最全植物和动物单细胞数据库来袭

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前言部分

最全植物和动物单细胞数据库来袭https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkwNjQyNTUwMw==&mid=2247485105&idx=1&sn=874c2b6df7100894ceccc9143d330bb6&chksm=c0e9e341f79e6a57b55580db6366e98298c3615823f7c5861e0b02a09051544c0f415fcb068e&token=102230064&lang=zh_CN#rd

单细胞测序一直很火，单细胞测序（Single-cell sequencing）是一种高通量、高分辨率的分子生物学技术，可以对单个细胞进行基因组、转录组、表观组等方面的测序，从而深入地了解单个细胞的特性。

其在农业上面的应用可以研究作物的基因型和表型，以及不同生长阶段的生长特点和代谢过程；在动物方面偏好应用于疾病方面的研究帮助研究人员深入了解疾病的发病机制和诊断标志物，并为新药研发提供关键信息。

如何利用免费单细胞数据库挖掘有用数据发表SCI，为我们的科研提供帮助，这是我们需要好好研究的目的，能为我们的研究加分不少。

 

植物部分

1.http://jinlab.hzau.edu.cn/PsctH/，华中农业大学金双侠老师课题组2021年10月15日发表在Plant Biotechnology Journal （IF=13.8）杂志题为"Plant Single Cell Transcriptome Hub (PsctH): an integrated online tool to explore the plant single-cell transcriptome landscape"的论文。

包含6个物种，拟南芥，玉米，水稻，番茄，杨树，花生，提供了原始数据下载，在线生成R运行代码。

直接生成单细胞分析代码

2.http://ibi.zju.edu.cn/plantscrnadb/，2021年5月4日，浙江大学樊龙江老师团队在Molecular Plant在线发表了题为“PlantscRNAdb: A Database for Plant Single-cell RNA Analysis”论文，介绍了他们刚刚建立的植物单细胞RNA（scRNA）分析数据库“PlantscRNAdb”

包含的物种有拟南芥、水稻、番茄茄、玉米、花椰菜、胡杨、烟叶和单脉萍。

3.http://www.bmibig.cn/scAPAdb/index.html，2021年9月11日，苏州大学巴斯德学院吴小惠教授课题组在国际著名期刊《Nucleic Acids Research》发表题为“scAPAdb: a comprehensive database of alternative polyadenylation at single-cell resolution”的研究论文。

scAPAdb基于大量scRNA-seq数据，在6个物种的单细胞水平上提供了一个全面的、人工整理的poly(a)位点、APA事件和poly(a)信号图谱。目前，scAPAdb记录了包括智人(人类)、小家鼠(小鼠)在内的动物物种以及水稻(粳稻和籼稻)、拟南芥(拟南芥)、玉米(玉米)和莱茵衣藻(衣原体)在内的植物物种的APA信息。

4.http://speedatlas.net/，2022年10月28日，中国医学科学院系统医学研究院/苏州系统医学研究所（简称“系统所”）陈东升课题组在Nucleic Acids Research《核酸研究》发表了题为“SPEED: Single-cell Pan-species atlas in the light of Ecology and Evolution for Development and Diseases”

目前SPEED数据库已收录数据集127个物种，网站包含“展示模块”（HOME, HELP）、“数据模块”（Pan, Evo, Devo, Diz）与“分析模块”（C2C, G2G, S2S, sSearch, sUp, sDown, sMarker）三大类，共13个功能模块。网站涵盖泛物种（Pan）、演化（Evo）、发育（Devo）与疾病（Diz）相关的大量单细胞多组学数据，功能包括细胞通讯分析（C2C），基因间互作（G2G），物种间转录因子表达模式（S2S）等。同时，为优化用户的使用体验，所有数据都进行了细胞注释与交互式的网页可视化。可视化网页提供提取子集、调节可视化参数、下载图片等多种交互式功能，展示了细胞信息、基因表达、细胞比例等多种信息，其中基因表达以降维图、小提琴图、箱线图、气泡图与热图等多种效果呈现。

动物部分

1.https://bis.zju.edu.cn/HCL/，2020年3月25日，浙江大学郭国骥老师团队在Nature杂志发表的"Construction of a human cell landscape at single-cell level"论文。

2.https://data.humancellatlas.org/

人类细胞图谱(HCA)目前收录了33个组织，289个供体，共包含450，0000个单细胞测序数据，可呈现人体内不同组织下的细胞类型、数目、位置、以及彼此间的关联等。

3.http://easybioai.com/sc2disease/

SC2disease收录了29种组织、341个细胞类型，涉及到25种疾病。用户可以获取每种疾病状态下各个细胞的基因表达谱、查询感兴趣基因在不同细胞类型中的表达变化、寻找疾病特异或细胞类型特异的marker基因，比较疾病状态和非疾病状态的不同细胞类型的基因表达谱。

4.http://xteam.xbio.top/CellMarker/

Cell Marker数据库通过手工收集的100，000+关于人类和小鼠的文献，可以查询不同组织、细胞类型的marker基因，并提供下载。共包含158个人体组织，涵盖467种细胞类型，13，605个marker基因。共包含81个小鼠的组织，涵盖389种细胞类型，9，148个marker基因。

5.http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/

CancerSEA是第一个旨在从单细胞水平全面解析癌细胞不同功能状态的专用数据库。它描绘了一个癌症单细胞功能状态图谱，涉及来自25种癌症类型的41900个癌症单细胞的14种功能状态(包括干性、侵袭、转移、增殖、EMT、血管生成、凋亡、细胞周期、分化、DNA损伤、DNA修复、缺氧、炎症和静止)。CancerSEA允许用户查询与不同癌症相关的基因或基因列表的功能状态。此外，它还提供了在所有癌症类型、特定癌症类型和单个癌症单细胞数据集中，与单细胞分辨率下功能状态经常相关的PCG/lncRNA谱。最后，CancerSEA提供了一个用户友好的界面，可以全面搜索、浏览、可视化和下载功能状态活性谱、PCGs/lncRNAs表达谱和14个功能状态签名。

现在各种数据库很全，提供的数据都是海量的，只要你会用，想用，就能挖掘到属于你的宝藏，数据是个宝，发文章少不了，单细胞相较于传统的基因组学分析新颖性增加了非常多，如果放在文章会是一个非常显眼的亮点，现在单细胞还是头部玩家在发表论文，普通研究工作者极少入门分析（植物领域确实是这样子的），这将是未来数据挖掘的蓝海，加紧加入收藏，转发加关注吧！

今天就先给大家介绍到这里，希望大家的科研能有所帮助！祝您科研顺利快乐！

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