SUMPLUSS的博客

转载 使用蚁群算法加邻域搜索算法解决带有起点和终点的TSP问题（python）

经典的TSP问题，是通过随机初始化蚂蚁的起始地点，然后设置每个城市都可以访问，访问完所有的城市那么结束循环，来形成回路的。带有起始点的TSP问题就是，初始化时蚂蚁的初始点只能是起点，并且如果没访问的城市还有两个或者以上那么就设置终点不可访问（当访问的城市只剩最后一个时候打开即可，我的程序中是设置open_table的布尔值）。所以带有起点和终点的TSP问题相对于经典的TSP问题使用蚁群算法进行求解的时候只用改两行代码即可，非常的简单。这个蚁群算法是使用op2优化（邻域搜索优化）的蚁群，基本上100个城

原创 两个在gff3文件处理中的命令

【代码】两个在gff3文件处理中的命令。

原创 使用FRP软件进行内网穿透的详细教程(全网最全！内含BUG解析)

配置frps.toml[common]配置frpc.toml[common][web]在浏览器中访问。

原创 新知 | 蜜蜂的表观遗传学研究进展近期文献总结

本研究为了探讨m6A修饰在蜜蜂中的功能，通过质谱检测和m6A-seq测序描述了蜂王和工蜂幼虫在三个龄期的m6A甲基化组，发现m6A甲基化水平能被差异喂食改变。值得注意的是，我们发现。该研究首次表明m6A甲基化在蜜蜂幼虫发育和等级分化中的重要作用，也为将来进一步深入理解昆虫等级分化的机理开辟了新的方向。本课题Cell Report文章由骆观正教授实验室博士生李言、北京大学的肖雨博士、中国农业科学院的王妙博士为论文共同第一作者，骆观正教授、贾桂芳教授、吴黎明教授和薛晓锋教授为共同通讯作者。

原创 fasta文件每条序列按照序列长短命名并排序，支持自定义字符串rename_length.sh.V2

用法： ./rename_fasta_with_rank.sh input.fasta output.fasta PREFIX_

原创 male.tra.seq

Protein:

原创 sequence.seq

Sgu08g08570.t1 gene=Sgu08g08570ATGAAAAGCCATTCTACGTTTTTCAATAAAACTCAACAAAAAGACCATGATAAAAGTTCTCACTACTCTGTATCAGAAGAAAAGAAAGGAGATGATCATGAATATCCAAGAGATCTGAATAAAGACCATAAGCATACAAAATCTCATTCAGATCTAGACTATCAATCTTATTTAACACGTAGAAGACGTGAGTGGCAAAAGGAGCAAGAACTACTTAGAA

原创 protein.seq

HLKNEE。

原创 计算序列之间的相似性矩阵

【代码】计算序列之间的相似性矩阵。

原创 protein and coding sequence

【代码】protein and coding sequence。

原创 全局GC含量计算

【代码】全局GC含量计算。

原创 计算fasta文件中每条seq的GC含量代码（shell）

【代码】计算fasta文件中每条seq的GC含量代码（shell）

原创 go注释！

【代码】go注释！

原创 配合busco训练Augustus

通过这些步骤，你可以使用BUSCO的结果来训练Augustus，从而提高基因预测的准确性。重要的是，在每个步骤中都要仔细检查输出和日志文件，确保训练过程没有出现错误。BUSCO完成后，它会在输出目录中生成一些结果文件，其中包括run_/augustus_output/retraining_parameters目录，里面包含用于重新训练的初始参数。首先，创建一个新的物种目录来存储新训练的参数。BUSCO会生成一些包含高质量单拷贝直系同源基因的信息文件，这些文件可以用来训练Augustus。

原创 hdrs处理脚本

【代码】hdrs处理脚本。

原创 合并featurecount产生的多个表达矩阵文件

【代码】合并featurecount产生的多个表达矩阵文件。

原创 getFaLen.pl

perlif ((!definedchomp;gene,_,2);eq;printOUTclose IN;close OUT;

原创 infernal-tblout2gff.pl

【代码】infernal-tblout2gff.pl。

原创 利用Python实现Smithwaterman算法

初始化矩阵。

原创 coverageV3.0.py

【代码】coverageV3.0.py。

原创 coverage 2.0.py

【代码】coverage 2.0.py。

原创 processdocument.py

【代码】processdocument.py。

原创 coverage.py (true!)

