HJ63 DNA序列

题目：

HJ63 DNA序列

题解：

1.采用滑动窗口求出长度为n的所有子序列

2.计算每个子序列的GC比例

3.保存最大的GC比例

public String getMaxGCRatioSubString(String str, int n) {
        double max = -1;
        String result = "";
        for (int i = 0, j = i + n; j <= str.length(); i++, j++) {
            String sub = str.substring(i, j);
            double ratio = calculateGCRatio(sub);
            if (ratio > max) {
                max = ratio;
                result = sub;
            }
        }

        return result;
    }

    private double calculateGCRatio(String s) {
        char c = 'C';
        char g = 'G';
        int count = 0;
        for (char c1 : s.toCharArray()) {
            if (c1 == c || c1 == g) {
                count++;
            }
        }

        return (count * 1.0) / s.length();
    }

滑动窗口求子串复杂度为O(n)，求窗口内的GC比例复杂度为O(m)，所以整体时间复杂度：O(n*m)。

优化：

1.在上面代码中，每次窗口都要求一次GC比例，但是窗口内只有首尾元素发生变化，无需每次都遍历。

2.求GC比例可以换成求GC字符数量，因为总量不变，GC数量越大，比例越高。

public String getMaxGCRatioSubString(String str, int n) {
        int count = 0;
        // 遍历第一个窗口
        for (int i = 0; i < n; i++) {
            char c = str.charAt(i);
            if (c == 'C' || c == 'G') {
                count++;
            }
        }

        // 最大值初始化为第一个窗口
        int max = count;
        String result = str.substring(0, n);
        // 遍历每个窗口
        for (int i = 1, j = i + n; j <= str.length(); i++, j++) {
            char pre = str.charAt(i-1);
            char next = str.charAt(j-1);
            // 窗口左边出去的是CG
            if (pre == 'C' || pre == 'G') {
                count--;
            }
            // 窗口右边进来的是CG
            if (next == 'C' || next == 'G') {
                count++;
            }
            // 更新最大值
            if (count > max) {
                max = count;
                result = str.substring(i, j);
            }
        }

        return result;
    }

时间复杂度：O(n)。