immunarch
Qinglie_Zhang
这个作者很懒,什么都没留下…
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immunarch包进行免疫组库分析:Loading MiXCR Data
MiXCR 是一款通用软件,用于从任何类型的测序数据中快速准确地提取 T 细胞和 B 细胞受体库。它可处理配对和单端读取,考虑序列质量,纠正PCR错误并识别种系超突变。该软件支持部分长度和全长分析,并采用所有可用的 RNA 或 DNA 信息,包括 V 基因片段上游和下游的序列。提取 T 细胞和 B 细胞受体库甚至可以从常规RNA-Seq中提取库数据成功分析全长抗体数据在此处查找有关 MiXCR 的更多信息准备 MiXCR 数据请按照此处的这些说明安装 MiXCR 并开始处理数据。原创 2024-08-16 15:53:27 · 490 阅读 · 0 评论 -
immunarch包进行免疫组库分析:数据加载
找到一个包含示例文件的文件夹(下载并解压缩test_data.zip或test_data.tar.gz),并使用它来测试数据加载。根据指定索引中的标签对数据框进行子集操作很简单。在其他情况下,可能需要提供元数据文件并在文件夹中找到它。如果有本地文件,则只需指定文件或包含文件的文件夹的路径。如果不熟悉文件路径,可以将模拟数据下载到工作目录中。您可以从单个文件、曲目文件路径列表或包含曲目文件的文件夹中加载数据。- 保存更改并将曲目数据以特定格式(VDJtools)写入文件。- 加载具有兼容格式的曲目。原创 2024-08-16 15:39:29 · 435 阅读 · 0 评论