代码和示例
gwxcsdn1的博客
03-29 735
洛伦兹曲线（Lorenz Curve）是一种用于描述资源分配公平性的图形表示方法，可用于评价卫生技术人员的分布公平性。洛伦兹曲线可以用来表示累积人口百分比与累积医师数百分比之间的关系。如果曲线越接近对角线，表示医师的分布越公平。本文介绍R语言实现基于人口的医师配置公平性的洛伦兹曲线代码并示例。提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考洛伦兹曲线在卫生技术人员配置公平性的评估中，是一种直观展示卫生资源累积分配情况的图形工具。
不平衡数据的分类评价指标总结
Candy_GL的博客
09-26 6839
转自：https://blog.csdn.net/sqiu_11/article/details/78396443 识别任务中混淆矩阵（Confusion Matrix）用于评价算法好坏的指标。下图是一个二分类问题的混淆矩阵： TP：正确肯定——实际是正例，识别为正例 FN：错误否定（漏报）——实际是正例，却识别成了负例 FP：错误肯定（误报）——实际是负例，却识别成了正例 TN：正...
基于混淆矩阵的评价指标
Ai_ViVi的专栏
02-15 1万+
识别任务中混淆矩阵（Confusion Matrix）用于评价算法好坏的指标。下图是一个二分类问题的混淆矩阵： TP：正确肯定——实际是正例，识别为正例 FN：错误否定（漏报）——实际是正例，却识别成了负例 FP：错误肯定（误报）——实际是负例，却识别成了正例 TN：正确否定——实际是负例，识别为负例   相关术语： AccuracyR
【R】数据统计基础：集中趋势和离散程度及简单R语言代码
S数据菜菜的博客
04-18 6365
集中趋势： 3种常见统计量：均值、中位数、众数 均值: mean() 中位数：median（） 众数：没有默认，要先下载R包：FinAna。之后用 get.mode() 离散程度 常见统计量： 极差： 也称全距，一组数据最大值与最小值之差 R语言：第一种方法：先用range()，求范围；再用diff(range()); 第二种方法（简单粗暴用最大最小直接求解）：print(c(min(),ma...
R fitdistr 报错non-finite finite-difference value
weixin_48153236的博客
08-21 1063
par
R语言熵值法确定权重2_r_熵值法_权重_
10-02
在R语言中，我们可以利用其强大的统计计算功能来实现熵值法的计算。下面我们将详细探讨熵值法的基本原理、在R语言中的实现步骤以及相关知识点。 首先，熵值法的基础是信息熵，它度量了随机变量的不确定性。在多属性...
省级泰尔指数和城乡收入差距1990-2021
04-11
处理这样的大数据集需要高效的数据处理工具和方法，如使用Python的Pandas库进行数据清洗和分析，或者利用R语言的dplyr包进行数据操作。同时，大数据分析也涉及到数据挖掘和机器学习技术，可能用于识别潜在的模式和...
spatialct:用于测量空间浓度的 R 包-开源
06-01
这些指数可以帮助我们定量评估空间分布的不均衡程度。 2. `plot_ct()`: 用于绘制空间集中度的结果，可以直观展示不同区域的集中程度，帮助我们发现空间上的热点和冷点。 3. `compare_ct()`: 如果你有多个时间序列...
DiversityGV：使用广义方差衡量多样性的软件包
02-12
与传统的Shannon-Wiener指数、Simpson指数等相比，GV在处理非均衡和非正态分布的数据时具有更高的适应性。 该软件包提供了丰富的函数，支持对样本数据进行预处理、计算多样性和生成相应的统计分析结果。例如，`...
不平衡学习算法的评估指标
天泽28的专栏
04-29 1万+
不平衡学习算法的评估指标 先来看下类不平衡的定义：对于二元分类问题，存在类别分布不平衡的问题，即某一类别的样本数量远远多于另一类（分别称为多数类和少数类）。具有这样特征的二元分类数据集被称为不平衡的（Imbalanced Data），有时候也称（skewed data）。 分类错误率作为传统分类学习的评估指标，显然无法适应于不平衡分类问题。至于为什么，这里给大家举个例子解释一下：
SNP连锁不平衡图（LD）可视化R包LDheatmap的使用
高锦的博客
09-20 1万+
理解SNPs之间的联系或连锁不平衡（LD）模式对于单体型的选择具有重要作用，然而，对于密集的SNP图谱，随着区域内SNPs数量的增加，很难直接从复杂的VCF文件来看出SNPs间的连锁不平衡关系。LDheatmap就是这样一个能够可视化SNPs之间连锁不平衡关系的R包。 先举个小例子： 随机创建100个样本5个SNPs的基因型矩阵，并实现LD热图： rm(list=ls()) set.see...
