汇集六项大型数据集,设定多达五个研究目标,开发代谢组关联研究(MWAS)框架。
年龄相关性黄斑变性(AMD)是导致视力丧失的主要原因,但其潜在致病机制仍不清楚。为了探究代谢物与AMD之间的因果关系,作者进行了一项开创性研究,对六项多祖先和多液体数据进行了大规模综合遗传和代谢组学分析。文章的亮点包括:
1. 首次进行大规模代谢物全基因组关联研究,鉴定血浆和尿液中的mQTL;
2. 通过双样本MR分析揭示了与AMD相关的血浆代谢物;
3. 发现与AMD相关的代谢物富含脂质相关途径;
4. 系统性探索代谢物与AMD亚型及脂质生物标志物的联系。
这项研究不仅为AMD的致病机制提供了新见解,还为生信分析领域的小伙伴们提供了宝贵的学习资源。
今天要给大家分享的文章如下:↓
题目:Integrating genetics and metabolomics from multi-ethnic and multi-fluid data reveals putative mechanisms for age-related macular degeneration
杂志:Cell Reports Medicine
影响因子:IF=14.3
中科院分区:医学一区
发表时间:2023年7月
一、研究背景
年龄相关性黄斑变性(AMD)是50岁及以上成年人视力丧失的主要原因,全球患病率达8.7%。目前,AMD已被明确为一种复杂的疾病,涉及环境和遗传风险因素的组合。全基因组关联研究(GWAS)已识别出50多个与AMD风险相关的单核苷酸多态性(SNP),并且遗传学研究还发现了一些与AMD易感性相关的脂质和炎症生物标志物。然而,AMD的潜在致病机制仍然不清楚。
二、数据来源
六个大型数据集分别来自以下研究:护士健康研究(NHS)、NHSII、卫生专业人员随访研究(HPFS)、加拿大老龄化纵向研究(CLSA)、芬兰代谢物研究(男性代谢综合征 [METSIM])和西班牙社区健康研究/拉丁裔研究(HCHS/SOL),以及Schlosser等人的尿液代谢组数据。
1. 在NHS、NHSII和HPFS中,共有346种血浆代谢物的数据,来自6610名参与者。
2. CLSA中有1437种血浆代谢物的数据,来自9021名参与者。
3. METSIM中有1391种血浆代谢物的数据,来自6136名参与者。
4. HCHS/SOL中有640种血浆代谢物的数据,来自4926名参与者。
5. Schlosser等人的研究中,有1172种尿液代谢物的数据