PyMol展示球棍模型及双键

PyMol展示球棍模型及双键

在小分子作图中常常用到PyMol，但PyMol的小分子展示通常为Sticks，将其展示为Ball-and-Sticks球棍模型则需要修改PyMol中部分默认参数，具体步骤如下。

0. GUI修改球棍模型（Ball and Stick）展示

在PyMol软件的图形化界面（GUI）中用鼠标点击A > Preset > ball and stick.

修改后的球棍模型样式的长这样

1. 文件导入

在PyMol的命令行中导入分子

load mol.sdf

2. 背景设置

PyMol默认背景为黑色，在文章发表作图中常常需要白色或者透明背景的图片设置。

#将背景改为白色
bg_color white
#ray后背景为透明
set ray_opaque_background, off 

此时分子展示为sticks，背景为白色，如下图所示：

3. 显示球棍模型

# 开启球棍模型，原子显示为球形，键显示为棍状
set stick_ball, on 
# 设置球棍的比例
set stick_ball_ratio, 3.5
# 设置棍的粗细，以半径表示，默认比例设置为 0.25
set_bond stick_radius,0.15
# 设置棍的半径，同上一个set_bond stick_radius命令
set stick_radius,0.15 
# 设置选中的原子球的大小
set sphere_scale,0.2,sele

4. 双键显示

valence命令自动格式化现有的键，甚至可以猜测标准氨基酸的键。

#打开价态设置将启用双键的显示
set valence, 1 
#修改valence_mode可以改变双键的位置
set valence_mode, 0 
#valence_size改变了双键的距离，默认为：0.06，修改范围：0~0.5
set valence_size, 0.1 

注：很多时候这条命令不起作用的原因是结构文件中缺乏双键链接的信息，则需要step5来解决。

5. 修改键的链接

在PyMol的修改模式(editing mode)下可用Ctrl-right-click来选择原子pk1, pk2。

# 删除键
unbond pk1,pk2
#链接键
bond pk1,pk2,4
# 1: 单键； 2: 双键；3:三键；4:自由电子

6. 最终球棍模型展示

#制作适合出版和正式电影的高分辨率照片
ray
#保存为PNG格式图片
save mol.png

最终的修改参数后的球棍模型显示如下图所示：

7. 参考文献

[1]. PyMOL Wiki
[2]. PyMOL 的安装、球棍模型设置与图片输出
[3]. Pymol|Pymol命令