连锁不平衡的计算以及LDSC分析多基因遗传
Cccrush的博客
09-16 1万+
连锁不平衡（linkage disequilibrium,LD）是指在某一个群体中，不同座位上两个基因同时遗传的频率明显高于预期的随机频率现象，连锁不平衡的程度通常用 r2 来衡量。 D是LD的基本单位，度量观察到的单倍型频率与平衡状态下期望频率的计算方法如下： D=P(AB)-P(A)*P(B) P(AB)表示实际观察到的AB频率，P(A)*P(B)表示AB频率的期望值。（如果发生连锁不平...
如何利用SNP信息计算亲缘关系G矩阵
邓飞----育种数据分析之放飞自我
03-08 9530
## 生成SNP文件信息# create marker data for 9 SNPs and 10 homozygous individuals snp9 <- matrix(c( "AA", "AA", "AA", "BB", "AA", "AA", "AA", "AA", NA, "AA", "AA", "BB", "BB", "AA",
用R语言实现对不平衡数据的四种处理方法
蔡军帅
12-15 7688
https://www.weixin765.com/doc/gmlxlfqf.html 在对不平衡的分类数据集进行建模时，机器学**算法可能并不稳定，其预测结果甚至可能是有偏的，而预测精度此时也变得带有误导性那么，这种结果是为何发生的呢？到底是什么因素影响了这些算法的表现？   在不平衡的数据中，任一算法都没法从样本量少的类中获取足够的信息来进行精确预测因此，机器学**算法常常被要...
连锁不平衡的计算方法
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小猪打呼噜
10-11 2万+
连锁不平衡（linkage disequilibrium,LD）是指在某一个群体中，不同座位上两个基因同时遗传的频率明显高于预期的随机频率现象。我们一般用D，D'和r2来表示LD的程度. D，D'和r2的计算方法。
如何用R语言实现高级转录组分析和数据可视化？
最新发布
huanghm88的专栏
07-24 322
要用R语言实现高级转录组分析和数据可视化，你需要熟悉R编程语言，以及相关的转录组分析和可视化的R包。此外，你可能需要了解转录组分析的基本理论和统计方法。数据预处理：首先，你需要对原始转录组数据进行预处理。功能富集分析：对于差异表达的基因，你可能想要了解它们的功能富集情况，即它们是否与某些功能或通路相关。数据可视化：在进行高级转录组分析后，你可能需要将分析结果可视化，以便更好地理解和解释结果。这些包可以帮助你找到基因在不同样本或条件下的表达差异，并计算差异表达的统计显著性。差异表达分析：接下来，你可以使用。
r语言多样性指数计算
12-06
r语言多样性指数计算是一种统计方法，用于衡量一个数据集或样本中的种类和丰富度。在R语言中，可以使用多种方法来计算多样性指数，其中包括Shannon多样性指数、Simpson多样性指数、Pielou均匀性指数等。 Shannon多样性指数是一种常用的多样性指数，它考虑了种类的丰富度和数量的均衡性。计算方法是将数据集中各种类别的相对丰度进行加权求和，然后取负对数得到指数值。在R语言中，可以使用"diversity"包或"vegan"包中的函数来计算Shannon多样性指数。 另一种常用的多样性指数是Simpson多样性指数，它主要关注于数据集中占主导地位的种类。计算方法是将各种类别的相对丰度的平方值相加，并用1减去这个和值得到指数值。在R语言中，也可以使用"diversity"包或"vegan"包中的函数来计算Simpson多样性指数。 除了这两种常用的多样性指数，Pielou均匀性指数也是一种常见的多样性指数，它主要考虑各种类别在数据集中的均衡性。在R语言中，同样可以使用相关的包中的函数来计算Pielou均匀性指数。 总之，在R语言中计算多样性指数可以通过相关的包和函数来实现，根据不同的研究目的和数据特点，选择合适的指数进行计算和分析。
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