我装amber遇到的那些坑

如题，笔者用的是Windows系统，纯小白，所以这里写的问题有大有小，希望能给同样小白的其他人指一些路，也欢迎各路大手子不吝赐教

1、amber一般两年一更新，最新版是22版，本着买新不买旧的原则，首先试图从官网（The Amber Molecular Dynamics Package）下载原版，正版分为ambertools22和amber22，前者免费，后者据说非发达国家也可以免费，但反正我们实验室不是专业做这个的，所以还是选择了ambertools22，正常填写一下信息，就可以download了

然而，大坑1来了：这个链接慢且非常不稳定，我下载十次九次都会从中间断掉，而且断掉后不能继续下载！！只能从头开始

坑1回填：后续发现是校园网的锅，换手机热点后好了很多，另外早上比晚上下载速度要快很多，压缩包的文件大小是494MB，和官网的520不一样，但是md5sum是可以对上的

后来阅读网站说明，发现其实可以跳过amber本体下载，amber本身是一个基于lunix系统的软件，新版Windows可以使用anaconda直接安装

然后，大坑2来了： 

笔者先后试过重装，更新等手段，也增加了阿里云或其他镜像，可惜都没效果，之后如果发现解决办法再来更新

坑2回填：未找到解决办法，基本放弃了，期待大佬解答

大坑3：既然简单的方法走不通，我也试了用lunix直接安装，但是前面提到了官网软件包很难下载，唯一成功的一次还因为我压缩软件的设置原因，把本体给删掉了，所以现在还是卡在了cmake编译阶段，同样之后如果解决再来更新

坑3进展：按教程安装后，现在卡在18%安装进度上，显示报错：

[ 18%] Linking C shared library libnetcdf.so
/usr/bin/ld: cannot find -lZLIB_LIBRARY-NOTFOUND
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [AmberTools/src/netcdf-4.6.1/liblib/CMakeFiles/netcdf.dir/build.make:186: AmberTools/src/netcdf-4.6.1/liblib/libnetcdf.so.13] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:3709: AmberTools/src/netcdf-4.6.1/liblib/CMakeFiles/netcdf.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:156: all] Error 2

解决方法：（官网）

apt -y install tcsh make \
               gcc gfortran \
               flex bison patch \
               bc xorg-dev libbz2-dev wget

有其他问题可以去官网的tutorials和maillist上检索

小结：anaconda安装仍然没走通，从官网下载文件包（22版tools是494mb，我在社区上传了一份）后通过lunix虚拟机可以安装成功，安装前仔细阅读官网说明（小白看manual太吃力了），其他问题从官网maillist上基本都能找到答案