自定义博客皮肤VIP专享

*博客头图:

格式为PNG、JPG,宽度*高度大于1920*100像素,不超过2MB,主视觉建议放在右侧,请参照线上博客头图

请上传大于1920*100像素的图片!

博客底图:

图片格式为PNG、JPG,不超过1MB,可上下左右平铺至整个背景

栏目图:

图片格式为PNG、JPG,图片宽度*高度为300*38像素,不超过0.5MB

主标题颜色:

RGB颜色,例如:#AFAFAF

Hover:

RGB颜色,例如:#AFAFAF

副标题颜色:

RGB颜色,例如:#AFAFAF

自定义博客皮肤

-+
  • 博客(171)
  • 收藏
  • 关注

原创 CPTAC蛋白数据+TCGA转录数据在线分析(全)

两个基因相关性CPTAC蛋白组数据_cptac基因相关性-CSDN博客。

2024-07-17 02:13:24 752

原创 CPTAC蛋白数据库在线蛋白分析(癌与癌旁)

可指定肿瘤类型和数据集,针对单个基因,分析其在肿瘤和癌旁组织的丰度差异,磷酸化位点差异等。可用于验证目标基因是否在指定类型肿瘤中存在高表达,磷酸化等。选择自己感兴趣的基因和肿瘤进行在线分析。下面会有每个样本的数据。

2024-07-16 20:27:24 862 2

原创 CPTAC蛋白数据库的补充(自备)

得到的比率可以通过平均蛋白质肽的比率来总结。为了将CPTAC研究中的生物样品数量扩大到同量异位标签试剂的容量之外,所有分析样品中都包括一个通用的参考样品,其标签的强度在整个过程中用作比率分母。虽然这两种总结相对蛋白质丰度的方法通常产生非常相似的值,但未共享对数比值可能表示较少值的总和,而对数比值可能表示两种不同同源蛋白质的相对定量值的卷积。少数较早的CPTAC研究使用无标记定量工作流程,无需标记试剂,并根据每个母离子洗脱曲线下的积分面积(母离子区域)和从蛋白质中鉴定出的肽数(光谱计数)对肽进行定量。

2024-07-14 20:53:23 572 3

原创 胃癌蛋白质基因组学特征(文献)

报告了年轻人群中弥漫性胃癌 (GC) 的蛋白质基因组学分析。磷酸化蛋白质组数据基于突变-磷酸化相关性阐明了与体细胞突变相关的信号通路。此外,mRNA和蛋白质丰度之间的相关性提供了与患者生存相关的潜在致癌基因和肿瘤抑制因子。此外,mRNA、蛋白质、磷酸化和 N-糖基化数据的整合聚类确定了弥漫性 GC 的四种亚型。4种亚型分别与增殖、免疫应答、代谢和侵袭相关;亚型与免疫和侵袭相关途径的关联主要通过磷酸化和N-糖基化数据来鉴定。

2024-07-13 13:49:32 952 2

原创 12-阿里云单细胞处理-PBMC(by-jmzeng)

可以配置租用更大的服务器,上传数据。部分存在版本问题需要修改!

2024-07-10 01:11:35 72

原创 慢性肾脏病-MR+转录组文献

值得注意的是,有 12 个蛋白质先前得到了 MR 的支持,包括成纤维细胞生长因子 5 (FGF5)、异戊烯基二磷酸δ-异构酶 2 (IDI2)、抑制素 beta C 链 (INHBC)、嗜丁蛋白亚家族 3 成员 A2 (BTN3A2)、BTN3A3、尿调节蛋白 (UMOD)、 我们还证实了补体成分 4A (C4a)、C4b、170 kDa 的中心体蛋白 (CEP170)、血清学定义的结肠癌抗原 8 (SDCCAG8)、MHC I 类多肽相关序列 B (MICB) 和肝脏表达抗菌肽 2 (LEAP2)。

