immunarch包进行免疫组库分析：Loading MiXCR Data

已于 2024-08-16 16:08:18 修改
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分类专栏： immunarch 文章标签： 数据分析
于 2024-08-16 15:53:27 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/Qinglie_Zhang/article/details/141261590
版权

MiXCR 介绍

MiXCR 是一款通用软件，用于从任何类型的测序数据中快速准确地提取 T 细胞和 B 细胞受体库。它可处理配对和单端读取，考虑序列质量，纠正PCR错误并识别种系超突变。该软件支持部分长度和全长分析，并采用所有可用的 RNA 或 DNA 信息，包括 V 基因片段上游和下游的序列。

它的一些功能包括：

  • 提取 T 细胞和 B 细胞受体库
  • 甚至可以从常规RNA-Seq中提取库数据
  • 成功分析全长抗体数据

在此处查找有关 MiXCR 的更多信息

准备 MiXCR 数据

请按照此处的这些说明安装 MiXCR 并开始处理数据。重要提示：目前支持 MiXCR 版本 3 及以上版本。

MiXCR 支持以下格式的测序数据：fasta、fastq、fastq.gz、双端 fastq 和 fastq.gz。在本教程中，我们使用此处的真实 IGH 数据。

可以选择使用该方法一次性处理：analyze amplicon

> mixcr analyze amplicon --species hs \
        --starting-material dna \
        --5-end v-primers \
        --3-end j-primers \
        --adapters adapters-present \
        --receptor-type IGH \
        input_R1.fastq input_R2.fastq analysis

或单独地执行每个步骤align，assemble和exportClones。

> mixcr align -s hs -OvParameters.geneFeatureToAlign=VTranscript \
  --report analysis.report input_R1.fastq input_R2.fastq analysis.vdjca

Analysis Date: Mon Aug 25 15:22:39 MSK 2014
Input file(s): input_r1.fastq,input_r2.fastq
Output file: alignments.vdjca
Command line arguments: align --report alignmentReport.log input_r1.fastq input_r2.fastq alignments.vdjca
Total sequencing reads: 323248
Successfully aligned reads: 210360
Successfully aligned, percent: 65.08%
Alignment failed because of absence of V hits: 4.26%
Alignment failed because of absence of J hits: 30.19%
Alignment failed because of low total score: 0.48%

准备要加载的文件

运行这些命令后，将生成以下文件，其中包含有关计算克隆型的详细信息：

.
├── analysis.clonotypes.<chains>.txt <-- This contains the count data we want!
├── analysis.clna <- Build clonotypes correct PCR and sequencing errors
├── analysis.vdjca <- Align raw sequences to reference sequences of segments (V, D, J) of IGH gene
├── analysis.report <- Information on the run

或者应该是这样的数据文件，前部命名以作隐藏，后续有时间的话，再详细介绍MIXCR！

可以先参考此网址：Analysis overview - MiXCR

回到正题：

创建一个新文件夹，该文件夹仅包含运行中指定的克隆型文本文件，并按以下格式创建metadata.txt文件。

元数据文件“metadata.txt”必须是制表符分隔的文件，第一列名为“Sample”，以及任意数量的具有任意名称的附加列。第一列应包含文件夹中没有扩展名的文件的基本名称。

加载到Immunarch包中

可以使用repLoad函数加载已准备好的MiXCR格式文件。

加载单个文件

# 1.1) Load the package into R:
> library(immunarch)

# 1.2) Replace with the path to your clonotypes file
> file_path = "path/to/your/mixcr/data/analysis.clonotypes.IGH.txt"

# 1.3) Load MiXCR data with repLoad
> immdata_mixcr <- repLoad(file_path)

== Step 1/3: loading repertoire files... ==

Processing "<initial>" ...
  -- Parsing "/path/to/your/mixcr/data/analysis.clonotypes.IGH.txt" -- mixcr

== Step 2/3: checking metadata files and merging... ==

Processing "<initial>" ...
  -- Metadata file not found; creating a dummy metadata...

== Step 3/3: splitting data by barcodes and chains... ==

Done!

