blast--remove the redundant protein chains whose sequence identity ≤30%

最新推荐文章于 2021-12-16 11:23:12 发布

PenyPeng

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分类专栏： Python 生物信息文章标签：生物信息 python

本文链接：https://blog.csdn.net/PenyPeng/article/details/75135118

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半学期在研究蛋白质相互作用位点的预测，由于生物短板，所以遇到很多困难。不说这些心酸事了，说一下这篇博客的内容吧。我仔细研读了一篇关于蛋白质相互作用位点预测的论文：Predicting protein interaction sites from residue spatial sequence profile and evolution rate（Bing Wanga,b,1, Peng Chena,b,1, De-Shuang Huanga,*, Jing-jing Lia,Tat-Ming Lokc, Michael R. Lyud）这篇论文的数据是来自Fariselli et al研究的113对蛋白质链，对着226条蛋白质链进行了去除冗余，使用了blast软件，本文主要就介绍如何使用此软件实现去除冗余的过程。原文如下：

After removal of redundant chains, we obtained a data set of 69 protein
chains (sequence identity <30%); all the data are available upon request.

Blast安装

在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 下载对应版本，我下载的是windows版本，直接安装即可，添加环境变量即可使用。
这里写图片描述
安装完成后，在安装目录里可以看到很多功能，比如blastp,makeblastdb就是我所使用的两个程序。如图