ggplot2绘图：qPCR数据箱式图叠加散点图1

最新推荐文章于 2024-07-17 08:00:00 发布

Sayond

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文章标签： r语言 gnu 开发语言

本文链接：https://blog.csdn.net/Sayond/article/details/124785464

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这篇博客是针对R语言使用者，特别是新手，介绍如何利用ggplot2库绘制qPCR数据的箱式图，并进行美化。作者展示了如何在箱式图上叠加散点图，以及去除网格背景以达到更清爽的视觉效果。此外，还提到了添加显著性标记的方法，以便进行两两比较。

摘要由CSDN通过智能技术生成

小白新手，加速记忆，先整理个帖子

正题：

install.packages('gg.gap')

library(ggplot2)#首次用需要先安装install.packages('ggplot2')
#如果报错也可以用这种方式安装install.packages("ggplot2", repos = "http://cran.r-project.org")
library(RColorBrewer)#首次用需要先安装install.packages('RColorBrewer')
library(ggpubr)#首次用需要先安装install.packages('ggpubr')
library(ggsignif)
#Group：为因子变量（分组）
#Value：为连续变量，是数值

#使用ggplot2包生成箱线图


Data1<-read.csv(file.choose())#选择你的文件，记得csv格式
head(Data1)#查看文件前六行，检查一下有没有问题

#绘制简单箱式图+美化

#当你的文件只有两列，即treatment+数据时，即可采用简单箱式图。

P1 <- ggplot(Data1,aes(x=type,y=score,fill=type))+
      stat_boxplot(geom = "errorbar",width=0.5,size=1.5,position = position_dodge(0.8))+ #使用误差条的方式补上
      geom_boxplot(width=0.5,position = position_dodge(0.8))+
  theme_bw()+
  geom_boxplot(size=1.5,outlier.fill="white",outlier.color="white")+ #size设置箱线图的边框线和误差条线宽度，fill设置填充颜色，outlier.fill和outlier.color设置异常点的属性
  geom_jitter(aes(fill=type),width =0.2,shape = 20,size=4.5)+ #设置为向水平方向抖动的散点图，width指定了向水平方向抖动，不改变纵轴的值
  scale_color_manual(values=c("black","black"))+ #设置散点图的圆圈的颜色为黑色
  ggtitle("Comparison of gene expression")+ #设置总的标题
  scale_fill_manual(values = c(&