PenyPeng-CSDN博客

原创蛋白质相互作用位点标签的获取方法

目前对蛋白质相互作用位点的预测即是判定表面氨基酸中哪些事界面残基。目前，对界面残基的定义有两种：第一种定义，基于氨基酸残基的可及表面积的变化程度。蛋白质相互作用形成复合物是通过蛋白质与蛋白质之间相互接触发生相互作用，因此溶剂可及表面积会相应发生变化，我们定义该残基为界面残基，是该残基在形成复合物之后可及表面积减少超过某一阈值（通常为一个平方埃），反之，称为非界面残基。第二种定义，基于alph...

2018-12-05 21:26:13 3137

原创 word+endnote编辑参考文献

endnote编辑参考文献即将毕业，找完工作，又得天天和word和论文打交道。论文中总是有几十篇参考文献，之前一直都是手工复制黏贴，真把我累死。后来入门了endnote，轻松get~~endnote 下载网上找破解版，很多很多，下载安装即可。需要的话可以私我邮件，我可以发你~~endnote的功能非常简单，endnote就是将你所有的参考文献创建一个文献库，然后word中需要插入的时候，...

2018-11-30 22:45:18 2707

原创 mysql安装出现的几个常见问题

mysql安装出现的几个常见问题1.mysql数据库中的汉字展示到网页上出现乱码解决：安装mysql的时候，将mysql设置为utf-8 2.重新安装mysql时候出现apply security settings错误可能出现这种问题的原因就是：3306端口被占用，还有就是卸载mysql的时候没有卸载干净解决方法：1.cmd 管理员权限 netstat -ano |findst...

2018-07-09 21:02:37 894

转载 mapreduce编程（二）

极力推荐一篇好的学习博客 http://www.cnblogs.com/zhuxiaojie/p/7384677.html

2018-06-16 23:11:49 195

原创 mapreduce编程学习（一）

1.在eclipse中编程：首先配置环境 1.mapper代码 2.reducer代码 3.main代码一.Hadoop 伪分布式 yarn配置自带wordcount 运行测试1.首先按照http://dblab.xmu.edu.cn/blog/install-hadoop/ 安装hadoop2x版本（包括java,ssh） 2.重要的几个配置文件 Etc/hadoop...

2018-06-16 03:12:46 441

原创 HDFS分布式部署后创建文件失败cannot create directory /user Name mode is in safe mode

hadoop mkdir : cannot create directory /user Name mode is in safe mode解决方法：./bin/hadoop dfsadmin -safemode leave

2018-05-30 23:14:18 676 1

原创 ubuntu 中安装hadoop伪分布式布置失败

配置好hadoop之后，最后一步就是启动hadoop，然后jps 查看节点设置是否成功如果缺少任意一个，都是配置失败。rm -r ./tmp ./bin/hdfs namenode -format./sbin/start-dfs.sh...

2018-05-30 21:21:14 348

原创 virtualbox 扩容方法一

virtualbox 扩容一开始给虚拟机中的系统分配了10G的磁盘空间，但是后来用来学习，使用的越来越多，总是提醒空间不足，所以打算给虚拟机扩容。配置环境变量VBoxManage在系统环境变量里，添加VBoxManage 变量名：VBoxManage 路径：vrtualBox的安装路径再在用户变量中添加：变量名：PATH 内容：%VBoxManage%...

2018-05-21 15:59:40 905 1

原创 Linux-tr命令

Linux-tr命令tr命令可以对文本进行删除，替换操作1.命令格式tr [参数] 字符串2.命令参数-s 删除重复的字符串 -d 删除所有对应字符串 -c 替换 (tr [参数] 字符串1 字符串2)3.实例

2018-01-19 15:02:42 301

原创 Reverse the linked list--递归与迭代

Reverse the linked list–递归与迭代本文以逆转单链表的例子解释递归与迭代1.递归递归就是一个过程或函数在其定义或说明中有直接或间接调用自身的一种方法，它通常把一个大型复杂的问题层层转化为一个与原问题相似的规模较小的问题来求解，递归策略只需少量的程序就可描述出解题过程所需要的多次重复计算，大大地减少了程序的代码量。（百度百科）总结：利用调用自身来不断

2018-01-19 14:54:11 310

转载 GitHub上Top20个 Python 语言机器学习项目

Scikit-learnwww.github.com/scikit-learn/scikit-learnScikit-learn 是基于Scipy为机器学习建造的的一个Python模块，他的特色就是多样化的分类，回归和聚类的算法包括支持向量机，逻辑回归，朴素贝叶斯分类器，随机森林，Gradient Boosting，聚类算法和DBSCAN。而且也设计出了Python numerical和scien