2024-07-09 20:35:33 879

原创 11-云服务器处理单细胞转录组数据

注意不能使用root登录,需要新建一个用户,也需要打开8787端口(服务器和本地的条件下不一致)。用不同的文件夹存放不同的包进行安装,即可使用不同的R包版本。查看R 的路径及相关R包:R→ .libPaths() →显示路径→ q() 进行退出。注意缺失的包及linux库每个人可能不一致,根据报错进行补充。安装shiny-server及Rstudio-server。服务器R语言安装包,部分包需要在环节中配置响应的项目。linux服务器安装。

2024-07-07 18:19:40 61

原创 12-linux重定向与管道符

因为我们 ls 命令没有产生运行结果,只有错误信息,重定向操作开始重写文件, 然后由于错误而停止,导致文件内容清空。事实上,如果我们需要清空一个文件内容(或者创 建一个新的空文件),可以使用这样的技巧。可以理解为ll 和ls-l的功能是相同的, ll 是 ls-l 的别名。使用重定向操作符“>”,后面接文件名,就可以把标准输出重定向到另一个文件中,而不是显示在屏幕上。命令从标准输入到读取数据,并将数据发送到标准输出的能力,是使用了名为管道的shell特性。从标准输入读取数据,并同时写到标准输出和文件。

2024-07-06 21:25:26 79

原创 11-阿里云服务器 ECS-FileZilla的文件传输

绿色版我们可以理解为免安装版本,而安装版本则是需要运行Setup的引导程序,最大的区别就是会不会生成注册表。Ubuntu 作为 FTP 服务器,FileZilla 作为 FTP 客户端,客户端肯定要连接到服务器上,打开。官方下载地址:https://www.filezilla.cn/download。VI 命令打开/etc/vsftpd.conf进行修改。站点管理器,点击:文件->站点管理器。

2024-07-05 02:11:26 64 4

原创 10-linux生信快捷键

将光标移动到命令行开头(进行命令补全)#将光标移动到命令行结尾(进行命令添加)#清屏,作用于clear相等。

2024-07-04 20:51:29 69

原创 9-阿里云服务器 ECS-Studio Server 安装R包

注:在上期内容中有一个坑需要注意:云服务器需要新建用户(默认的root用户不能登录)并且这个用户需要有权限Full Name []: (这里一直敲回车)Other []:[Y/n] yrtest。

2024-07-03 01:36:16 39

原创 8-阿里云服务器 ECS配置R及Studio Server

步骤概览:(首先要明确自己的系统然后进行安装)

2024-07-02 21:48:29 572 4

原创 7-阿里云服务器ecs更换操作系统

设置完镜像、密码,选中服务协议,点击【确认订单】如果不停止实例则无法更换系统。

2024-07-02 01:36:30 32

原创 6-linux操作文件与数据上传

常用的命令·cp:复制文件和目录。·mv:移动或重命名文件和目录。·mkdir:创建目录。·rm:移除文件和目录。·in:创建硬链接和符号链接。

2024-07-01 01:20:00 619

原创 5-linux文件路径与文件目录系统

名从根目录开始,其后紧接着一个又一个文件树分支,直到到达目标目录或文件。例如,系统里有一个目录,大多数系统程序都安装到这个目录里,该目录的路径名是。为了实现这个目的,它通常使用一些特殊符号来表示文件系统树中的相对位置,这些特殊符号是“.”(点)和“..”(点点)。file filename:调用后,file命令会打印出文件内容的简短说明。绝对路径名是从根目录开始,通向目标目录,·pwd:查看当前工作目录。·file:确定文件类型。·less:查看文件内容。·ls:列出目录内容。·ls:列出目录内容。

2024-06-30 16:15:03 209

原创 4-linux获取命令帮助方式

在使用的过程中获取命令注释和帮助非常重要,相当于R语言中的help查看函数的使用功能。

2024-06-30 15:16:07 261

原创 3-linux命令行与基本命令

linux学习路径:学习shell→配置和环境→见任务和主要工具→编写shell脚本shell是一个接收由键盘输入的命令,并将其传递给操作系统来执行的程序。几乎所有的Linux发行版都提供shell程序,该程序来自于称之为bash的GNU项目。bash是Bourne Again Shell的首字母缩写,Bourne Again Shell基于这样一个事实,即bash是sh的增强版本,而sh是最初的UNIX shell程序,由Steve Bourne编写。对于 Linux 用户来说,最重要的应用程序之一就是。

