【Amber 安装教程】入坑Amber须知 Amber vs. AmberTools 区别 AmberTools 能做什么 AmberTools 核心功能新手安装Amber 以及AmberTools

小德乐乐

已于 2025-05-08 12:07:53 修改

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分类专栏： Amber 膜蛋白分子动力学模拟文章标签： Amber AmberTools 分子动力学

于 2025-02-20 22:09:06 首次发布

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引言

在分子对接研究中，我们通常使用GROMACS进行分子动力学模拟，但GROMACS默认不会识别配体（小分子药物）的力场参数。因此，为了正确模拟受体-配体相互作用，我们需要手动生成配体的拓扑文件，并引入适用于GROMACS的力场参数。

AmberTools和acpype是常用的工具，可以将Amber力场应用于小分子，并转换为GROMACS兼容的拓扑文件。因此，正确安装和配置AmberTools与acpype是至关重要的。本文将详细介绍它们的安装步骤及相关注意事项。

一、关于国内安装Ambertools的说法和安装手段

这里先申明，Amber 官网能下载到的只有Linux系统的源码，没有Windows系统可以使用的XXX.exe的安装文件；官网也明确给出对于Windows的安装推荐使用WSL2 子系统 作为载体的方式进行安装。

载体的概念：Windows系统想要安装Linux系统的软件，那么就需要安装对应的载体来承载Linux系统，进一步来安装对应的某软件。对于载体之间有不同的功效安装出来性能之间的差异，我们可以看这篇有关Gromacs的文章，文章中下部分有介绍：（windows载体通常为：虚拟机VM、WSL2 子系统、双系统）

（1）如何区分Amber 和 AmberTools ，看功能不看名称

Amber是一套生物分子模拟程序。它始于 20 世纪 70 年代末，由一个活跃的开发社区维护；

Amber 分为两个部分： AmberTools25和 Amber24。

（25是目前官网最新的版本以前更通用22的版本）

1.1 AmberTools主要常用的核心功能模块：

工具	作用	用途

tleap 生成 Amber 拓扑 (.top)、溶剂化力场加载、离子添加

antechamber

处理小分子，生成 GAFF

小分子参数化

parmchk2 检查 Amber 力场参数生成 .frcmod 文件

cpptraj

轨迹分析（RMSD, 氢键等）

分子动力学数据分析

sander

CPU 版 MD 模拟

分子动力学

MMPBSA.py

计算 MM/PBSA 自由能

配体结合自由能

pbsa

计算 PB 极化自由能

极化自由能分析

ambpdb .rst7 转 PDB 结构文件转换

所以重点就来了，只装了AmberTools的朋友，你是没有pmemd模块的，它属于完整的Amber 安装出来的模块。

1.2 Amber 核心功能模块：。

模块	主要功能	命令	包含于

pmemd

高效分子动力学模拟（CPU & GPU）

pmemd, pmemd.MPI,pmemd.cuda

分别对应普通版Amber、MPI并行版Amber、GPU加速版Amber

完整 Amber

sander 传统 Amber MD 计算（比 pmemd 慢） sander AmberTools & Amber

cpptraj 轨迹分析工具 cpptraj AmberTools & Amber

tleap/xleap 力场加载、构建体系、添加水和离子 tleap, xleap AmberTools & Amber

Amber24 软件包在 AmberTools24 基础上添加了pmemd 程序，该程序类似于AmberTools 中的sander（分子动力学）代码，但在多个 CPU 上提供了（更）更好的性能，并在 GPU 上显著提高了速度。

所以重点来了：

AmberTools系列是免费的

Amber 系列，是商用的，需要去官网购买许可证的。

所以下面是AmberTools的第一种安装手段，Conda的安装方式，只能安装开源的（免费的）。

（2）目前主流的安装手段：

1. 1 通过Conda （Minconda3）进行安装AmberTools这个开源免费的工具；

官网给出：

这种方法可行，但是因为地区的限制，官网给出的方法小白照着弄的报错率高达90%

1.2 通过访问官网https://ambermd.org/ 来访问，从而获取官网提供的安装包；

这种方式可以获得AmberTools 22 | 24 | 25 以及 Amber 完整版的 Linux 源码安装包；

缺点是：这是人家国外平台，官网服务器位于：美国佐治亚州亚特兰大所以正常国内可能是访问不了的，需要一些 Magic 来实现访问；

（3）如何选择安装方式

Amber 和 AmberTools 是两个东西，怎么选择根据自身科研的目的来选。根据功能来选，他们二者的核心功能在上方的表中。

1.1 用于前处理 & 轨迹分析

可以通过 Miniconda 安装 AmberTools

1.2 真正运行分子动力学模拟（如 `pmemd`）

必须安装 完整 Amber

1.3 Amber 和 AmberTools 都可以通过Linux源码编译的方式来安装，这样可以动态配置参数。

动态配置参数目的在于：可以自定义要安装的是 普通版的Amber 完整版 、 MPI并行版本的Amber完整版 、 GPU加速的 Amber完整版；

一般GPU加速版的是需要Nvidia的显卡的，AMD的能安装但是安装难度会更大。

选择源码编译需要注意：

Windows 需要安装载体才能安装Linux的东西；

Mac 是通过XCode或者 XQuartz 来操作的；

Linux 本身的服务器或机子可直接安装；

二、 Amber 的力场

（1）推荐的力场

推荐的选择可以很好地协同工作，并且已经经过了相当广泛的测试。使用其他组合需要对力场的性质和起源有更深入的了解。建议力场如下：

Molecule/Ion Type	Force Field
protein	ff19SB
DNA	OL21
RNA	OL3
carbohydrates	GLYCAM_06j
lipids	lipids21
organic molecules (usually ligands)	gaff2
ions	•should be matched to water model; see force fields for ions for further discussion
water model	•should be matched to atomic ions; common water models include tip3p, spc/e, tip4pew, and OPC

（2）主要的蛋白质力场

ff19SB（推荐）

ff19SB 力场是最新的蛋白质力场。新的 ff19SB 力场已证明可以改善氨基酸依赖性特性（例如螺旋倾向），并使用氨基酸特异性 CMAPS重现氨基酸特异性 Ramachandram 图的差异。ff19SB

力场包含氨基酸特异性骨架参数。ff19SB 与更精确的OPC 水模型最佳配对。注意：这比 ff14SBonlysc/OPC3 和 ff14SB/TIP3P 组合增加了 33% 的计算时间，但预计会更准确。

ff14SBonlysc

在ff14SBonlysc力场中，侧链二面角参数与每种氨基酸的量子力学数据拟合。ff14SBonlysc 与 ff14SB 是相同的模型，但没有针对 TIP3P 的经验主链校正。
对于隐式溶剂（igb=8）中的模拟，ff14SBonlysc 是最好的。

如果你想要一个三点水模型来最小化计算成本，这是一个不错的选择