单细胞测序YYDS！掌握‘单细胞测序+分子机制研究’的分析套路，发文像开挂一样

什么是单细胞测序

单细胞测序技术（single-cell sequencing）专注于对单个细胞的转录组、基因组、表观基因组和蛋白组进行高通量测序分析，能够揭示细胞之间的差异信息。与传统的混合测序（bulk sequencing）不同，后者针对的是整个组织或细胞团体，得到的是一个整体的平均值，无法反映细胞的异质性。

单细胞测序和传统测序的区别

单细胞测序的意义与重要性

以转录组为例，传统的转录组测序（Bulk RNA-seq）是通过提取组织、器官或一群细胞的混合RNA进行测序，这样得到的是一组细胞转录组的平均数据。例如，通过Bulk RNA-seq，我们可以发现肿瘤与癌旁组织之间，原癌基因和抑癌基因的表达量存在差异。然而，在肿瘤组织内部，不同位置的细胞——如肿块中心的细胞、肿块周围的细胞、淋巴转移灶的细胞以及远端转移的细胞——在基因组和转录组等遗传信息上是存在显著差异的。这些差异可能对癌细胞的侵袭、转移及耐药性演变起到关键作用，进而影响肿瘤对特定疗法的反应。

相比之下，单细胞转录组测序（Single-cell RNA-seq, scRNA-seq）则能够在单细胞水平上深入研究肿瘤的内部异质性、癌细胞的克隆发展与进化、早期癌症的侵袭、癌细胞的突变率与突变类型，以及追踪癌细胞的转移与扩散。此外，scRNA-seq还可以揭示肿瘤微环境的特征，帮助我们理解癌症治疗过程中癌细胞耐药性的演变。

肿瘤细胞异质性

单细胞测序的实现方法

单个细胞的主要分选方式：A. 有限稀释法；B. 流式细胞分选法；C. 激光切割法；D. 显微操作法

早期的解决方案是将单个细胞分离后进行低起始量的建库测序。单个细胞的分离方法包括有限稀释法、流式细胞分选法、激光显微切割法和显微操作法等。这些方法虽然能够获得单个细胞，但操作复杂、耗时较长、成本高昂且通量低，难以大规模推广。

那么，如何实现单细胞的高通量捕获呢？目前的主流思路是利用DNA标签（barcode）来进行单细胞识别。具体做法是为每个细胞分配一段独特的barcode序列，随后进行混合建库测序。在后期分析中，携带相同barcode序列的核酸分子会被视为来自同一个细胞。这种方法允许通过一次建库测量数百到上千个单细胞的信息，并有效区分它们。