R语言中聚类过程 可视化

本文介绍了R语言中用于聚类分析结果可视化的clustree工具,特别适用于K-means聚类的K值选择评估。clustree通过节点和边的可视化展示不同K值下亚群的变化,帮助用户更细致地理解聚类效果。在单细胞亚群分析中有广泛应用。示例中,节点大小表示亚群个体数,边的颜色深浅代表变化个体数量,节点颜色代表K值,揭示了稳定亚群的存在。
摘要由CSDN通过智能技术生成

今天给大家介绍一款进行聚类分析结果可视化的工具clustree。K-mean聚类大家都了解,是可以对优化的K进行选择的算法,那不是最优的k具体情况是否我们也可以进行展示出来,供大家进行更细致的评估?今天这个工具就具有这样的功能,同时在单细胞亚群分析中更是用的风生水起。首先我们看下包的安装:

install.packages("clustree")

接下来通过实例来给大家看下具体内部实现过程:


##载入包和数据
library(clustree)
data("nba_clusts")
</
在进行bray-curtis可视化时,可以使用clustree工具进行聚类分析结果的可视化clustree是一个用于展示聚类分析结果的工具,可以帮助用户更细致地评估聚类结果。通过安装clustree包并使用相应的函数,可以生成bray-curtis可视化图。另外,还可以使用热图可视化来探究bray-curtis相似性,该图可以在不同的物种分类级别上展示生物样本矩阵,并支持多种选项,如颜色标记样本、排序和分离生物体等。此外,还可以使用箱线图可视化来比较不同分类属性之间的丰度差异。总之,通过clustree和其他相关函数,可以进行bray-curtis的可视化分析。 #### 引用[.reference_title] - *1* [R语言聚类过程 可视化](https://blog.csdn.net/Mrrunsen/article/details/127149159)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *2* *3* [Microbiome:animalcules-交互式微生物组分析和可视化的R包](https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/116280047)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]
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