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RSS订阅原创 immunarch包进行免疫组库分析：Basic analysis and clonality
，相当于秩合方差分析，它测试来自不同组的样本是否来自同一分布。多重比较调整后的 P 值绘制在组的顶部。immunarch中的所有函数都要求输入的免疫库数据列表有名称。对于基本的探索性分析，例如比较每个曲目的读取数/UMI 或分布，使用该函数repExplore。在本节中，将使用immunarch包中的基本函数对免疫组库数据进行常规分析。函数可以计算最频繁或最不常见的克隆型的数量。函数生成的图以及任何基于 ggplot2 的图都可以传递给 ——函数进行可视化，它是一个通用的可视化函数。
2024-09-05 10:32:33
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原创 immunarch包进行免疫组库分析：Loading MiXCR Data
MiXCR 是一款通用软件，用于从任何类型的测序数据中快速准确地提取 T 细胞和 B 细胞受体库。它可处理配对和单端读取，考虑序列质量，纠正PCR错误并识别种系超突变。该软件支持部分长度和全长分析，并采用所有可用的 RNA 或 DNA 信息，包括 V 基因片段上游和下游的序列。提取 T 细胞和 B 细胞受体库甚至可以从常规RNA-Seq中提取库数据成功分析全长抗体数据在此处查找有关 MiXCR 的更多信息准备 MiXCR 数据请按照此处的这些说明安装 MiXCR 并开始处理数据。
2024-08-16 15:53:27
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原创 immunarch包进行免疫组库分析：数据加载
找到一个包含示例文件的文件夹（下载并解压缩test_data.zip或test_data.tar.gz），并使用它来测试数据加载。根据指定索引中的标签对数据框进行子集操作很简单。在其他情况下，可能需要提供元数据文件并在文件夹中找到它。如果有本地文件，则只需指定文件或包含文件的文件夹的路径。如果不熟悉文件路径，可以将模拟数据下载到工作目录中。您可以从单个文件、曲目文件路径列表或包含曲目文件的文件夹中加载数据。- 保存更改并将曲目数据以特定格式（VDJtools）写入文件。- 加载具有兼容格式的曲目。
2024-08-16 15:39:29
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原创 immunarch包进行免疫组库分析：包的简介与安装
immunarch包是一个主要面向于医学科学家和生物信息学家们设计的，专门针对 T 细胞受体 (TCR) 和 B 细胞受体 (BCR) 免疫组库数据进行分析的R包。使用immunarch包，使得免疫组库测序数据的分析变的尽可能轻松，并帮助您专注于研究而非编程。
2024-08-16 15:02:38
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空空如也
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