lammps教程：径向分布函数g(r)的计算与输出方法

最新推荐文章于 2024-04-08 11:51:06 发布
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分类专栏： lammps教程 文章标签： lammps gr
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本文链接：https://blog.csdn.net/lammps_jiayou/article/details/118014908
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大家好，我是小马老师。
本文介绍如何使用lammps计算径向分布函数g®。
径向分布函数（Radial distribution function）是指给定某个粒子的坐标，其他粒子在空间的分布几率。
在lammps中对应的命令为：compute rdf。
语法格式为：

compute ID group-ID rdf Nbin itype1 jtype1 itype2 jtype2 ... keyword/value ...

其中，Nbin为分片数量，一般选择数值为100-500之间。
itype1表示中心原子，jtype1为分布原子。
itype1和jtype1应该成对设置，表示计算第i种原子周围出现第j种原子的概率。
如果不设置i

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LAMMPS-使用MATLAB计算径向分布函数
code_welike的博客
06-30 806
在分子动力学模拟中，径向分布函数（Radial Distribution Function，简称RDF）是一种重要的统计工具，用于描述原子或分子之间的空间分布情况。本文将介绍如何使用MATLAB计算LAMMPS生成的数据文件的径向分布函数。首先，我们需要使用LAMMPS进行分子动力学模拟，并获取到所需的数据文件。对于本文的目标，我们假设你已经完成了LAMMPS的安装和模拟过程，获得了数据文件。通过以上步骤，我们就可以使用MATLAB计算并绘制出LAMMPS生成的数据文件的径向分布函数。
LAMMPS: 如何使用MATLAB计算径向分布函数
PixelNinja的博客
09-11 564
在分子动力学模拟中，径向分布函数（Radial Distribution Function，RDF）是一种重要的工具，用于描述粒子在系统中的分布情况。我们可以使用MATLAB中的脚本来读取LAMMPS输出的坐标文件，并计算粒子之间的距离。在这个示例中，我们使用Lennard-Jones势函数进行模拟，并将粒子坐标每100个时间步长写入一个名为"dump.xyz"的文件中。请注意，这只是一个简化的示例，用于说明如何使用MATLAB计算径向分布函数。函数读取LAMMPS输出的坐标文件，并提取粒子的坐标信息。
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Lammps-如何采用MATLAB计算径向分布函数（RDF）
Rockyoung
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融化过程中RDF的变化 weixin_50560116朋友，提出两个错误：（1）已经更新了PBC函数，（2）t1if 改为 if (复制错误)；
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liushuosha的博客
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大家好，我是粥粥。这几天，用PYTHON写了一个计算SiO2的O-Si间的偏径向分布函数(partial RDF)和针对不同Si近邻(neighbor1，neighbor2...neighbor6)的偏偏径向分布函数(partial partial RDF)，自己起的名字。如图1，以此可以枚举SiO2非晶化过程中，原子间的拓扑约束，并考察其变化。此外，根据实验得到偏结构因子计算出偏径向分布函数，就可以根据我MD模拟的结果，来对应实际材料中的难以计算和预测的性质。图1 | SiO2辐照后的偏RDF(O-Si)
【转帖】径向分布函数程序与简单说明 (小木虫)
ditigao0965的博客
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径向分布函数g(r)代表了球壳内的平均数密度为离中心分子距离为r，体积为 的球壳内的瞬时分子数。具体参见李如生，《平衡和非平衡统计力学》科学出版社：1995 CODE: SUBROUTINE GR(NSWITCH) IMPLICIT DOUBLE PRECISION(A-H,O-Z) PARAMETER(NM=40000,PI=3.14159265358...
rdf径向分布函数
weixin_30588827的博客
09-18 2440
1.rdf的in文件编写： 2.计算结果文件： 转载于:https://www.cnblogs.com/sysu/p/11545391.html
lammps教程：python ovito编程绘制速度分布
lammps_jiayou的博客
