rename_fasta_ids.sh

#!/bin/bash

# 文件1（FASTA 文件名列表）
fasta_file_list="fasta_file_list.txt"
# 文件2（新 ID 列表）
id_list="id_list.txt"

# 读取文件1和文件2的行并逐一处理
while IFS= read -r fasta_file && IFS= read -r new_id <&3; do
    if [[ -f "$fasta_file" ]]; then
        echo "Processing $fasta_file to rename IDs to $new_id"

        # 创建一个临时文件用于存储修改后的内容
        temp_file=$(mktemp)

        # 处理 FASTA 文件并修改 ID
        while IFS= read -r line; do
            if [[ $line == \>* ]]; then
                # 使用正则表达式替换 '>' 后的字母部分为新的 ID，保留数字和 '.' 后的内容
                new_line=$(echo "$line" | sed -E "s/^>[^0-9]*([0-9]+.*)$/>${new_id}\1/")
                echo "$new_line" >> "$temp_file"
            else
                echo "$line" >> "$temp_file"
            fi
        done < "$fasta_file"

        # 用修改后的内容替换原文件
        mv "$temp_file" "$fasta_file"
    else
        echo "File $fasta_file does not exist"
    fi
done < "$fasta_file_list" 3< "$id_list"