2017-08-09 21:00:09 268

转载机器学习算法常用指标总结

阅读目录 1. TPR、FPR&TNR 2. 精确率Precision、召回率Recall和F1值 3. 综合评价指标F-measure 4. ROC曲线和AUC考虑一个二分问题，即将实例分成正类（positive）或负类（negative）。对一个二分问题来说，会出现四种情况。如果一个实例是正类并且也被预测成正类，即为真正类（True positive）,如果实例是负类被预测成正类，称之

2017-08-09 20:46:53 518

转载 Recall（召回率） Precision（准确率） F-Measure E值 sensitivity（灵敏性） specificity（特异性）漏诊率误诊率 ROC AUC

Recall（召回率） Precision（准确率） F-Measure E值 sensitivity（灵敏性） specificity（特异性）漏诊率误诊率 ROC AUC信息检索、分类、识别、翻译等领域两个最基本指标是召回率(Recall Rate)=系统检索到的相关文件 / 系统所有相关的文件总数，衡量的是检索系统的查全率。准确率(Precision Rate)=系统检索到的相关文件 / 系

2017-08-09 20:44:43 2160

原创总结几种排序算法（二）---选择排序

选择排序选择排序很简单，其实就是每次遍历，找到一个最大（最小）的数放在前面，所以对应的时间复杂度也就是O(n^2)。算法步骤： 1.将第一个位置上的数字设置为a[1]，依次与后面的数字a[j]比较，如果a[1]大则不做处理，如果a[1]小则交换两个数a[1]<–>a[j]，然后继续比较直到将数组中所有数字都与a[1]进行比较后，则a[1]中存放的就是最大的数字； 2.将数组看成从a[2]开始

2017-07-30 19:49:55 428

转载 Java基础知识总结

转载http://blog.csdn.net/xyzopq100/article/details/50683899写代码：1，明确需求。我要做什么？2，分析思路。我要怎么做？1,2,3。3，确定步骤。每一个思路部分用到哪些语句，方法，和对象。4，代码实现。用具体的Java语言代码把思路体现出来。学习新技术的四点：1，该技术是什么？

2017-07-24 16:32:43 354

原创总结几种排序算法(一）---冒泡排序

本文主要对几种常用的排序算法进行总结，排序有内部排序和外部排序，内部排序是数据记录在内存中进行排序，而外部排序是因排序的数据很大，一次不能容纳全部的排序记录，在排序过程中需要访问外存。我主要介绍一下内部排序：冒泡排序冒泡排序，不断遍历数组，比较前后两个数，如果前面比较小则交换（从大到小排序），继续向前访问，比较前后，将两者比较大的放在前面，不断遍历，知道某一次遍历，没有交换过任何一个数则说明排序

2017-07-24 16:06:59 441

原创 blast--remove the redundant protein chains whose sequence identity ≤30%

用blast软件对226条蛋白质链进行除冗余操作，包含对blast的使用，创建数据集，以及如何获得最终的非冗余数据集。

2017-07-14 20:02:11 1100

原创 Leetcode-2sum,3sum,4sum

Leetcode-2sum,3sum,4sum（Python）解析LeetCode有三道题是求一个数组中的数字任意三个或者四个数的和等于目标值的题。最简单，最暴力的方法就是每三个或者四个数都进行尝试，时间复杂度是o(n^3)或是o(n^4)，肯定是超时的。主要思想是，利用两个指针进行移动，选取符合条件的数字。

2017-07-11 16:35:31 428

原创动态规划求解最长回文字符串

首先介绍一下，动态规划算法：动态规划问题就是，大问题分成小问题，不断地递归，比如一个1000个字符的字符串问题，这个问题的解决建立在999个字符的字符串问题的基础上再添加一个字符串。动态规划算法就是利用空间来提高效率，存储每个子问题处理的结构，然后再解决更大的问题时，如果利用到子问题则直接使用处理的子问题结果。这样可以减少冗余，提高效率。具体的算法的解释，我看了别人的一篇博客，讲解的不错

2017-06-18 16:31:45 1142

原创 Libsvm的安装使用--MATLAB总结

Libsvm的安装使用以及参数优化--MATLAB总结1.安装libsvm在官网下载最新的libsvm(http://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/libsvm/),目前是3.22版本，可以找到对应的，你需要的libsvm包，我们下载一个MATLAB版本的。下载后解压到MATLAB安装目录下的toolbox下。打开MATLAB，在设置路径中，将解压后的lib

2017-04-07 13:44:23 729

原创 MATLAB--给子图加标题title()

刚开始使用MATLAB，没有特地去看书，主要是帮同学画一个图，所以就百度一下如何导入数据，画图就可以了。先说一下，主要步骤，就是，导入四个excel文件，画四个图，然后每个图，应该有自己的小标题。这个小问题，给图加标题，有点难为我，百度了很多，都说，suptitle,title()就可以啦，代码大致为subolot(2,2,1);title('running')

2017-03-08 14:25:29 44671 8

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