VCF文件通过bgzip和tabix的压缩和索引后转换为.gz后缀的压缩文件和.tbi后缀的索引文件

VCF（Variant Call Format）文件是一种常用于存储基因组变异数据的文件格式。

bgzip和tabix是两款常用的工具，分别用于压缩VCF文件和为其建立索引。

1.使用bgzip

首先是要下载bgzip，但bgzip通常与tabix一起作为samtools软件包的一部分提供。可以从samtools的官方网站或源代码仓库下载并安装。

虽然我下载了samtools，但我发现我这里没有bgzip和tabix，所以需要自行下载。

#下载bgzip
conda install bgzip

#下载tabix
conda install tabix

但是很奇怪，我数据下载下来，发现它已经进行压缩了，我以为是已经进行过bgzip压缩了，因为普通的gz压缩和bgzip压缩后缀都是.gz，所以会有错觉。因此我收到了一条报错信息。

果不其然，它是gzip压缩，所以解决办法是：

解压后，重新使用bgzip压缩。

#使用gunzip解压
gunzip ENCFF534YXW.vcf.gz

使用bgzip压缩：

bgzip ENCFF534YXW.vcf

2.使用tabix

然后使用tabix将.vcf.gz文件转换为.tbi后缀的索引文件：

tabix -p vcf ENCFF534YXW.vcf.gz