Ubuntu 16.04下的Freesurfer 安装

Freesurfer 安装

虚拟环境-Ubuntu 16.04

1. 下载V.6

https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/rel6downloads

服务器下载：
centos 下载命令为 wget， ubuntu 为 apt -get
wget https://文件路径
出现错误：
wget --no-check-certificate https://文件路径

2.安装

1. 获取license
   问题1：
   FreeSurfer Registration Error reCAPTCHA not checked
   参考：https://blog.csdn.net/qq_38388811/article/details/109137619

2. 解压
   tar -xvf 文件路径/安装包文件名
   license. txt文件防止解压后的Freesurfer文件夹

3. 配置环境变量
   每次使用的第一步都是配置环境变量

## bash
 export FREESURFER_HOME=/home/xxx/freesurfer （freesurfer文件夹位置）
 source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
 export SUBJECTS_DIR=/home/xxx/xxx （处理结果保存路径）
## tcsh
setenv FREESURFER_HOME /home/xxx/freesurfer
source$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh

额外小笔记： cat /etc/shells：查看当前Linux系统存在的shell版本

4. 安装tcsh

sudo apt-get update
sudo apt-get install tcsh

5. 测试

recon-all --help

如果显示帮助信息则说明安装成功，如果提示命令不存在或者只显示了路径信息则说明安装有问题

6. freesurfer使用教程
   https://andysbrainbook.readthedocs.io/en/latest/