加载后就可以查看相关文件的信息

r$> immdata_mixcr
$data
$data$analysis.clonotypes.IGH
# A tibble: 33,812 x 15
   Clones Proportion CDR3.nt            CDR3.aa    V.name    D.name    J.name V.end D.start D.end J.start VJ.ins VD.ins DJ.ins Sequence
    <dbl>      <dbl> <chr>              <chr>      <chr>     <chr>     <chr>  <int>   <int> <int>   <int>  <int>  <int>  <int> <chr>
 1    230    0.00284 TGTGTGAGACATAAACC… CVRHKPMVQ… IGHV4-39  IGHD3-10… IGHJ6     12      NA     5      36      9      3      6 TGTGTGAGACATAAACC…
 2    201    0.00248 TGTGCGATTTGGGATGT… CAIWDVGLR… IGHV4-34  IGHD2-21  IGHJ4…     7      NA     5      29     10      7      3 TGTGCGATTTGGGATGT…
 3    179    0.00221 TGTGCGAGAGATCATGC… CARDHAGFG… IGHV1-69… IGHD3-10  IGHJ6     13      NA     4      40     18      5     13 TGTGCGAGAGATCATGC…
 4     99    0.00122 TGTGCGAGATGGGGATA… CARWGYCIN… IGHV4-39  IGHD2-8   IGHJ6      9      NA     6      64     23      2     21 TGTGCGAGATGGGGATA…
 5     97    0.00120 TGTGCGAGAGGCCCCAC… CARGPTSSE… IGHV4-34  IGHD3-22… IGHJ6     13      NA     6      52     26     24      2 TGTGCGAGAGGCCCCAC…
 6     97    0.00120 TGTGCGCACCACTATAC… CAHHYTSDY… IGHV2-5   IGHD1-26  IGHJ5      9      NA     2      39     19     NA     20 TGTGCGCACCACTATAC…
 7     92    0.00114 TGTGCGAGAGGCCCTCC… CARGPPSMG… IGHV4-34  IGHD5-24… IGHJ4     13      NA     3      38     11      6      5 TGTGCGAGAGGCCCTCC…
 8     84    0.00104 TGTGCGAGGTGGCTTGG… CARWLGEDI… IGHV4-39  IGHD3-16… IGHJ4…     8      NA     6      32     13      4      9 TGTGCGAGGTGGCTTGG…
 9     83    0.00103 TGTGCGAGAGGCCGCAG… CARGRSGDP… IGHV4-34  IGHD2-2,… IGHJ5     13      NA     4      50     18     13      5 TGTGCGAGAGGCCGCAG…
10     81    0.00100 TGTGTGAGTCACCTCCT… CVSHLLDTS… IGHV1-2   IGHD2-21… IGHJ4…     8      NA     3      40     20     14      6 TGTGTGAGTCACCTCCT…
# … with 33,802 more rows


$meta
# A tibble: 1 x 1
  Sample
  <chr>
1 analysis.clonotypes.IGH

加载文件夹

在本教程中，使用了三个相同的示例来显示输出，但应将所有输出的.txt克隆型文件与metadata.txt文件一起放在此文件夹中。

# 1.1) Load the package into R:
> library(immunarch)

# 1.2) Replace with the path to the folder with your processed MiXCR data.
> file_path = "/path/to/your/mixcr/data/"

# 1.3) Load MiXCR data with repLoad
> immdata_mixcr <- repLoad(file_path)

== Step 1/3: loading repertoire files... ==

Processing "/path/to/your/mixcr/data/" ...
  -- Parsing "/path/to/your/mixcr/data/analysis.clonotypes.IGH_1.txt" -- mixcr
  -- Parsing "/path/to/your/mixcr/data/analysis.clonotypes.IGH_2.txt" -- mixcr
  -- Parsing "/path/to/your/mixcr/data/analysis.clonotypes.IGH_3.txt" -- mixcr
  -- Parsing "/path/to/your/mixcr/data/metadata.txt" -- metadata

== Step 2/3: checking metadata files and merging files... ==

Processing "/path/to/your/mixcr/data/" ...
  -- Everything is OK!

== Step 3/3: processing paired chain data... ==

Done!