2024-06-30 12:41:38 454 1

原创 2,linux服务器使用学习

Secure Shell(SSH) 是由 IETF(The Internet Engineering Task Force) 制定的建立在应用层基础上的安全网络协议。它是专为远程登录会话(甚至可以用Windows远程登录Linux服务器进行文件互传)和其他网络服务提供安全性的协议,可有效弥补网络中的漏洞。通过SSH,可以把所有传输的数据进行加密,也能够防止DNS欺骗和IP欺骗。还有一个额外的好处就是传输的数据是经过压缩的,所以可以加快传输的速度。目前已经成为Linux系统的标准配置。

2024-06-30 09:52:26 812 1

原创 1,Windows-本地Linux 系统(WSL)

开发人员可以在 Windows 计算机上同时访问 Windows 和 Linux 的强大功能。通过适用于 Linux 的 Windows 子系统 (WSL),开发人员可以安装 Linux 发行版(例如 Ubuntu、OpenSUSE、Kali、Debian、Arch Linux 等),并直接在 Windows 上使用 Linux 应用程序、实用程序和 Bash 命令行工具,不用进行任何修改,也无需承担传统虚拟机或双启动设置的费用。

2024-06-29 22:30:36 129

原创 R语言进行字符的替换和删减gsub,substr函数

怎样将"."还原为"-"注意函数在字符向量中使用。

2024-06-28 21:57:53 789 1

原创 ①分析胃癌组蛋白脱乙酰酶HDS模型-配对转录组差异

分析配对的单细胞及转录组胃癌数据的 HDS评分,数据源于评分基因为单因素Cox回归分析中,HR<为1的基因被定义为基因集A,HR>为1的基因被定义为基因集B。A和B基因集用于后续分析。采用PCA构建HDS,其中主成分1被选为特征评分。

2024-06-26 00:02:28 673

原创 两个基因相关性CPTAC蛋白组数据

其中基因组数据包含总计1300+不同类型肿瘤病人的WGS、WES和RNA-seq数据,可通过GDC Data Portal访问,也就是咱们下载TCGA数据库的界面。分析RPPA数据时: 对于单个RPPA批次中的单个疾病,3级(l 3)或4级(l 4)对于单个疾病分析应该是好的。对于在多个批次中描述的单一疾病,由于不同批次之间的批次效应,L4对于单一疾病分析肯定优于L3。可以选择3级或4级数据。需要注意的是数据中包含log Ratio 和Unshared log ratio,选择Unshared数据。

2024-06-24 02:05:29 1082 3

原创 两个基因相关性细胞系(CCLE)(升级)

Pearson 积差相关系数衡量了两个定量变量之间的线性相关程度。Spearman等级相关系数则衡量分级定序变量之间的相关程度。Kendall’s Tau 相关系数也是一种非参数的等级相关度量。肺癌GAPDH和IGF2BP1相关性为例。

2024-06-23 21:31:55 512

原创 ②-Ⅱ单细胞学习-组间及样本细胞比例分析(补充)

【代码】②-Ⅱ单细胞学习-组间及样本细胞比例分析(补充)

2024-06-20 21:03:48 325 1

原创 数据瀑布图升级(自备)

max.overlaps = getOption("ggrepel.max.overlaps", default = 20))#生成带边框的数据。注意:ggrepel::geom_label_repel()函数有个参数是max.overlaps,作用是把高度重叠的标签去掉, 默认10,

2024-06-17 23:17:19 379

原创 NHANES数据库及应用

背景尽管研究已经证明了甘油三酯-葡萄糖 (TyG) 指数对心血管疾病 (CVD) 和心血管死亡率的价值,但很少有研究表明 TyG 指数与年轻糖尿病患者的全因或心血管疾病死亡率相关。本研究旨在调查美国年轻糖尿病患者 TyG 指数与全因和 CVD 死亡率之间的关联。方法我们的研究从 2001-2018 年国家健康和营养检查调查 (NHANES) 中招募了 2440 名年轻的糖尿病患者。死亡率结果通过链接到截至 2019 年 12 月 31 日的国家死亡指数 (NDI) 记录来确定。

