Linux
Nolan777
这个作者很懒,什么都没留下…
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linux练习
root@PC-jj:/mnt/e/练习# cat test\(1\).bed | tr "M" "\t" |tr "N" "\t" |awk '{print $9}' |paste -s -d +|tr "+" "\n" |grep "^1" |paste -s -d + |bc >1root@PC-jj:/mnt/e/练习# cat test\(1\).bed | tr "M" "\t" |tr "N" "\t" |awk '{print $7}' |paste -s -d + |bc >原创 2021-04-07 20:26:28 · 125 阅读 · 0 评论 -
rnaseq
ls ../sra/* |while read id; do (fastq-dump --gzip --split-3 -O ./ $id &);done**sra转fq --split-3**加上--split-3之后, 会把原来双端拆分成两个文件,但是原来单端并不会保存成两个文件. --gzip就能输出gz格式。原创 2021-03-24 09:31:16 · 287 阅读 · 1 评论 -
linux处理fq文件练习
1.获得第二行perl -alne '{print if $.%4==2}' reads_1.fq |less -SN在这里插入代码片##$.代表行2.每一行长度perl -alne '{print length}' reads_1.fq |less -SN原创 2021-03-19 17:30:15 · 689 阅读 · 0 评论 -
Linux练习-gff
1. 查看gff文件Y染色体基因数目ensemble下载y然染色体gff注释文件zcat Homo_sapiens.GRCh38.103.chromosome.Y.gff3.gz | grep -v “#” | cut -f 3 | grep “^gene” | sort |uniq -c2.第三列类几种zcat Homo_sapiens.GRCh38.103.chromosome.Y.gff3.gz | grep -v “#” | cut -f 3 | sort | uniq -c | sort原创 2021-03-16 17:17:30 · 669 阅读 · 0 评论