linux练习

root@PC-jj:/mnt/e/练习# cat test\(1\).bed | tr "M" "\t" |tr "N" "\t" |awk '{print $9}' |paste -s -d +|tr "+" "\n" |grep "^1" |paste -s -d + |bc >1
root@PC-jj:/mnt/e/练习# cat test\(1\).bed | tr "M" "\t" |tr "N" "\t" |awk '{print $7}' |paste -s -d + |bc >2
root@PC-jj:/mnt/e/练习# cat 1 2
857
1962
root@PC-jj:/mnt/e/练习# cat 1 2 |paste -s -d + |bc
2819

###########查看fq文件过滤后和过滤前的序列长度对比

 zcat SRR957677_trimmed.fq.gz | paste - - - - > raw.txt
  (zcat SRR957677_trimmed.fq.gz | paste - - - - > trim.txt &)
  #########每四行（一个reads）变一行  方便后续对比
  
 cat trim.txt |awk 'length($4)<50{print$1}'|head -100 > ID100.txt
  ######trim后的序列 提取基因ID，长度小于50的，也就是被过滤了一些序列的序列

 grep -w -f ID100.txt ../fastq/raw.txt | awk '{print$1,$4}' > raw.sm
 #####原始fq也通过ID100进行匹配选取前100行


paste trim.sm raw.sm | awk '{print $2,$4}' | tr ' ' '\n' |less -SN
#########合并二者 选取各自序列行，上下对比，可以明显看出序列短了

 cat test.gtf |awk '$3=="gene" {print $5,$4,$5-$4,$9}'

zcat Homo_sapiens.GRCh38.103.chr.gtf.gz |awk '$3=="gene" {len = $5-$4 ; total = total+len ; print total}'
#计算gene总长度

 samtools depth SRR957678_sort.bam |awk '$3>50{print $0}' |wc -l
 #覆盖深度》50的碱基