输出应如下所示：

r$> immdata_mixcr
$data
$data$analysis.clonotypes.IGH_1
# A tibble: 32,744 x 15
   Clones Proportion CDR3.nt                 CDR3.aa     V.name    D.name      J.name  V.end D.start D.end J.start VJ.ins VD.ins DJ.ins Sequence
    <dbl>      <dbl> <chr>                   <chr>       <chr>     <chr>       <chr>   <int>   <int> <int>   <int>  <int>  <int>  <int> <chr>
 1    230    0.00284 TGTGTGAGACATAAACCTATGG… CVRHKPMVQG… IGHV4-39  IGHD3-10, … IGHJ6      12      NA     5      36      9      3      6 TGTGTGAGACATAAACCTATG…
 2    201    0.00248 TGTGCGATTTGGGATGTGGGAC… CAIWDVGLRH… IGHV4-34  IGHD2-21    IGHJ4,…     7      NA     5      29     10      7      3 TGTGCGATTTGGGATGTGGGA…
 3    179    0.00221 TGTGCGAGAGATCATGCGGGGT… CARDHAGFGK… IGHV1-69… IGHD3-10    IGHJ6      13      NA     4      40     18      5     13 TGTGCGAGAGATCATGCGGGG…
 4     99    0.00122 TGTGCGAGATGGGGATATTGTA… CARWGYCING… IGHV4-39  IGHD2-8     IGHJ6       9      NA     6      64     23      2     21 TGTGCGAGATGGGGATATTGT…
 5     97    0.00120 TGTGCGAGAGGCCCCACGAGCA… CARGPTSSEW… IGHV4-34  IGHD3-22, … IGHJ6      13      NA     6      52     26     24      2 TGTGCGAGAGGCCCCACGAGC…
 6     97    0.00120 TGTGCGCACCACTATACCAGCG… CAHHYTSDYY… IGHV2-5   IGHD1-26    IGHJ5       9      NA     2      39     19     NA     20 TGTGCGCACCACTATACCAGC…
 7     92    0.00114 TGTGCGAGAGGCCCTCCGTCGA… CARGPPSMGT… IGHV4-34  IGHD5-24, … IGHJ4      13      NA     3      38     11      6      5 TGTGCGAGAGGCCCTCCGTCG…
 8     84    0.00104 TGTGCGAGGTGGCTTGGGGAAG… CARWLGEDIR… IGHV4-39  IGHD3-16, … IGHJ4,…     8      NA     6      32     13      4      9 TGTGCGAGGTGGCTTGGGGAA…
 9     83    0.00103 TGTGCGAGAGGCCGCAGCGGCG… CARGRSGDPY… IGHV4-34  IGHD2-2, I… IGHJ5      13      NA     4      50     18     13      5 TGTGCGAGAGGCCGCAGCGGC…
10     81    0.00100 TGTGTGAGTCACCTCCTCGACA… CVSHLLDTSD… IGHV1-2   IGHD2-21, … IGHJ4,…     8      NA     3      40     20     14      6 TGTGTGAGTCACCTCCTCGAC…
# … with 32,734 more rows

