Ubuntu20.04下MRtrix3, Freesurfer, FSL的安装

文章目录

作为本人的第一篇CSDN的博文，在艰难的卸载安装三四次之后，总结了基于Ubuntu20.04下安装MRtrix3, Freesurfer, FSL的过程。记录下本菜鸟的Diffusion Tensor Imaging (DTI) I处理以及学习过程。

1. VMware & Ubuntu安装

VMware:

1. 操作系统：Win10;
2. VMware版本： Workstation 16 Pro；
3. 下载地址：https://www.vmware.com/cn/products/workstation-pro/workstation-pro-evaluation.html；

Ubuntu:

1. 操作系统：Win10；
2. Ubuntu版本：Ubuntu 20.04；
3. 下载地址：https://ubuntu.com/download/desktop；
   安装很简单，但是在Ubuntu磁盘分区的时候需要注意依据自己的电脑物理内存以及所需要安装的文件的大小设置好磁盘分区。

经历过反复安装几次之后，由于路径问题，建议大家先安装Freesurfer

2. Freesurfer安装

借鉴：医学图像处理：Ubuntu16.04安装freesurfer教程

3. MRtrix3安装

1. 从源码进行编译
2. MRtrix3官网地址：https://mrtrix.readthedocs.io/en/latest/installation/build_from_source.html#install-dependencies
3. 安装依赖：

sudo apt-get install git g++ python libeigen3-dev zlib1g-dev libqt5opengl5-dev libqt5svg5-dev libgl1-mesa-dev libfftw3-dev libtiff5-dev libpng-dev

注意：在Ubuntu 20.04及更新的版本中，需要将 python 换成 python-is-python3或者python-is-python2，在这里我换成了python-is-python2，因为后面有一些.py文件是只支持python2编译的。

4. 从MRtrix3 的GitHub里下载源码：

git clone https://github.com/MRtrix3/mrtrix3.git

5. 编译

cd mrtrix3
./configure
./build

6. 在terminal中输入mrview，能够打开界面，说明安装成功。
   

推荐MRtrix 3论坛，可以把自己在处理数据中遇到的问题写下来，一般一星期之内会有人回答。

MRtrix3 Community

4. FSL安装

注意：FSL安装最好要到指定官网下载 fslinstaller.py ，不要去下载清华或者中科院的镜像，我开始下载的清华镜像，是fsl5.0.8版本，没有fslview、fsleyes等功能，找了半天问题，建议最好就是下载py文件进行编译，这就是最新的fsl安装版本。

1. 官网下载地址：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads_registration；填写基本信息，注册下载，系统选择Ubuntu20 focal
   
   点击 Download FSL 6.0.4，下载得到fslinstaller.py文件
   

2. 打开root权限进行安装, 终端cd到下载目录后运行python fslinstaller.py

sudo su
python fslinstaller.py

3. 设置路径