引言
在分子对接研究中,我们通常使用GROMACS进行分子动力学模拟,但GROMACS默认不会识别配体(小分子药物)的力场参数。因此,为了正确模拟受体-配体相互作用,我们需要手动生成配体的拓扑文件,并引入适用于GROMACS的力场参数。
AmberTools和acpype是常用的工具,可以将Amber力场应用于小分子,并转换为GROMACS兼容的拓扑文件。因此,正确安装和配置AmberTools与acpype是至关重要的。本文将详细介绍它们的安装步骤及相关注意事项。
一、关于国内安装Ambertools的说法和安装手段
这里先申明,Amber 官网能下载到的只有Linux系统的源码,没有Windows系统可以使用的XXX.exe的安装文件;官网也明确给出对于Windows的安装推荐使用WSL2 子系统 作为载体的方式进行安装。
载体的概念:Windows系统想要安装Linux系统的软件,那么就需要安装对应的载体来承载Linux系统,进一步来安装对应的某软件。对于载体之间有不同的功效安装出来性能之间的差异,我们可以看这篇有关Gromacs的文章,文章中下部分有介绍:(windows载体通常为:虚拟机VM、WSL2 子系统、双系统)
(1)如何区分Amber 和 AmberTools ,看功能不看名称
Amber是一套生物分子模拟程序。它始于 20 世纪 70 年代末,由一个活跃的开发社区维护;
Amber 分为两个部分: AmberTools24和 Amber24。
(24是目前官网最新的版本以前更通用22的版本)
1.1 AmberTools主要常用的核心功能模块:
工具 | 作用 | 用途 |
---|
tleap | 生成 Amber 拓扑 (.top )、溶剂化 | 力场加载、离子添加 |
antechamber | 处理小分子,生成 GAFF | 小分子参数化 |
parmchk2 | 检查 Amber 力场参数 | 生成 .frcmod 文件 |
cpptraj | 轨迹分析(RMSD, 氢键等) | 分子动力学数据分析 |
sander | CPU 版 MD 模拟 | 分子动力学 |
MMPBSA.py | 计算 MM/PBSA 自由能 | 配体结合自由能 |
pbsa | 计算 PB 极化自由能 | 极化自由能分析 |
ambpdb | .rst7 转 PDB | 结构文件转换 |
所以重点就来了,只装了AmberTools的朋友,你是没有pmemd模块的,它属于完整的Amber 安装出来的模块。
1.2 Amber 核心功能模块: 。
模块 | 主要功能 | 命令 | 包含于 |
---|
pmemd | 高效分子动力学模拟(CPU & GPU) |
| 完整 Amber |
sander | 传统 Amber MD 计算(比 pmemd 慢) | sander | AmberTools & Amber |
cpptraj | 轨迹分析工具 | cpptraj | AmberTools & Amber |
tleap/xleap | 力场加载、构建体系、添加水和离子 | tleap , xleap | AmberTools & Amber |
Amber24 软件包在 AmberTools24 基础上添加了pmemd 程序,该程序类似于AmberTools 中的sander(分子动力学)代码,但在多个 CPU 上提供了(更)更好的性能,并在 GPU 上显著提高了速度。
所以重点来了:
AmberTools系列 是免费的
Amber 系列 ,是商用的,需要去官网购买许可证的。
所以下面是AmberTools的第一种安装手段,Conda的安装方式,只能安装开源的(免费的)。
(2)目前主流的安装手段:
1. 1 通过Conda (Minconda3)进行安装AmberTools这个开源免费的工具;
官网给出:
这种方法可行,但是因为地区的限制,官网给出的方法小白照着弄的报错率高达90%
1.2 通过访问官网https://ambermd.org/ 来访问,从而获取官网提供的安装包;
这种方式可以获得AmberTools 22 | 24 | 25 以及 Amber 完整版的 Linux 源码安装包;
缺点是:这是人家国外平台,官网服务器位于:美国佐治亚州亚特兰大 所以正常国内可能是访问不了的,需要一些 Magic 来实现访问;
(3)如何选择 安装方式
Amber 和 AmberTools 是两个东西,怎么选择根据自身科研的目的来选。根据功能来选,他们二者的核心功能在上方的表中。
1.1 用于前处理 & 轨迹分析
可以通过 Miniconda 安装 AmberTools
1.2 真正运行分子动力学模拟(如 pmemd
)
必须安装 完整 Amber
1.3 Amber 和 AmberTools 都可以通过Linux源码编译的方式来安装,这样可以动态配置参数。
动态配置参数目的在于:可以自定义要安装的是 普通版的Amber 完整版 、 MPI并行版本的Amber完整版 、 GPU加速的 Amber完整版;
一般GPU加速版的是需要Nvidia的显卡的,AMD的能安装但是安装难度会更大。
选择源码编译需要注意:
Windows 需要安装载体 才能安装Linux的东西;
Mac 是通过XCode或者 XQuartz 来操作的;
Linux 本身的服务器或机子 可直接安装;
二、 Amber 的力场
(1)推荐的力场
推荐的选择可以很好地协同工作,并且已经经过了相当广泛的测试。使用其他组合需要对力场的性质和起源有更深入的了解。建议力场如下:
Molecule/Ion Type | Force Field |
---|---|
protein | ff19SB |
DNA | OL21 |
RNA | OL3 |
carbohydrates | GLYCAM_06j |
lipids | lipids21 |
organic molecules (usually ligands) | gaff2 |
ions | •should be matched to water model; see force fields for ions for further discussion |
water model | •should be matched to atomic ions; common water models include tip3p, spc/e, tip4pew, and OPC |
(2)主要的蛋白质力场
ff19SB(推荐)
- ff19SB 力场是 最新的蛋白质力场。新的 ff19SB 力场已证明可以改善氨基酸依赖性特性(例如螺旋倾向),并使用氨基酸特异性 CMAPS重现氨基酸特异性 Ramachandram 图的差异。ff19SB
力场包含氨基酸特异性骨架参数。ff19SB 与更精确的OPC 水模型最佳配对。注意:这比 ff14SBonlysc/OPC3 和 ff14SB/TIP3P 组合增加了 33% 的计算时间,但预计会更准确。
ff14SBonlysc
- 在ff14SBonlysc力场中,侧链二面角参数与每种氨基酸的量子力学数据拟合。ff14SBonlysc 与 ff14SB 是相同的模型,但没有针对 TIP3P 的经验主链校正。
对于隐式溶剂(igb=8)中的模拟,ff14SBonlysc 是最好的。
如果你想要一个三点水模型来最小化计算成本,这是一个不错的选择
ff14SB
- ff14SB 力场 旨在 与TIP3P 水模型配合使用。主干参数基于丙氨酸和甘氨酸,包括对主干参数的 TIP3P 特定校正。
(3)主要的核酸力场
DNA-OL15
RNA-OL3
建议使用 OL3参数来模拟 RNA。
RNA - OL3 与 Steinbrecher 和 Case 磷酸盐氧
事实证明,OL3参数集与Steinbrecher 和 Case磷酸盐氧范德华半径相结合,与 OPC 水模型结合使用效果最佳,可以模拟 RNA。leaprc.RNA.LJbb
文件将加载此组合。
其余更多的力场,我们下期在一一介绍......
如需要传授安装经验,可在下方相关资料中文章的最下方与我取得联系.....
相关资料 :
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