$data$analysis.clonotypes.IGH_2
# A tibble: 32,744 x 15
   Clones Proportion CDR3.nt                 CDR3.aa     V.name    D.name      J.name  V.end D.start D.end J.start VJ.ins VD.ins DJ.ins Sequence
    <dbl>      <dbl> <chr>                   <chr>       <chr>     <chr>       <chr>   <int>   <int> <int>   <int>  <int>  <int>  <int> <chr>
 1    230    0.00284 TGTGTGAGACATAAACCTATGG… CVRHKPMVQG… IGHV4-39  IGHD3-10, … IGHJ6      12      NA     5      36      9      3      6 TGTGTGAGACATAAACCTATG…
 2    201    0.00248 TGTGCGATTTGGGATGTGGGAC… CAIWDVGLRH… IGHV4-34  IGHD2-21    IGHJ4,…     7      NA     5      29     10      7      3 TGTGCGATTTGGGATGTGGGA…
 3    179    0.00221 TGTGCGAGAGATCATGCGGGGT… CARDHAGFGK… IGHV1-69… IGHD3-10    IGHJ6      13      NA     4      40     18      5     13 TGTGCGAGAGATCATGCGGGG…
 4     99    0.00122 TGTGCGAGATGGGGATATTGTA… CARWGYCING… IGHV4-39  IGHD2-8     IGHJ6       9      NA     6      64     23      2     21 TGTGCGAGATGGGGATATTGT…
 5     97    0.00120 TGTGCGAGAGGCCCCACGAGCA… CARGPTSSEW… IGHV4-34  IGHD3-22, … IGHJ6      13      NA     6      52     26     24      2 TGTGCGAGAGGCCCCACGAGC…
 6     97    0.00120 TGTGCGCACCACTATACCAGCG… CAHHYTSDYY… IGHV2-5   IGHD1-26    IGHJ5       9      NA     2      39     19     NA     20 TGTGCGCACCACTATACCAGC…
 7     92    0.00114 TGTGCGAGAGGCCCTCCGTCGA… CARGPPSMGT… IGHV4-34  IGHD5-24, … IGHJ4      13      NA     3      38     11      6      5 TGTGCGAGAGGCCCTCCGTCG…
 8     84    0.00104 TGTGCGAGGTGGCTTGGGGAAG… CARWLGEDIR… IGHV4-39  IGHD3-16, … IGHJ4,…     8      NA     6      32     13      4      9 TGTGCGAGGTGGCTTGGGGAA…
 9     83    0.00103 TGTGCGAGAGGCCGCAGCGGCG… CARGRSGDPY… IGHV4-34  IGHD2-2, I… IGHJ5      13      NA     4      50     18     13      5 TGTGCGAGAGGCCGCAGCGGC…
10     81    0.00100 TGTGTGAGTCACCTCCTCGACA… CVSHLLDTSD… IGHV1-2   IGHD2-21, … IGHJ4,…     8      NA     3      40     20     14      6 TGTGTGAGTCACCTCCTCGAC…
# … with 32,734 more rows

$data$analysis.clonotypes.IGH_3
# A tibble: 32,744 x 15
   Clones Proportion CDR3.nt                 CDR3.aa     V.name    D.name      J.name  V.end D.start D.end J.start VJ.ins VD.ins DJ.ins Sequence
    <dbl>      <dbl> <chr>                   <chr>       <chr>     <chr>       <chr>   <int>   <int> <int>   <int>  <int>  <int>  <int> <chr>
 1    230    0.00284 TGTGTGAGACATAAACCTATGG… CVRHKPMVQG… IGHV4-39  IGHD3-10, … IGHJ6      12      NA     5      36      9      3      6 TGTGTGAGACATAAACCTATG…
 2    201    0.00248 TGTGCGATTTGGGATGTGGGAC… CAIWDVGLRH… IGHV4-34  IGHD2-21    IGHJ4,…     7      NA     5      29     10      7      3 TGTGCGATTTGGGATGTGGGA…
 3    179    0.00221 TGTGCGAGAGATCATGCGGGGT… CARDHAGFGK… IGHV1-69… IGHD3-10    IGHJ6      13      NA     4      40     18      5     13 TGTGCGAGAGATCATGCGGGG…
 4     99    0.00122 TGTGCGAGATGGGGATATTGTA… CARWGYCING… IGHV4-39  IGHD2-8     IGHJ6       9      NA     6      64     23      2     21 TGTGCGAGATGGGGATATTGT…
 5     97    0.00120 TGTGCGAGAGGCCCCACGAGCA… CARGPTSSEW… IGHV4-34  IGHD3-22, … IGHJ6      13      NA     6      52     26     24      2 TGTGCGAGAGGCCCCACGAGC…
 6     97    0.00120 TGTGCGCACCACTATACCAGCG… CAHHYTSDYY… IGHV2-5   IGHD1-26    IGHJ5       9      NA     2      39     19     NA     20 TGTGCGCACCACTATACCAGC…
 7     92    0.00114 TGTGCGAGAGGCCCTCCGTCGA… CARGPPSMGT… IGHV4-34  IGHD5-24, … IGHJ4      13      NA     3      38     11      6      5 TGTGCGAGAGGCCCTCCGTCG…
 8     84    0.00104 TGTGCGAGGTGGCTTGGGGAAG… CARWLGEDIR… IGHV4-39  IGHD3-16, … IGHJ4,…     8      NA     6      32     13      4      9 TGTGCGAGGTGGCTTGGGGAA…
 9     83    0.00103 TGTGCGAGAGGCCGCAGCGGCG… CARGRSGDPY… IGHV4-34  IGHD2-2, I… IGHJ5      13      NA     4      50     18     13      5 TGTGCGAGAGGCCGCAGCGGC…
10     81    0.00100 TGTGTGAGTCACCTCCTCGACA… CVSHLLDTSD… IGHV1-2   IGHD2-21, … IGHJ4,…     8      NA     3      40     20     14      6 TGTGTGAGTCACCTCCTCGAC…
# … with 32,734 more rows


