【Amber 安装教程】入坑Amber须知 Amber vs. AmberTools 区别 AmberTools 能做什么 AmberTools 核心功能 新手安装Amber 以及AmberTools

引言

在分子对接研究中,我们通常使用GROMACS进行分子动力学模拟,但GROMACS默认不会识别配体(小分子药物)的力场参数。因此,为了正确模拟受体-配体相互作用,我们需要手动生成配体的拓扑文件,并引入适用于GROMACS的力场参数。

AmberTools和acpype是常用的工具,可以将Amber力场应用于小分子,并转换为GROMACS兼容的拓扑文件。因此,正确安装和配置AmberTools与acpype是至关重要的。本文将详细介绍它们的安装步骤及相关注意事项。

一、关于国内安装Ambertools的说法和安装手段

这里先申明,Amber 官网能下载到的只有Linux系统的源码,没有Windows系统可以使用的XXX.exe的安装文件;官网也明确给出对于Windows的安装推荐使用WSL2 子系统 作为载体的方式进行安装。

载体的概念:Windows系统想要安装Linux系统的软件,那么就需要安装对应的载体来承载Linux系统,进一步来安装对应的某软件。对于载体之间有不同的功效安装出来性能之间的差异,我们可以看这篇有关Gromacs的文章,文章中下部分有介绍:(windows载体通常为:虚拟机VM、WSL2 子系统、双系统)

(1)如何区分Amber 和 AmberTools ,看功能不看名称

Amber是一套生物分子模拟程序。它始于 20 世纪 70 年代末,由一个活跃的开发社区维护;

Amber 分为两个部分: AmberTools24和 Amber24

(24是目前官网最新的版本以前更通用22的版本)

1.1  AmberTools主要常用的核心功能模块:

工具作用用途
tleap生成 Amber 拓扑 (.top)、溶剂化力场加载、离子添加
antechamber处理小分子,生成 GAFF小分子参数化
parmchk2检查 Amber 力场参数生成 .frcmod 文件
cpptraj轨迹分析(RMSD, 氢键等)分子动力学数据分析
sanderCPU 版 MD 模拟分子动力学
MMPBSA.py计算 MM/PBSA 自由能配体结合自由能
pbsa计算 PB 极化自由能极化自由能分析
ambpdb.rst7 转 PDB结构文件转换

所以重点就来了,只装了AmberTools的朋友,你是没有pmemd模块的,它属于完整的Amber 安装出来的模块。  

1.2  Amber 核心功能模块:

模块主要功能命令包含于
pmemd高效分子动力学模拟(CPU & GPU)

pmemd, pmemd.MPI,pmemd.cuda
 

分别对应普通版AmberMPI并行版AmberGPU加速版Amber

完整 Amber
sander传统 Amber MD 计算(比 pmemd 慢)sanderAmberTools & Amber
cpptraj轨迹分析工具cpptrajAmberTools & Amber
tleap/xleap力场加载、构建体系、添加水和离子tleap, xleapAmberTools & Amber

Amber24 软件包在 AmberTools24 基础上添加了pmemd 程序,该程序类似于AmberTools 中的sander(分子动力学)代码,但在多个 CPU 上提供了(更)更好的性能,并在 GPU 上显著提高了速度。

所以重点来了:

AmberTools系列 是免费的

Amber 系列 ,是商用的,需要去官网购买许可证的。

所以下面是AmberTools的第一种安装手段,Conda的安装方式,只能安装开源的(免费的)。

(2)目前主流的安装手段:

1. 1  通过Conda (Minconda3)进行安装AmberTools这个开源免费的工具;

官网给出:

这种方法可行,但是因为地区的限制,官网给出的方法小白照着弄的报错率高达90%

1.2  通过访问官网https://ambermd.org/ 来访问,从而获取官网提供的安装包;

这种方式可以获得AmberTools 22 | 24 | 25 以及 Amber 完整版的 Linux 源码安装包;

缺点是:这是人家国外平台,官网服务器位于:美国佐治亚州亚特兰大  所以正常国内可能是访问不了的,需要一些 Magic 来实现访问;

(3)如何选择 安装方式

Amber 和 AmberTools 是两个东西,怎么选择根据自身科研的目的来选。根据功能来选,他们二者的核心功能在上方的表中。

1.1  用于前处理 & 轨迹分析

可以通过 Miniconda 安装 AmberTools

1.2  真正运行分子动力学模拟(如 pmemd

必须安装 完整 Amber

1.3  Amber 和 AmberTools 都可以通过Linux源码编译的方式来安装,这样可以动态配置参数。

动态配置参数目的在于可以自定义要安装的是 普通版的Amber 完整版 MPI并行版本的Amber完整版  、 GPU加速的 Amber完整版;

一般GPU加速版的是需要Nvidia的显卡的,AMD的能安装但是安装难度会更大。

选择源码编译需要注意:

Windows 需要安装载体 才能安装Linux的东西;

Mac 是通过XCode或者 XQuartz 来操作的;

Linux 本身的服务器或机子 可直接安装;

二、 Amber 的力场

(1)推荐的力场

推荐的选择可以很好地协同工作,并且已经经过了相当广泛的测试。使用其他组合需要对力场的性质和起源有更深入的了解。建议力场如下:

Molecule/Ion TypeForce Field
proteinff19SB
DNAOL21
RNAOL3
carbohydratesGLYCAM_06j
lipidslipids21
organic molecules (usually ligands)gaff2
ions•should be matched to water model; see force fields for ions for further discussion
water model•should be matched to atomic ions; common water models include tip3p, spc/e, tip4pew, and OPC

(2)主要的蛋白质力场

ff19SB(推荐)
  • ff19SB 力场是 最新的蛋白质力场。新的 ff19SB 力场已证明可以改善氨基酸依赖性特性(例如螺旋倾向),并使用氨基酸特异性 CMAPS重现氨基酸特异性 Ramachandram 图的差异。ff19SB

    力场包含氨基酸特异性骨架参数。ff19SB 与更精确的OPC 水模型最佳配对。注意:这比 ff14SBonlysc/OPC3 和 ff14SB/TIP3P 组合增加了 33% 的计算时间,但预计会更准确。

ff14SBonlysc

  • ff14SBonlysc力场中,侧链二面角参数与每种氨基酸的量子力学数据拟合。ff14SBonlysc 与 ff14SB 是相同的模型,但没有针对 TIP3P 的经验主链校正。

    对于隐式溶剂(igb=8)中的模拟,ff14SBonlysc 是最好的。

    如果你想要一个三点水模型来最小化计算成本,这是一个不错的选择

ff14SB

  • ff14SB 力场 旨在 与TIP3P 水模型配合使用。主干参数基于丙氨酸和甘氨酸,包括对主干参数的 TIP3P 特定校正。

(3)主要的核酸力场

DNA-OL15

  • 建议使用OL15 参数来模拟 DNA。完整解释可在此处找到,其中包括与 TIP3P 和 OPC 水模型的结果比较。

RNA-OL3

建议使用 OL3参数来模拟 RNA。

    RNA - OL3 与 Steinbrecher 和 Case 磷酸盐氧

    事实证明,OL3参数集与Steinbrecher 和 Case磷酸盐氧范德华半径相结合,与 OPC 水模型结合使用效果最佳,可以模拟 RNA。leaprc.RNA.LJbb 文件将加载此组合。

    其余更多的力场,我们下期在一一介绍......  

    如需要传授安装经验,可在下方相关资料中文章的最下方与我取得联系.....

    相关资料 :

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