linux处理fq文件练习

1.获得第二行

perl -alne '{print if $.%4==2}'  reads_1.fq |less -SN在这里插入代码片

##$.代表行
2.每一行长度` perl -alne ‘{print length}’ reads_1.fq |less -SN

 cat tmp.fq | paste - - - - |cut -f2 |cut -c1 |sort -r|uniq -c
 ###统计序列开头第一个字母

cat tmp.fq |paste - - - -|cut -f 1,2 | tr '\t' '\n' | tr '@' '>' >tmp.fa

## fastq转fasta

 cat tmp.fa |grep -v '^>'| grep -o [ATCGN] |wc
##统计碱基数 其中-o 打印出匹配的字符，每个字符单独一行显示