如何在鹰谷电子实验记录本中高效构建质粒实验？

长期以来，纸质记录在实验数据的管理、回溯及分享方面发挥着重要作用，是复现成功实验和客观规律的关键，也能帮助科学家避免重复走弯路；实验记录成为科研工作不可或缺的一部分。

颜宁院士曾强调“做好实验记录的细节”，“实验卡壳时可以翻历史实验记录”，“没有实验记录就相当于没有做实验”，以她为代表的无数卓越科学家众口一词，充分彰显了实验记录的核心价值。

随着近些年来生物学研究的迅速发展，所产生的序列数据、图谱信息、实验图表等记录，不仅数量庞大，而且结构复杂；纸质实验记录越来越难以满足科研的需求。电子实验记录本凭借其强大的数据处理能力、易编辑、易查阅、易检索的功能，以及高度的安全性与合规性设计，正逐渐被越来越多的生物科研人员采纳。

本文以一个基因编辑质粒构建及后续细胞水平验证的流程为例，展现电子实验记录的亮点。

在电子实验记录本中记录CRISPR质粒构建实验-设计视频

图1. 电子实验记录本中利用序列编辑器设计质粒

如何在电子实验记录本中高效构建质粒实验？

图2. 电子实验记录本中质粒构建和后续细胞、蛋白实验的记录

一. 公共质粒和基因等序列图谱的管理

在转基因细胞系实验中，工程质粒至关重要。电子实验记录本凭借出色的生物序列管理能力（InSequence），极大地促进了公共质粒（包括空载体）和基因等序列图谱的高效应用和便捷管理。

统一上传与分享：管理员可以将实验室内的公共序列图谱文件统一上传至鹰谷电子实验记录本，并一键分享给整个实验室。

多种格式支持：全面支持GenBank、Fasta、InSequence以及SnapGene等本地序列文件格式的上传；同时，可直接在线导入NCBI GenBank数据库文件。

信息共享与协同编辑：科学家可查看所有公共序列文件，并按照名称、标签词、类型、小组、来源、时间等多种维度进行精确筛选，选中的序列可复制到个人序列库中作进一步的编辑和改造。对于具有分享价值的新序列，可以传递给管理员进行统一公开，促进实验室内的知识共享。

图3. 数据库化的公共序列图谱列表，

供科学家自助选用

二. 插入序列图谱&链接

在电子实验记录本中，DNA、RNA序列的链接、图谱都可以插入相应位置，只需从”我的“序列库中选择即可。如下图所示，插入初始载体质粒（px458-vector）和目的序列（基因编辑向导gRNA）。

图4. 从“我的“序列库，选择和插入相应的链接或缩略图

图5. 序列链接和图谱都直观显示于实验记录图文框，且点击可回溯

图6. 点击记录中的序列链接，可达InSequence窗口，查看和编辑此序列

三. 新质粒设计

新质粒设计可以在电子实验记录本内置的在线InSequence序列编辑器界面中完成。InSequence集成了诸多实用功能，如序列的新增、删除、复制、替换、改变颜色、计算长度和GC含量、标注特征（内切酶位点默认显示，可自定义）、从NCBI GenBank数据库直接导入序列、Align（本地比对）、Blast（数据库比对和聚类分析）、一键插入常用蛋白质标签、基于Primer3算法进行PCR引物设计、CRISPR辅助设计等。

图7. InSequence支持直接凭序列号从NCBI GenBank数据库导入序列，非常快速

图8. InSequence序列编辑器的引物设计界面

四. 新质粒构建操作流程

完成设计后，开始实际构建新质粒的整个过程。鹰谷电子实验记录本允许详细记录每一项实验条件和每一步具体操作内容。每6秒自动保存一次，并实行版本控制，将数据丢失的风险降到最低，并毫无费神。

图9. 生物实验记录示范（表格、文字、图片等多种形式），高度支持模板

图10. 生物实验的记录示范（表格、文字、图片等多种形式），可自由贴图并放大、缩小

图11. 生物实验的记录示范（表格、文字、图片等多种形式）

五. 质粒测序&比对验证

构建完成的质粒样品，可以使用PCR、酶切等方法做初步的鉴定，也可以直接采用Sanger测序验证。对于Sanger测序返回的碱基序列和峰图文件，科学家可以继续在InSequence中完成测序结果的比对，确认质粒构建是否成功。

图12. InSequence把一组样品测序结果与理论序列进行对比，提示实验是否符合预期

总结

使用电子实验记录本系统演示了一次关于基因编辑质粒构建的生物实验。

整个实验过程中，所有相关的序列文件和实体物料都能完整记录，并以模块的方式分区展现，这让整个实验流程更加清晰连贯。

电子实验记录本具有以下显著优势：

高效便捷：迅速完成信息的录入、编辑和检索，并整合了生物序列编辑工具，极大地提升工作效率。

数据追溯：所有相关序列文件和实体物料，都能通过链接跳转至对应的数据库记录乃至详情页，确保数据的可追溯性，高度满足”合规性“。

信息共享：团队成员可以方便地共享序列图谱、实验方法与数据，从而促进协作。

安全可靠：采用先进的加密和同步备份技术，确保数据的安全性和保密性。

* 备注1：灵活的记录组织方式

在电子实验记录本中，用户既可以选择把一个完整的实验过程记录在单一实验页中，也可以把过程拆分，记录于多个实验页，通过设置前后实验的功能，将不同的实验页关联起来。

图13. 前后实验关系

* 备注2：生物序列编辑，点击即达

电子实验记录本中，序列编辑器可从多个入口打开：

（1）记录中的现有序列或图谱链接； 

（2）“插入序列”窗口的“创建序列”按钮；

（3）“我的”-“序列”子菜单；

（4）“分享”-“分享给我的序列”-“查看我的序列”子菜单及按钮。

图14. 电子实验记录本InSequence序列编辑器4个入口

* 备注3：客户端版InSequence功能更强

InSequence序列编辑器不仅有在线版，还有免费客户端版本，独立使用，两者完全兼容。

* 备注4：连接其他信息系统，自动同步

各类生物样品和试剂耗材都可以在电子实验记录本相匹配的库存管理系统中实现统一管理和调用，并记录在实验页。未来样品注册管理系统将实现更多物质的全面管理。

图15. 电子实验记录本匹配的库存管理系统

（完）