LAMMPS: 如何使用MATLAB计算径向分布函数

LAMMPS: 如何使用MATLAB计算径向分布函数

在分子动力学模拟中，径向分布函数（Radial Distribution Function，RDF）是一种重要的工具，用于描述粒子在系统中的分布情况。LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一个常用的分子动力学模拟软件包，可以用于模拟各种复杂的分子体系。本文将介绍如何使用MATLAB编写脚本来计算LAMMPS模拟结果的径向分布函数。

首先，我们需要通过LAMMPS运行模拟并生成所需的数据文件。假设我们已经完成了模拟，并得到了包含粒子坐标信息的数据文件。以下是一个简单的LAMMPS输入脚本的示例，用于模拟一组粒子，并将坐标数据写入文件：

# LAMMPS input script

# 设置模拟参数
dimension		3
boundary		p p p
units			lj
atom_style		atomic

# 创建粒子
lattice			fcc 0.8442
region			box block 0 10 0 10 0 10
create_box		1 box
create_atoms	1 box
mass			1 1.0

# 定义势函数
pair_style		lj/cut 2.5
pair_coeff		1 1 1.0 1.0 2.5

# 定义时间步长和总步数
timestep		0.001
run_style		verlet
run				1000

# 将粒子