零代码 | 预测转录因子结合的顺式作用元件

为什么要研究转录因子结合的顺式作用元件

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公众号：生信漫谈

真核生物转录起始过程十分复杂，往往需要多种蛋白因子的协助，转录因子与RNA聚合酶Ⅱ形成转录起始复合体，共同参与转录起始的过程。根据转录因子的作用特点可分为二类；第一类为普遍转录因子,它们与RNA聚合酶Ⅱ共同组成转录起始复合体时，转录才能在正确的位置开始。除TFⅡD以外，还发现TFⅡA，TFⅡB，TFⅡF，TFⅡE，TFⅡH等，它们在转录起始复合体组装的不同阶段起作用。第二类转录因子为组织细胞特异性转录因子，这些TF是在特异的组织细胞或是受到一些类固醇激素\生长因子或其它刺激后，开始表达某些特异蛋白质分子时，才需要的一类转录因子。

那今天来讲一种比较研究比较经典的，转录因子结合基因启动子区域顺式作用元件来调控基因的表达！

为了搞清楚基因的功能机理，我们一般是需要分析其上游结合的转录因子是什么，和什么具体的作用元件结合来行使功能，是转录激活还是转录抑制？这些具体的功能可以通过酵母单杂交，体内启动子活性实验进行验证。

转录因子的数据库

转录因子数据库Plant Transcription Factor Database（http://planttfdb.gao-lab.org/index.php），通过这个数据库你将知道你物种有哪些基因是转录因子。

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收集了165个物种，单子叶双子叶都有，比较齐全，分析的转录因子也非常全面！

 

这对一些小伙伴分析转录因子的同源家族基因，进行基因家族分析非常的友好，序列可以直接下载，以拟南芥为例。

拟南芥一共2296个转录因子基因，被分成58个家族，每个家族基因的列表可以直接点击下载。

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plntpan2

大部分人不知道的网站，需要研究上游靶基因的可以去预测一下，看有没有你感兴趣的转录因子，plantpan2网址：http://plantpan2.itps.ncku.edu.tw/TFsearch.php。

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转录因子家族信息：

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具体物种信息：

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这个版本是可以直接输入你感兴趣的顺式作用元件查找具体可以结合的转录因子，如输入一个GTAC顺式作用元件。

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可以根据物种找到具体的转录因子。

plantpan4功能比plantpan2更加强大，全面，大家也可以收藏研究。

植物启动子分析导航(PlantPAN)为检测植物启动子或一组启动子中的转录因子结合位点(TFBSs)、相应的tf和其他重要调控元件(CpG岛和串联重复序列)提供了信息资源。PlantPAN 4.0为115种植物的TFBS预测和启动子序列提供了非冗余的3428矩阵。

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可以根据转录因子找结合顺式作用元件，也可以根据启动子顺式作用元件找上游转录因子。

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通过启动子找上游转录因子

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可以看到很多的结合转录因子：

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可以看下生信石头公众号推文：零基础 | 基于转录因子结合 Motif 的基因间调控关系预测。

简单发下流程：1、下载2个插件

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2、Plant TF Binding Motif Shift

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借用陈博士的图片，我设置8线程，1-2小时左右跑完全部的蛋白数据库。

随后只要做两个设置：

1. 给一个感兴趣的蛋白序列集合，最好是目标物种的所有蛋白序列

2. 设置一个输出文件

运行完成后，可以看到输出文件。

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3、Fimo Binding Site Scan

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还是借用一下陈博士的图片，得到结果。

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具体详细流程可以去看原文，两种方法相辅相成，为我们科研助力！

今天就先给大家介绍到这里，希望大家的科研能有所帮助！祝您科研顺利快乐！

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