2024-06-13 01:13:26 973

原创 ⑤单细胞学习-cellchat组间通讯差异分析

参考:

2024-06-10 22:35:47 414

原创 ④-2单细胞学习-cellchat单数据代码补充版(通讯网络)

为了便于解释复杂的细胞间通信网络,CellChat 通过从图论、模式识别和流形学习中抽象出来的方法对网络进行定量测量。关于cellchat的流程图在进行细胞交互分析的时候,不同分组的样本尽量不要一起进行分析,想要一起分析的时候需要保证不同分组间的细胞种类一致。同一分组的不同生物学重复可以一起分析。

2024-06-10 19:08:35 1081 2

原创 ④-1单细胞学习-cellchat单数据代码补充版

这里需要注意R绘图画板范围,可以将前面的绘图进行保存和devoff后再进行作图。3)每个细胞亚群的配受体通讯概率进行单独展示。这里提供的应该是counts data数据。

2024-06-09 21:34:03 622 2

原创 ④单细胞学习-cellchat细胞间通讯

CellChatDB考虑了配体-受体复合物的已知组成,包括具有多聚体配体和受体的复合物,以及几种辅因子类型:可溶性激动剂,拮抗剂,共刺激和共抑制膜结合受体。我们通过将 CellChat 应用于来自患者的病变(LS,患病)人类皮肤细胞的 scRNA-seq 数据来展示 CellChat 的多种功能。为了推断细胞状态特异性通讯,我们首先使用显著性水平为 0.05 的 Wilcoxon 秩和检验,在给定的 scRNA-seq 数据集中鉴定了所有细胞群中差异表达的信号转导基因。c) 细胞间通讯概率的计算。

2024-06-02 16:06:26 1158 3

原创 future::plan(“multiprocess“, workers = 4)

错误: Strategy 'multiprocess' is defunct in future (>= 1.32.0) [2023-03-06]. Instead, explicitly specify either 'multisession' (recommended) or 'multicore'.解决:不运行此行代码即可。cellchat运行报错。

2024-06-02 00:48:06 282

原创 ③单细胞学习-pbmc的Seurat 流程

Cluster IDMarkersCell Type0IL7R, CCR71CD14, LYZCD14+ Mono23MS4A1B4CD8ACD8+ T56GNLY, NKG7NK7DC8PPBPPlatelet#为聚类分配单元类型标识#进行图片保存saveRDS(pbmc, file = "pbmc3k_final.rds")#用于cellchat准备参考:单细胞测序分析: Seurat 使用教程 - 简书 (jianshu.com)

2024-05-31 20:59:21 1191

原创 ②单细胞学习-组间及样本细胞比例分析

比较各个样本间的各类细胞比例或者亚组之间的细胞比例差异。

2024-05-28 21:17:50 1365

原创 ①单细胞学习-数据读取、降维和分群

单细胞数据RunPCA降维分析前的scale操作,通常指对数据进行标准化或归一化处理,旨在消除不同基因或细胞之间的量纲或数量级的差异。这样做可以使得不同基因或细胞在降维后对PCA的贡献更加均衡,避免了那些具有高表达量的基因或高测序深度的细胞对PCA结果产生过大影响的情况。细胞基因检出数,低质量细胞基因检出数通常较低,双细胞或者同时捕获多个细胞会有很高的基因数。作者还计算了细胞周期评分,因为我们收集到的细胞可能处于不同的分裂时期,所以看周期是很有必要的,尤其是针对具体的研究目的。数据集:GSE164241。

2024-05-28 19:51:08 1546

原创 单细胞 10X 和seurat对象学习

单细胞seurat数据的基础知识。数据:GSE164241。

2024-05-27 22:11:09 353 3

原创 大工作量LUAD代谢重编程模型多组学(J Transl Med)

我们引入了一种创新的集成学习管道,即三阶段 MMR (3 S-MMR),并通过遗传算法进行增强。该框架分别在特征工程和模型开发中使用双训练集,从而降低了严重过拟合的风险。