$meta
# A tibble: 3 x 4
  Sample                    Sex     Age Status
  <chr>                     <chr> <dbl> <chr>
1 analysis.clonotypes.IGH_1 M         1 C
2 analysis.clonotypes.IGH_2 M         2 C
3 analysis.clonotypes.IGH_3 F         3 A

现在，数据已加载完成。按照此处的步骤操作，详细了解如何浏览数据集。

其他的还包括10x Genomics Data，Single-cell and paired chain data等这里不再赘述。

参考来源：Bioinformatics Analysis of T-Cell and B-Cell Immune Repertoires • immunarch

Qinglie_Zhang
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查看官方文档发现是因为local_infile这个变量默认是关闭的，set global local_infile = 1打开即可。（链接地址） local_infile系统变量用于控制服务器端的LOCAL功能。根据local_infile的设置，服务器会拒绝或允许请求本地数据加载的客户端加载本地数据。 然后再次执行load data local又出现了下面的错误 最后在Stack Overflow上找到了解决办法（链接地址）)： 登录的时候带上参数–local-infile=1 ...
MySQL上传本地数据：loading local data is disabled； this must be enabled on both the client and server sides
qq_44976861的博客
07-14 3191
MySQL上传本地数据报错loading local data is disabled; this must be enabled on both the client and server sides
ERROR 3948 (42000): Loading local data is disabled; this must be enabled on both the client and serv
qq_42664961的博客
04-03 1万+
CREATE TABLE pet (name VARCHAR(20), owner VARCHAR(20),species VARCHAR(20), sex CHAR(1), birth DATE, death DATE); LOAD DATA LOCAL INFILE 'C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\pet.txt' INTO TABLE pet LINE...
解决方法MySQL ERROR 3948 (42000): Loading local data is disabled； this must be enabled on both the
数据搬运工
12-01 1万+
MySQL执行LOAD DATA语句时报错 ERROR 3948 (42000): Loading local data is disabled; this must be enabled on both the client and server sides 解决方案 查看是否开启加载本地文件 show variables like 'local_infile'; 开启全局本地文件设置 set global set local_infile=on; 加载数据成功 load data local in
VUE打包上线后报错ChunkLoadError: Loading chunk chunk-* failed.
jeesr的博客
06-04 6663
使用vue2的一个框架vue-admin-beatiful，在编译时被我打断了，越是就出现了问题，再次打包报错： EPERM: operation not permitted, lstat ...... 删了打包目录dist再次打包没有报错，可是打包出来传到服务器上有问题，部分页面打不开console会报错： Uncaught SyntaxError: Unexpected token ';' ChunkLoadError: Loading chunk chunk-******* failed. 重新
数据仓库的构建及其多维数据集分析..doc
12-01
数据仓库的构建是指根据业务需求，通过数据 Integration、数据 Transformation和数据 Loading，建立一个面向分析的、集中的、主题化的数据仓库。它是企业级别的数据仓库解决方案，旨在提供一个统一的、可靠的、可...
Track Image Loading效果代码分析
10-30
Track Image Loading效果代码分析主要关注的是在网页中加载图片时如何确保图片加载成功或失败时的回调函数能够稳定执行。在原生JavaScript中，`Image`对象提供了`onload`和`onerror`事件来监听图片加载状态，但是...
PTC Windchill 数据加载参考和最佳实践指南 11.0 Data loading 中文版
