- 博客(131)
- 资源 (14)
- 收藏
- 关注
RSS订阅
转载 使用蚁群算法加邻域搜索算法解决带有起点和终点的TSP问题（python）
经典的TSP问题，是通过随机初始化蚂蚁的起始地点，然后设置每个城市都可以访问，访问完所有的城市那么结束循环，来形成回路的。带有起始点的TSP问题就是，初始化时蚂蚁的初始点只能是起点，并且如果没访问的城市还有两个或者以上那么就设置终点不可访问（当访问的城市只剩最后一个时候打开即可，我的程序中是设置open_table的布尔值）。所以带有起点和终点的TSP问题相对于经典的TSP问题使用蚁群算法进行求解的时候只用改两行代码即可，非常的简单。这个蚁群算法是使用op2优化（邻域搜索优化）的蚁群，基本上100个城
2021-06-06 10:46:48
2471
原创 LTRharvest使用教程（中文首发）
LTRharvest是一个检测和提取长末端重复序列（LTR，Long Terminal Repeat）逆转录病毒的工具，通常用于基因组序列分析，特别是在植物和动物基因组中鉴定LTR逆转录转座子。它是基于软件包的一个模块。以下是使用LTRharvest。
2024-09-06 17:38:58
556
原创 使用FRP软件进行内网穿透的详细教程(全网最全！内含BUG解析)
配置frps.toml[common]配置frpc.toml[common][web]在浏览器中访问。
2024-08-30 20:27:48
2406
原创 新知 | 蜜蜂的表观遗传学研究进展近期文献总结
本研究为了探讨m6A修饰在蜜蜂中的功能，通过质谱检测和m6A-seq测序描述了蜂王和工蜂幼虫在三个龄期的m6A甲基化组，发现m6A甲基化水平能被差异喂食改变。值得注意的是，我们发现。该研究首次表明m6A甲基化在蜜蜂幼虫发育和等级分化中的重要作用，也为将来进一步深入理解昆虫等级分化的机理开辟了新的方向。本课题Cell Report文章由骆观正教授实验室博士生李言、北京大学的肖雨博士、中国农业科学院的王妙博士为论文共同第一作者，骆观正教授、贾桂芳教授、吴黎明教授和薛晓锋教授为共同通讯作者。
2024-08-20 22:50:24
597
原创 fasta文件每条序列按照序列长短命名并排序，支持自定义字符串rename_length.sh.V2
用法： ./rename_fasta_with_rank.sh input.fasta output.fasta PREFIX_
2024-07-28 15:25:59
141
原创 sequence.seq
Sgu08g08570.t1 gene=Sgu08g08570ATGAAAAGCCATTCTACGTTTTTCAATAAAACTCAACAAAAAGACCATGATAAAAGTTCTCACTACTCTGTATCAGAAGAAAAGAAAGGAGATGATCATGAATATCCAAGAGATCTGAATAAAGACCATAAGCATACAAAATCTCATTCAGATCTAGACTATCAATCTTATTTAACACGTAGAAGACGTGAGTGGCAAAAGGAGCAAGAACTACTTAGAA
2024-07-24 16:56:53
264
1原创 配合busco训练Augustus
通过这些步骤，你可以使用BUSCO的结果来训练Augustus，从而提高基因预测的准确性。重要的是，在每个步骤中都要仔细检查输出和日志文件，确保训练过程没有出现错误。BUSCO完成后，它会在输出目录中生成一些结果文件，其中包括run_/augustus_output/retraining_parameters目录，里面包含用于重新训练的初始参数。首先，创建一个新的物种目录来存储新训练的参数。BUSCO会生成一些包含高质量单拷贝直系同源基因的信息文件，这些文件可以用来训练Augustus。
2024-06-01 22:26:29
452
原创 getFaLen.pl
perlif ((!definedchomp;gene,_,2);eq;printOUTclose IN;close OUT;
2024-05-21 00:33:05
197
原创 解压命令！
在 Linux 和 macOS 系统中，你可以直接使用gzip工具进行解压缩.gz文件。这个命令将会将压缩文件解压缩，并且移除.gz文件。
2024-04-01 17:21:29
133
原创 python解决序列重叠问题
注：如果你需要去重的格式不为blast tabular，简单的利用一些工具如awk/sed/perl/python/shell各种改变格式就好，只需要第二列的id，第九列的序列起始，第十列的序列结束，第十二列的得分有意义，作为排序用到的字段，其余字段都可缺省。对HSP区域的延伸要考虑基因的长度以及目标基因组scafflod or chromosome长度，不是一件容易的事情。去重叠的原理在于先排序，然后判断前一区间的末尾是否小于后一区间开始，若为假则重叠，根据长度/得分来判断删除前一区间还是后一区间。
2024-03-28 15:19:22
606
原创 Python 中可以用来生成 SVG 图的库
cairosvg: CairoSVG 是一个用于将 SVG 图形渲染为其他格式（如 PNG、PDF）的库，但它也可以用来将 SVG 图形渲染为 SVG 格式。通过调用 savefig() 函数并将文件名设置为以 .svg 结尾的文件，您可以保存 Matplotlib 图形为 SVG 格式。通过调用 output_file() 函数并将文件名设置为以 .svg 结尾的文件，您可以将 Bokeh 图形保存为 SVG 格式。plotly: Plotly 是一个交互式图表库，可以生成各种类型的图形，包括 SVG。
2024-03-20 19:53:12
630
原创 linux让前台正在执行的命令转入后台并nohup的方法
This process is the equivalent of running nohup SOMECOMMAND
2024-03-13 16:53:12
343
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人