2024-05-21 23:51:29 1068

原创 PD-L1表达与免疫逃逸和免疫响应

实验设计:黑色素瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、肾细胞癌(RCC)、结直肠癌或抗阉割前列腺癌患者(N = 41)在一家机构接受了抗PD-1(nivolumab)的早期试验治疗,并有可评估的治疗前肿瘤标本。研究人员评估了免疫结构特征,包括PD-1、PD-L1和PD-L2的表达、免疫细胞浸润模式和淋巴细胞亚群,以确定它们与临床结果之间的相互关系和潜在关联。结果:不同肿瘤类型的肿瘤细胞和免疫浸润细胞的膜性(细胞表面)PD-L1表达量差异很大,黑色素瘤、NSCLC和RCC的表达量最高。

2024-05-12 21:29:11 730 1

原创 CellChat包文献介绍

了解细胞之间的全局通信需要准确表示细胞间信号转导链路,并对这些链路进行有效的系统级分析。我们构建了一个配体、受体及其辅因子之间相互作用的数据库,这些辅因子准确地代表了已知的异聚分子复合物。然后,我们开发了CellChat,这是一种能够从单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据中定量推断和分析细胞间通信网络的工具。CellChat使用网络分析和模式识别方法预测细胞的主要信号输入和输出,以及这些细胞和信号如何协调功能。

2024-05-10 20:25:29 945

原创 多组间比较散点图+误差棒(自备)

【代码】多组间比较散点图+误差棒(自备)

2024-05-07 00:48:34 443 1

原创 R语言计算特定列的和(自备)

先整合指定计算的列名,然后使用。

2024-05-03 17:54:01 385

两个基因相关性细胞系(CCLE)细胞系GAPDH Expression

两个基因相关性细胞系(CCLE)细胞系GAPDH Expression

2024-06-23

④单细胞学习-cellchat细胞间通讯

④单细胞学习-cellchat细胞间通讯

2024-06-02

玫瑰图和雷达图(自备)绘图使用数据

玫瑰图和雷达图(自备)绘图使用数据

2024-03-28

箱线图汇总-多组箱线图的Rdata文件

多组箱线图的Rdata文件

2024-03-25

IOBR2 更新(学习自备)

IOBR2 更新(学习自备)

2024-02-24

QuPath病理流程学习 ③ IHC、H&E (WSI的处理)实战

qupath操作流程学习

2023-12-26

QuPath学习 ② H&E scripts

QuPath学习 ② H&E scripts

2023-12-15

确定TME浸润模式的TMEscore包补充文件

确定TME浸润模式的TMEscore包补充文件

2023-12-06

ComplexHeatmap复杂热图数据

ComplexHeatmap复杂热图数据

2023-11-24

CMap数据库筛选化学药物

CMap数据库筛选化学药物

2023-11-21

Glycosyltransferase-related prognostic and diagnostic biomarkers

Glycosyltransferase-related prognostic and diagnostic biomarkers of uterine corpus endometrial carcinoma 文章补充代码学习

2023-11-19

GSVA,GSEA,KEGG,GO学习

KEGG下载的注释基因集

2023-11-17

oncoPredict代码详解

oncoPredict代码详解

2023-11-16

Table S1. Feature Matrix of TIL Map Characteristics and Related

Spreadsheet containing all 4,612 tumor-sample image characterizations generated by this study, as well as auxiliary data used in the study: ParticipantBarcode, Study, Leukocyte Fraction, Immune Subtype, OS, OS_time, Lymphocytes (multiply by Leukocyte Fraction), Neutrophils (ditto), Eosinophils (ditto), Mast Cells (ditto), Dendritic Cells (ditto), Macrophages (ditto), Number of TIL Patches, number_of_clusters, TIL_percentage, NP_mean, NP_sd, WCD_mean, WCD_sd, CE_mean, CE_sd, Ball_Hall, Banfeld_Ra

2023-11-01

GPL570EntrezID与Symbol 对应数据表

GPL570EntrezID与Symbol 对应数据表

2023-10-23

空空如也

TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹

TA关注的人

提示
确定要删除当前文章?
取消 删除