PBS脚本模板

PBS脚本模板

PBS（Portable Batch System）脚本是用于在高性能计算集群上提交和管理作业的脚本文件。它们通常用于分布式计算环境，如超级计算机集群。

1. PBS脚本模板示例

以下是一个简单的pbs脚本的模板，test.qsub

#!/bin/bash
#PBS -q q_queue
#PBS -V
#PBS -N job_name
#PBS -l nodes=1:ppn=24
#PBS -l walltime=999:99:99
#PBS -o /home/murphystar/log/out.log
#PBS -j oe
cd ~/test/
bash your_script.sh

上述脚本的解释如下：

• #!/bin/bash：这是脚本的解释器行，表示使用Bash shell解释脚本。
• #PBS -q：指定PBS作业运行的队列，一般可以根据shownodes命令查看空闲的队列。
• #PBS -V：是一个PBS作业脚本参数，表示要将所有环境变量传递给作业。
• #PBS -N job_name：设置作业的名称为" job_name"。
• #PBS -l nodes=1:ppn=24：指定使用一个节点，每个节点使用24个处理器核心。
• #PBS -l walltime=999:99:99：这将使作业的最大运行时间限制非常长，几乎可以看作没有限制。
• #PBS -o /home/murphystar/log/out.log：指定标准输出文件的名称。
• #PBS -j oe标准输出（stdout）和标准错误（stderr）的合并输出。

2. 赋予权限和提交、管理作业

• 编辑结束后chmod赋予操作权限

chmod + x test.qsub

• 提交作业前shownodes各个队列中有无空余节点

shownodes

• qsub提交pbs作业

qsub test.qsub

提交后获得一个Job ID

• qstat查看已提交作业的运行状态

qstat job_id

• qdel删除已经运行的作业

qdel job_id