【代码】coverage.py (true!

原创 seqkit统计序列长度

【代码】seqkit统计序列长度。

原创 python按列读取文件（不使用第三方库）

【代码】python按列读取文件（不使用第三方库）

原创 crossover2.py

【代码】crossover2.py。

原创 crossover.py

【代码】crossover.py。

原创 解压命令！

在 Linux 和 macOS 系统中，你可以直接使用gzip工具进行解压缩.gz文件。这个命令将会将压缩文件解压缩，并且移除.gz文件。

原创 python解决序列重叠问题

注：如果你需要去重的格式不为blast tabular，简单的利用一些工具如awk/sed/perl/python/shell各种改变格式就好，只需要第二列的id，第九列的序列起始，第十列的序列结束，第十二列的得分有意义，作为排序用到的字段，其余字段都可缺省。对HSP区域的延伸要考虑基因的长度以及目标基因组scafflod or chromosome长度，不是一件容易的事情。去重叠的原理在于先排序，然后判断前一区间的末尾是否小于后一区间开始，若为假则重叠，根据长度/得分来判断删除前一区间还是后一区间。

原创 SourceCode.py

【代码】SourceCode.py。

原创 Python 中可以用来生成 SVG 图的库

cairosvg: CairoSVG 是一个用于将 SVG 图形渲染为其他格式（如 PNG、PDF）的库，但它也可以用来将 SVG 图形渲染为 SVG 格式。通过调用 savefig() 函数并将文件名设置为以 .svg 结尾的文件，您可以保存 Matplotlib 图形为 SVG 格式。通过调用 output_file() 函数并将文件名设置为以 .svg 结尾的文件，您可以将 Bokeh 图形保存为 SVG 格式。plotly: Plotly 是一个交互式图表库，可以生成各种类型的图形，包括 SVG。

原创 linux让前台正在执行的命令转入后台并nohup的方法

This process is the equivalent of running nohup SOMECOMMAND

原创 Python实现蚁群算法(样例）

【代码】Python实现蚁群算法(样例）

原创 用python实现隐马尔科夫（HMM）

【代码】用python实现隐马尔科夫（HMM）

原创 Ruger_etal_2020

【代码】Ruger_etal_2020。

原创 Linux返回上级目录命令

dbh^0.62;1 ha1cm。

原创 Linux返回上级目录命令

原创 生命科学前沿作业答案1

结果显示，SguaOBP12与多种化合物（如longifolene、β-caryophyllene、α-pinene、β-pinene、myrcene、butylated hydroxytoluene和3-carene）有较高的结合亲和力。研究者首次从S. guani的触角转录组和基因组数据中鉴定出了14种OBP基因。分子生物学实验（如实时定量PCR，即RT-qPCR）被用来测试这14种OBPs的表达情况，结果显示SguaOBP2、5、6、11、12和13在雌性触角中的表达水平特别高。

原创 有关完全图限制起点和终点的算法理（Python版本）

我用#CSDN#这个app发现了有技术含量的博客，小伙伴们求同去《python 无向图最短路径之Dijkstra算法》, https://blog.csdn.net/WYXHAHAHA123/article/details/89678253?utm_source=app&app_version=5.3.1

原创 对于蚁群算法限制的修改（存在错误）

import math import randomimport matplotlibimport matplotlib.pyplot as pltimport numpy as npmatplotlib.rcParams['font.family'] = 'STSong'empty = []city_name = []city_condition = []with open('data3.txt','r',encoding='UTF-8') as f: lines = f.re