Smith Water算法 实现字符串相似度匹配

最新推荐文章于 2024-03-14 16:53:47 发布
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分类专栏： 数据清洗 文章标签： 数据清洗 相似度测量 Smith Waterman算法
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本文链接：https://blog.csdn.net/Richard_pl/article/details/86909757
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本文介绍了Smith Waterman字符串相似度度量算法，该算法常用于基因序列匹配，也能解决数据清洗中的去重问题，特别是处理漏写和简写。文中详细阐述了算法的基本思想、伪代码及Python实现，包括得分矩阵的初始化、回溯过程，以及实际测试代码。
摘要由CSDN通过智能技术生成

Smith Waterman 字符串相似度度量算法

smith waterman 算法最初用于基因序列匹配中，用于检测基因序列之间的相似性




序：最近在做数据清洗，需要用到去重处理。想到Smith Waterman可以用于序列对的匹配，并且能处理漏写，简写的问题，所以将问题进行整理，以供参考。

相关定义

设要比对的两序列为 s t r 1 str_1 str1​ 和 s t r 2 str_2 str2​。
确定置换矩阵和空位罚分方法

  • S(str[i], str[j]) 表示组成序列的元素之间的相似性得分
  • W k W_k Wk​ 表示长度为k的空位罚分
  • H 是得分矩阵， H i j H_{ij} H
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