Gromacs 续跑和画图

Gromacs 续跑和画图

GROMACS（Groningen Machine for Chemical Simulations）是一款用于分子动力学模拟的开源计算化学软件包。它最初由荷兰格罗宁根大学的研究团队开发，并在GNU通用公共许可证（GPL）下发布，因此是免费的并且具有开放源代码。 以下是在运行GROMACS中遇到的续跑和画图问题的步骤。

一. Gromacs续跑

1. Gromacs 中断后续跑

MD中断前的作业运行：

gmx mdrun -V -deffnm md

MD作业中断后可以继续用mdrun接着续跑，只需要加上-cpi md.cpt和-s md.tpr的参数。

gmx mdrun -s md.tpr -cpi md.cpt -deffnm md

mdrun默认会将新产生的轨迹添加到原始文件末尾，最终文件会包括中断前与续跑后的所有内容。

2. Gromacs延长时间再跑

2.1 续跑10ns且单独生成文件

MD作业已经完整跑完，延续之前的模拟参数，再跑额外的10ns模拟，可以使用convert-tpr重新生成新的md2.tpr，并用-extend 10000选项将模拟时间延长10ns后重新mdrun提交新作业md2，并且在mdrun参数选项中加上原始的cpt文件-cpi md1.cpt，最后的-noappend 选项则表示生成单独的后续文件而不续写。

gmx convert-tpr -s md1.tpr -extend 10000 -o md2.tpr
gmx mdrun -V -deffnm md2 -cpi md.cpt -noappend 

最终会得到md2.part0002.xtc/log/edr/gro/cpt，这是将后续10ns的结果单独生成新的文件。

2.2 续跑10ns且续写入源文件

MD作业已经完整跑完，延续之前的模拟参数，再跑额外的10ns模拟，可以使用convert-tpr命令直接修改原始的md.tpr，并用-extend 10000选项将模拟时间延长10ns后重新mdrun提交新作业md，并且在参数选项中加上原始的cpt文件-cpi md.cpt即可。

gmx convert-tpr -s md1.tpr -extend 10000 -o md.tpr
gmx mdrun -V -deffnm md -cpi md1.cpt

二. Gromacs画图

1. 计算RMSD

#source /home/murphy/gromacs/Gromacs_mpi/bin/GMXRC
gmx_mpi rms -f md.xtc -s complex_ions.gro

选择相应的组分，生成rmsd.xvg文件。

2. 提取10ns模拟体系中的后2ns

#source /home/murphy/gromacs/Gromacs_mpi/bin/GMXRC
gmx_mpi trjconv -f md.xtc -o MmPbsa.xtc -b 8000 -e 10000

gmx中以ps为单位，-b 8000 -e 10000为begin和end时间窗口。

3. RMSD画图

3.1 将rms命令生成的rmsd.xvg文件用gnuplot作图。
首先去掉rmsd.xvg中的注释信息。

#!/bin/bash
cat rmsd.xvg |grep -v -E "#|@" >rmsd_1.xvg
gnuplot <<EOF
set term pngcairo lw 2 font "Times_New_Roman,14"
set output "rmsd.png"
set xlabel 'Time (ps)'
set ylabel 'RMSD (nm)'
set title 'RMSD'
unset key
plot 'rmsd_1.xvg' with line linetype 1 linewidth 1
set output
EOF

4. g_MMPBSA后作图，多个图叠合在一起

#!/bin/bash
gnuplot <<EOF
set term pngcairo lw 2 font "Times_New_Roman,14"
set output "a.png"
set xlabel 'Residue Number'
set ylabel 'Contribution Energy (kJ/mol)'
set title 'Contribution of residues to the binding energy'
#unset key
set xrange [1:306]
#set xtics 1,1,306 
#unset border
#set zeroaxis lt -1 lw 2
plot 'cq-3.dat' with line linetype 1 linewidth 1 title "CQ-1",'cq-2.dat' with line linetype 2 linewidth 1 title "CQ-2", 'hcq.dat' with line linetype 3 linewidth 1 title "HCQ-1",'hcq-3.dat' with line linetype 4 linewidth 1 title "HCQ-2" 
#plot 'cq-3.dat' with line linetype 1 linewidth 1 title "CQ-3" >'hcq.dat' with line linetype 3 linewidth 1 title "HCQ-1" >'hcq-3.dat' with line linetype 4 linewidth 1 title "HCQ-3"
set output
EOF