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生物信息
PenyPeng
千里之行始于足下
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blast--remove the redundant protein chains whose sequence identity ≤30%
用blast软件对226条蛋白质链进行除冗余操作,包含对blast的使用,创建数据集,以及如何获得最终的非冗余数据集。原创 2017-07-14 20:02:11 · 1174 阅读 · 0 评论 -
蛋白质相互作用位点标签的获取方法
目前对蛋白质相互作用位点的预测即是判定表面氨基酸中哪些事界面残基。目前,对界面残基的定义有两种:第一种定义,基于氨基酸残基的可及表面积的变化程度。蛋白质相互作用形成复合物是通过蛋白质与蛋白质之间相互接触发生相互作用,因此溶剂可及表面积会相应发生变化,我们定义该残基为界面残基,是该残基在形成复合物之后可及表面积减少超过某一阈值(通常为一个平方埃),反之,称为非界面残基。第二种定义,基于alph...原创 2018-12-05 21:26:13 · 3215 阅读 · 0 评论