脑影像分析软件推荐 | SimpleROIBuilder介绍

目录

1.软件界面

2.工具包功能简介

3.软件安装注意事项

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1.软件界面

2.工具包功能简介

SimpleROIBuilder是一个用于医学成像分析的工具包，特别是在功能性磁共振成像（fMRI）和其他神经影像学研究中。这个工具包允许用户在三维脑体积数据上创建简单的感兴趣区域（ROI），这些ROI可以是球形或盒形（长方体）。以下是SimpleROIBuilder工具包的一些主要特点：

（1)用户友好的界面：SimpleROIBuilder提供了一个直观的用户界面，使得在MRI数据上创建ROI变得简单快捷；

（2）灵活的ROI创建：用户可以根据需要创建球形或盒形的ROI，这在神经影像学分析中非常有用，尤其是在需要关注特定脑区活动时。

（3）与SPM集成：SimpleROIBuilder与统计参数映射（SPM）软件包集成，SPM是一个广泛使用的软件包，用于fMRI数据分析；

（4）自定义ROI参数：用户可以自定义ROI的中心位置、半径或尺寸，这使得工具可以适应不同的研究需求和特定的解剖位置；

（5）数学运算：用户可以创建多个单独的ROI图像，然后使用Matlab的“imcalc”工具对这些体积进行数学运算，以创建更复杂的ROI组合。

3.软件安装注意事项

下载并放入您的工具箱目录中，之后它将在SPM2的工具箱下拉菜单中可用（应该也能在SPM5中工作）。在SPM工具箱中选择SimpleROIBuilder，或者在Matlab命令行中输入toolboxes -> SimpleROIBuilder来启动工具。

创建ROI数量：工具会提示用户输入想要创建的ROI数量。

选择参考体积：用户需要选择一个体积数据作为参考，以匹配新ROI的尺寸和体素大小。这通常是用户的对比图像或其他脑成像数据。

命名ROI：用户需要为新创建的mask图像命名，这个文件将保存在Matlab的当前工作目录中。

定义ROI参数：对于每个ROI，用户需要提供以下信息：ROI的中心位置（以毫米为单位）;选择创建球形或盒形ROI; 如果是球形ROI，需要指定半径；如果是盒形ROI，需要指定每个维度上的大小。

数学运算：如果需要创建复杂的ROI，用户可以创建多个单独的ROI图像，然后使用Matlab的“imcalc”工具进行数学运算，如交集（使用.*操作符）。

参考文献：

Merians AS, Tunik E, Adamovich SV. Virtual reality to maximize function for hand and arm rehabilitation: exploration of neural mechanisms. Stud Health Technol Inform. 2009;145:109-25. PMID: 19592790; PMCID: PMC4554695.

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Merians AS, Tunik E, Fluet GG, Qiu Q, Adamovich SV. Innovative approaches to the rehabilitation of upper extremity hemiparesis using virtual environments. Eur J Phys Rehabil Med. 2009 Mar;45(1):123-33. PMID: 19158659; PMCID: PMC5648052.