03-23 1744
ovito处理速度分布和lammps原理基本一致，也是先进行分块切割，得到每一块的原子数据后，再进行数据求和平均。该案例模拟了原子沿x方向的流动过程，需要计算的是原子沿y方向的速度分布。
lammps模拟中的常用计算命令
qq_44963682的博客
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本文介绍了lammps模拟中常用的计算命令，希望能够帮助初学者更好的学习lammps，如果有错误，欢迎各位批评指正。
[lammps教程]OVITO输出RDF
m0_60787307的博客
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近期，许多小伙伴咨询小编如何进行径向分布函数分析，如湖南大学材料科学与工程学院刘海蓉老师课题组发表在物理学报的一文：《冷速对液态金属Mg凝固过程中微观结构演变的影响》中，通过对金属Mg在不同温度下的径向分布函数（RDF）分析，表征液态金属Mg凝固过程的结构演变，如下图文中的液态金属 Mg 在不同冷却速度下凝固的双体分布函数 g(r) 曲线： 图参考自：吴博强，刘海蓉，刘让苏. 冷速对液态金属Mg凝固过程中微观 结构演变的影响. 物理学报，2017. 小编之前出过一期利用命令输出RDF数据的教...
【转载】径向分布函数（RDF）计算：从原理到实践
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在完成分子动力学模拟之后，需要对模拟轨迹进行分析，计算径向分布函数（Radial Distribution Function, RDF）即是一种常见的分析。大多分子动力学模拟软件提供了计算RDF的功能，但往往不够灵活，也不能适应不同的轨迹格式。是一个用于处理分子动力学轨迹的Python包，它能够接受多种轨迹格式，将不同格式的轨迹作为统一的轨迹对象处理；同时，它也提供了许多性质计算的功能，其中就包括RDF；最后，通过使用Python代码，使得性质计算灵活了许多。
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什么是RDF？ 其实什么是径向分布函数（Radial distribution function）并不需要我去赘述，毕竟百度一搜一大堆。这里给出一个我第一接触RDF时看到的定义，图和公式给的也比较清楚，比较好理解：RDF定义再说明一点，代码所依靠的公式都是来自于剑桥大学的《THE ART OF MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION》 思路 首先，因为我需要读lammps的输出...
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大家好，我是小马老师。 今天给大家介绍几个lammps自带的几个函数，这几个函数没有被列在lammps官方手册命令列表中，但是非常的实用。 1. xcm（）：计算原子组的重心坐标 Xcm（）函数语法规则： Xcm（group_ID，x|y|z) Xcm（）作用是返回原子组group_ID重心的某一个方向的坐标，如需要返回xyz三个坐标，调用三次命令即可。 用法举例： #返回tool重心的x坐标，存入dx变量中 variable dx equal xcm(tool,x) 2. fcm(）：计算原子组的受力
lammps径向分布函数matlab计算脚本
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LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一个用于分子动力学模拟的软件包。径向分布函数（Radial Distribution Function）是分子模拟中一个常用的工具，能够描述分子之间的相互作用和排列情况。 MATLAB是一种科学计算和数据可视化的编程语言，可以用来编写计算径向分布函数的脚本。 编写LAMMPS径向分布函数的MATLAB计算脚本主要分为以下几个步骤： 1. 读取LAMMPS模拟的分子动力学轨迹文件。使用MATLAB中的文件读取函数，例如'load'函数，将轨迹文件中的原子坐标数据读入MATLAB中。 2. 选择需要计算径向分布函数的物种和原子数。根据具体模拟体系的需要，选择感兴趣的分子种类，并统计其在模拟系统中的个数。 3. 划定径向分布函数的半径范围和间隔。在分子模拟中，通常会将系统体积划分为一个个的球壳，计算每个球壳内分子的个数。设置不同的半径范围和间隔可以更好地描述分子之间的排列情况。 4. 遍历每一个时间步和每个分子，统计其与其他分子的距离。计算每个分子与其他分子之间的距离，并按照距离值归类到相应的球壳中。 5. 统计每个球壳内分子的个数，并计算径向分布函数。统计每个球壳内分子的个数，并根据总体分子数和球壳体积计算出归一化的径向分布函数值。 6. 对每个时间步进行求和和平均。若存在多个时间步骤，可对每一个时间步的径向分布函数进行求和并平均，得到最终的径向分布函数结果。 以上就是一个简单的LAMMPS径向分布函数MATLAB计算脚本的基本步骤，可以根据具体的模拟需求进行进一步的修改和优化。
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