05-01
《PTC Windchill 数据加载参考和最佳实践指南 11.0 Data loading 中文版》是一本详尽的指导手册，旨在帮助用户理解和优化在PTC Windchill 11.0环境中进行数据导入的过程。该指南由PTC公司发布，涵盖了数据加载的基本...
Loading MIMIC II data using windows, matlab and postgre SQL:Loading MIMIC II data using matlab and postgre SQL-matlab开发
05-30
% 如何使用 matlab 和 postgreSQL 在 windows 中加载模拟 II 数据% % 1. 为 windows 安装 postgreSQL， % 2. 创建名为 MIMIC2 的数据库； % 3....确保在Matlab代码中给定的“ currentPath”下提供“ Definitions”...
react-loading:用于加载动画的React组件
05-28
npm i react-loading 或者 yarn add react-loading 演示版 检查 加载类型 空白的 球 吧台 气泡 立方体 赛龙 旋转 气泡 辐条 例子 import React from 'react' ; import ReactLoading from 'react-loading' ; const...
Python电商网络数据采集实践||批量数据采集的API接口
电商数据Girl的博客
08-12 1001
在互联网时代，数据是无处不在的。Python生态系统中有大量的第三方库和工具，如Requests、BeautifulSoup、Scrapy等，用于处理网络数据采集的各个环节，能够满足不同需求的数据采集任务。Python的BeautifulSoup库具有强大的HTML解析功能，可以快速地从HTML中提取所需的数据。通过查看目标网站的HTML源代码，分析网页中所需的数据在HTML中的位置和特征。Python作为一种高级编程语言，具有简洁明了的语法和丰富的库，使得它在数据采集领域中具有独特的优势。
Python 绘图入门
qq_39889473的博客
08-08 699
ggplot是基于matplotlib并旨在以简单方式提高matplotlib可视化感染力的库，它采用叠加图层的形式绘制图形，例如先绘制坐标轴所在的图层，再绘制点所在的图层，最后绘制线所在的图层，但其并不适用于个性化定制图形。seaborn是基于matplotlib进行高级封装的可视化库，它支持交互式界面，使得绘制图表的功能变得愈加容易，且图表的色彩更具吸引力，可以画出丰富多样的统计图表。的过程，它可以简单地理解为将一个不易描述的事物形成一个可感知画面的过程，也就是从数据空间到图形空间的。
Python 数据可视化，怎么选出合适数据的图表
最新发布
qq_39889473的博客
08-12 853
掌握数据可视化的最佳实践有助于创建既美观又有效的图表。通过选择合适的图表类型，遵循简洁明了的设计原则，并避免常见错误，你可以显著提高数据可视化的质量。希望本文提供的建议和示例能帮助你在数据可视化的过程中做出更好的决策，提升图表的表现力和清晰度。如果你对数据可视化有更多的兴趣，欢迎持续关注我们的 Python 绘图专栏。1. 使用Matplotlib绘制柱状图2. 使用 Matplotlib 绘制折线图3. Python 绘图入门4. Python绘图入门：使用Matplotlib绘制饼状图。
科研绘图系列：Python语言箱线图
H20230717的博客
08-12 61
科研绘图系列：Python语言箱线图
mysql中报错该如何解决：Loading local data is disabled; this must be enabled on both the client and server sides
11-17
在MySQL中，当我们使用load data local infile命令导入数据时，可能会遇到“Loading local data is disabled; this must be enabled on both the client and server sides”这个错误。这是因为MySQL默认情况下禁用了客户端的load data local infile命令。为了解决这个问题，我们需要在客户端和服务器端都启用load data local infile命令。 解决方法如下： 1.在MySQL客户端连接MySQL服务器时，需要添加--local-infile选项，例如： ```shell mysql -u root -p --local-infile ``` 2.在MySQL服务器端，需要在my.cnf配置文件中添加以下两行： ```shell [mysqld] local-infile=1 ``` 3.重启MySQL服务器。 举个例子，如果我们要导入一个名为data.csv的文件到名为test的数据库中的名为table1的表中，我们可以使用以下命令： ```sql load data local infile 'data.csv' into table table1 fields terminated by ',' lines terminated by '\n';```
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